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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39800 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM map of RNF168(1-193) in complex with Ubc5c-Ub conjugated nucleosome at a resolution of 3.23 angstrom | |||||||||
マップデータ | 3.23 angstrom cryo-EM map of RNF168(1-193)-Ubc5c-NCP complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | nucleosome / RNF168 / H2AK13/15 / UbcH5c-Ub / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Ai HS / Tong ZB / Deng ZH / Tian CL / Liu L / Pan M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: cryo-EM map of RNF168(1-193) in complex with Ubc5c-Ub conjugated nucleosome at a resolution of 3.23 angstrom 著者: Ai HS / Tong ZB / Deng ZH / Tian CL / Liu L / Pan M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39800.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39800-v30.xml emd-39800.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39800_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39800.png | 123.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39800.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_39800_additional_1.map.gz emd_39800_additional_2.map.gz emd_39800_half_map_1.map.gz emd_39800_half_map_2.map.gz | 1.6 MB 5.8 MB 49.6 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39800 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39800 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39800_validation.pdf.gz | 761.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39800_full_validation.pdf.gz | 761.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39800_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39800_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39800 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39800 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3.23 angstrom cryo-EM map of RNF168(1-193)-Ubc5c-NCP complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8697 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: 4.54 angstrom cryo-EM map of RNF168(1-193)-Ubc5c complex
ファイル | emd_39800_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 4.54 angstrom cryo-EM map of RNF168(1-193)-Ubc5c complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 3.59 angstrom cryo-EM map of RNF168(1-193)-Ubc5c-Ub-NCP complex
ファイル | emd_39800_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 3.59 angstrom cryo-EM map of RNF168(1-193)-Ubc5c-Ub-NCP complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39800_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39800_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RNF168(1-193) in complex with Ubc5c-Ub conjugated nucleosomes
全体 | 名称: RNF168(1-193) in complex with Ubc5c-Ub conjugated nucleosomes |
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要素 |
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-超分子 #1: RNF168(1-193) in complex with Ubc5c-Ub conjugated nucleosomes
超分子 | 名称: RNF168(1-193) in complex with Ubc5c-Ub conjugated nucleosomes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.066 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |