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- EMDB-39773: Cryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ -
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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ | |||||||||
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![]() | complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Qiao Z / Gao YG | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ. 著者: Qiao Z / Gao YG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 57.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 94.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 48.3 MB 48.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8z5g M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39773_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39773_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : QmcA-YbbJ complex
全体 | 名称: QmcA-YbbJ complex |
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要素 |
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-超分子 #1: QmcA-YbbJ complex
超分子 | 名称: QmcA-YbbJ complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Protein QmcA
分子 | 名称: Protein QmcA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 33.778023 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLIFIPILIF VALVIVGAGV KIVPQGYQWT VERFGRYTKT LQPGLSLVVP FMDRIGRKIN MMEQVLDIPS QEVISKDNAN VTIDAVCFI QVIDAPRAAY EVSNLELAII NLTMTNIRTV LGSMELDEML SQRDSINSRL LRIVDEATNP WGIKVTRIEI R DVRPPAEL ...文字列: MLIFIPILIF VALVIVGAGV KIVPQGYQWT VERFGRYTKT LQPGLSLVVP FMDRIGRKIN MMEQVLDIPS QEVISKDNAN VTIDAVCFI QVIDAPRAAY EVSNLELAII NLTMTNIRTV LGSMELDEML SQRDSINSRL LRIVDEATNP WGIKVTRIEI R DVRPPAEL ISSMNAQMKA ERTKRAYILE AEGIRQAEIL KAEGEKQSQI LKAEGERQSA FLQAEARERS AEAEARATKM VS EAIASGD IQAVNYFVAQ KYTEALQQIG SSSNSKVVMM PLEASSLMGS IAGIAELVKD SANKRTQP UniProtKB: Protein QmcA |
-分子 #2: Inner membrane protein YbbJ
分子 | 名称: Inner membrane protein YbbJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.956775 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MMELMVVHPH IFWLSLGGLL LAAEMLGGNG YLLWSGVAAV ITGLVVWLVP LGWEWQGVMF AILTLLAAWL WWKWLSRRVR EQKHSDSHL NQRGQQLIGR RFVLESPLVN GRGHMRVGDS SWPVSASEDL GAGTHVEVIA IEGITLHIRA VSS UniProtKB: Inner membrane protein YbbJ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36372 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |