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- PDB-8z5g: Cryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z5g
タイトルCryo-EM structure of E.coli SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ
要素
  • Inner membrane protein YbbJ
  • Protein QmcA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / NfeD-like, C-terminal domain / : / NfeD-like C-terminal, partner-binding domain / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues ...: / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / NfeD-like, C-terminal domain / : / NfeD-like C-terminal, partner-binding domain / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein QmcA / Inner membrane protein YbbJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Qiao, Z. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the SPFH-NfeD family protein complex QmcA-YbbJ.
著者: Kwan Ann Tan / Zhu Qiao / Zachary Ze En Lim / Joshua Yi Yeo / Yonlada Yong / Phong Hoa Do / Rya Ero / Yong-Gui Gao /
要旨: The SPFH (stomatin, prohibitin, flotillin, and HflK/C) protein family is universally present and encompasses the evolutionarily conserved SPFH domain. These proteins are predominantly localized in ...The SPFH (stomatin, prohibitin, flotillin, and HflK/C) protein family is universally present and encompasses the evolutionarily conserved SPFH domain. These proteins are predominantly localized in lipid raft and implicated in various biological processes. The NfeD (nodulation formation efficiency D) protein family is often encoded in tandem with SPFH proteins, suggesting a close functional relationship. Here, we elucidate the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the Escherichia coli QmcA-YbbJ complex belonging to the SPFH and NfeD families, respectively. Our findings reveal that the QmcA-YbbJ complex forms an intricate cage-like structure composed of 26 copies of QmcA-YbbJ heterodimers. The transmembrane helices of YbbJ act as adhesive elements bridging adjacent QmcA molecules, while the oligosaccharide-binding domain of YbbJ encapsulates the SPFH domain of QmcA. Our structural study significantly contributes to understanding the functional role of the NfeD protein family and sheds light on the interplay between SPFH and NfeD family proteins.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein QmcA
B: Inner membrane protein YbbJ
C: Protein QmcA
D: Inner membrane protein YbbJ
E: Protein QmcA
F: Inner membrane protein YbbJ
G: Protein QmcA
H: Inner membrane protein YbbJ
I: Protein QmcA
J: Inner membrane protein YbbJ
K: Protein QmcA
L: Inner membrane protein YbbJ
M: Protein QmcA
N: Inner membrane protein YbbJ
O: Protein QmcA
P: Inner membrane protein YbbJ
Q: Protein QmcA
R: Inner membrane protein YbbJ
S: Protein QmcA
T: Inner membrane protein YbbJ
V: Protein QmcA
W: Inner membrane protein YbbJ
X: Protein QmcA
Y: Inner membrane protein YbbJ
Z: Protein QmcA
AA: Inner membrane protein YbbJ
BA: Protein QmcA
CA: Inner membrane protein YbbJ
DA: Protein QmcA
EA: Inner membrane protein YbbJ
FA: Protein QmcA
GA: Inner membrane protein YbbJ
HA: Protein QmcA
IA: Inner membrane protein YbbJ
JA: Protein QmcA
KA: Inner membrane protein YbbJ
LA: Protein QmcA
MA: Inner membrane protein YbbJ
NA: Protein QmcA
OA: Inner membrane protein YbbJ
PA: Protein QmcA
QA: Inner membrane protein YbbJ
RA: Protein QmcA
SA: Inner membrane protein YbbJ
TA: Protein QmcA
UA: Inner membrane protein YbbJ
VA: Protein QmcA
WA: Inner membrane protein YbbJ
XA: Protein QmcA
YA: Inner membrane protein YbbJ
ZA: Protein QmcA
AB: Inner membrane protein YbbJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,319,10552
ポリマ－1,319,10552
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Protein QmcA


分子量: 33778.023 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: qmcA, ybbK, b0489, JW0478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA53
#2: タンパク質 ...
Inner membrane protein YbbJ


分子量: 16956.775 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ybbJ, b0488, JW5065 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAS3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: QmcA-YbbJ complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36372 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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