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- EMDB-39539: The Cyro-EM Structure of human SLC26A3 with specific inhibitor DR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39539
タイトルThe Cyro-EM Structure of human SLC26A3 with specific inhibitor DRAinh-A250
マップデータ
試料
  • 複合体: The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor DRAinh-A250
    • タンパク質・ペプチド: Chloride anion exchanger
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-[7-[(3-bromophenyl)methoxy]-4,8-dimethyl-2-oxidanylidene-chromen-3-yl]ethanoic acid
キーワードChloride anion exchanger / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC26A3 causes congenital secretory chloride diarrhea 1 (DIAR1) / Inorganic anion exchange by SLC26 transporters / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / intracellular pH elevation / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity ...Defective SLC26A3 causes congenital secretory chloride diarrhea 1 (DIAR1) / Inorganic anion exchange by SLC26 transporters / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / intracellular pH elevation / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / membrane hyperpolarization / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / monoatomic ion transport / sperm midpiece / chloride transmembrane transport / cellular response to cAMP / brush border membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride anion exchanger
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Feng JR / Dang S
資金援助 香港, 5件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16103321 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16102822 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16100223 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C6001-21EF 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C6012-22GF 香港
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into the Inhibition Mechanism of Human DRA
著者: Feng JR / Dang S
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39539.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å		1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å		1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.6369433 - 2.6875885
平均 (標準偏差)0.019108647 (±0.08938372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 233.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39539_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_39539_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_39539_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor ...

全体名称: The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor DRAinh-A250
要素
  • 複合体: The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor DRAinh-A250
    • タンパク質・ペプチド: Chloride anion exchanger
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-[7-[(3-bromophenyl)methoxy]-4,8-dimethyl-2-oxidanylidene-chromen-3-yl]ethanoic acid

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超分子 #1: The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor ...

超分子名称: The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor DRAinh-A250
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.5 KDa

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分子 #1: Chloride anion exchanger

分子名称: Chloride anion exchanger / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.591523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIEPFGNQYI VARPVYSTNA FEENHKKTGR HHKTFLDHLK VCCSCSPQKA KRIVLSLFPI ASWLPAYRLK EWLLSDIVSG ISTGIVAVL QGLAFALLVD IPPVYGLYAS FFPAIIYLFF GTSRHISVGP FPILSMMVGL AVSGAVSKAV PDRNATTLGL P NNSNNSSL ...文字列:
MIEPFGNQYI VARPVYSTNA FEENHKKTGR HHKTFLDHLK VCCSCSPQKA KRIVLSLFPI ASWLPAYRLK EWLLSDIVSG ISTGIVAVL QGLAFALLVD IPPVYGLYAS FFPAIIYLFF GTSRHISVGP FPILSMMVGL AVSGAVSKAV PDRNATTLGL P NNSNNSSL LDDERVRVAA AASVTVLSGI IQLAFGILRI GFVVIYLSES LISGFTTAAA VHVLVSQLKF IFQLTVPSHT DP VSIFKVL YSVFSQIEKT NIADLVTALI VLLVVSIVKE INQRFKDKLP VPIPIEFIMT VIAAGVSYGC DFKNRFKVAV VGD MNPGFQ PPITPDVETF QNTVGDCFGI AMVAFAVAFS VASVYSLKYD YPLDGNQELI ALGLGNIVCG VFRGFAGSTA LSRS AVQES TGGKTQIAGL IGAIIVLIVV LAIGFLLAPL QKSVLAALAL GNLKGMLMQF AEIGRLWRKD KYDCLIWIMT FIFTI VLGL GLGLAASVAF QLLTIVFRTQ FPKCSTLANI GRTNIYKNKK DYYDMYEPEG VKIFRCPSPI YFANIGFFRR KLIDAV GFS PLRILRKRNK ALRKIRKLQK QGLLQVTPKG FICTVDTIKD SDEELDNNQI EVLDQPINTT DLPFHIDWND DLPLNIE VP KISLHSLILD FSAVSFLDVS SVRGLKSILQ EFIRIKVDVY IVGTDDDFIE KLNRYEFFDG EVKSSIFFLT IHDAVLHI L MKKDYSTSKF NPSQEKDGKI DFTINTNGGL RNRVYEVPVE TKF

UniProtKB: Chloride anion exchanger

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #3: 2-[7-[(3-bromophenyl)methoxy]-4,8-dimethyl-2-oxidanylidene-chrome...

分子名称: 2-[7-[(3-bromophenyl)methoxy]-4,8-dimethyl-2-oxidanylidene-chromen-3-yl]ethanoic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1LZR
分子量理論値: 417.25 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane
0.005 %GDNglyco-diosgenin
50.0 uMDRAinh-A250DRAinh-A250

詳細: 25 mM Tris-HCl,150 mM NaCl,0.005% GDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 45 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2452 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.8 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode containing 40 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. v1.18) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. v3.0.1), cryoSPARC (ver. v2.15.0))
使用した粒子像数: 218752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. v3.0.1), cryoSPARC (ver. v2.15.0))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. v3.0.1), cryoSPARC (ver. v2.15.0))

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

0879


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8yra:
The Cyro-EM Structure of human SLC26A3 with specific inhibitor DRAinh-A250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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