+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 2.08A Apoferritin Structure Solved Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV | |||||||||
![]() | FSC-weighted, shapened and masked map by PostProcess. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | apoferritin / ferritin / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
![]() | Aramaki S / Yoshida Y / Tanihara T / Oyama K / Otsuki K / Terada Y / Matsunaga N / Ohdo S / Mayanagi K | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High-Resolution Single Particle Analysis Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV 著者: Aramaki S / Yoshida Y / Tanihara T / Oyama K / Otsuki K / Terada Y / Matsunaga N / Ohdo S / Mayanagi K | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 140 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 22.2 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 16.8 MB 16.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 859.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 858.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | FSC-weighted, shapened and masked map by PostProcess. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8512 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39481_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39481_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : apoferritin
全体 | 名称: apoferritin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: apoferritin
超分子 | 名称: apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 11 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: OTHER エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1893 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 92.9 e/Å2 / 詳細: TVIPS TemCam-XF416 (4k x 4k) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 200000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |