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- EMDB-39773: Cryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39773
タイトルCryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ
マップデータ
試料
  • 複合体: QmcA-YbbJ complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein QmcA
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane protein YbbJ
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / NfeD-like, C-terminal domain / : / NfeD-like C-terminal, partner-binding domain / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues ...: / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / NfeD-like, C-terminal domain / : / NfeD-like C-terminal, partner-binding domain / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein QmcA / Inner membrane protein YbbJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Qiao Z / Gao YG
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ.
著者: Kwan Ann Tan / Zhu Qiao / Zachary Ze En Lim / Joshua Yi Yeo / Yonlada Yong / Phong Hoa Do / Rya Ero / Yong-Gui Gao /
要旨: The SPFH (stomatin, prohibitin, flotillin, and HflK/C) protein family is universally present and encompasses the evolutionarily conserved SPFH domain. These proteins are predominantly localized in ...The SPFH (stomatin, prohibitin, flotillin, and HflK/C) protein family is universally present and encompasses the evolutionarily conserved SPFH domain. These proteins are predominantly localized in lipid raft and implicated in various biological processes. The NfeD (nodulation formation efficiency D) protein family is often encoded in tandem with SPFH proteins, suggesting a close functional relationship. Here, we elucidate the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the Escherichia coli QmcA-YbbJ complex belonging to the SPFH and NfeD families, respectively. Our findings reveal that the QmcA-YbbJ complex forms an intricate cage-like structure composed of 26 copies of QmcA-YbbJ heterodimers. The transmembrane helices of YbbJ act as adhesive elements bridging adjacent QmcA molecules, while the oligosaccharide-binding domain of YbbJ encapsulates the SPFH domain of QmcA. Our structural study significantly contributes to understanding the functional role of the NfeD protein family and sheds light on the interplay between SPFH and NfeD family proteins.
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39773.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 373.76 Å		1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 373.76 Å		1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 373.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.0018179584 - 1.9883393
平均 (標準偏差)0.0038183292 (±0.043962277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 373.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39773_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39773_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : QmcA-YbbJ complex

全体名称: QmcA-YbbJ complex
要素
  • 複合体: QmcA-YbbJ complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein QmcA
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane protein YbbJ

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超分子 #1: QmcA-YbbJ complex

超分子名称: QmcA-YbbJ complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Protein QmcA

分子名称: Protein QmcA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 33.778023 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLIFIPILIF VALVIVGAGV KIVPQGYQWT VERFGRYTKT LQPGLSLVVP FMDRIGRKIN MMEQVLDIPS QEVISKDNAN VTIDAVCFI QVIDAPRAAY EVSNLELAII NLTMTNIRTV LGSMELDEML SQRDSINSRL LRIVDEATNP WGIKVTRIEI R DVRPPAEL ...文字列:
MLIFIPILIF VALVIVGAGV KIVPQGYQWT VERFGRYTKT LQPGLSLVVP FMDRIGRKIN MMEQVLDIPS QEVISKDNAN VTIDAVCFI QVIDAPRAAY EVSNLELAII NLTMTNIRTV LGSMELDEML SQRDSINSRL LRIVDEATNP WGIKVTRIEI R DVRPPAEL ISSMNAQMKA ERTKRAYILE AEGIRQAEIL KAEGEKQSQI LKAEGERQSA FLQAEARERS AEAEARATKM VS EAIASGD IQAVNYFVAQ KYTEALQQIG SSSNSKVVMM PLEASSLMGS IAGIAELVKD SANKRTQP

UniProtKB: Protein QmcA

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分子 #2: Inner membrane protein YbbJ

分子名称: Inner membrane protein YbbJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 16.956775 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MMELMVVHPH IFWLSLGGLL LAAEMLGGNG YLLWSGVAAV ITGLVVWLVP LGWEWQGVMF AILTLLAAWL WWKWLSRRVR EQKHSDSHL NQRGQQLIGR RFVLESPLVN GRGHMRVGDS SWPVSASEDL GAGTHVEVIA IEGITLHIRA VSS

UniProtKB: Inner membrane protein YbbJ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36372
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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