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万見- EMDB-39433: structure of phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39433 | |||||||||
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タイトル | structure of phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP | |||||||||
マップデータ | T6ATPase half map | |||||||||
試料 |
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キーワード | topoisomerase II / ISOMERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sister chromatid segregation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T6 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen YT / Xin YH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: structure of phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP 著者: Chen YT / Xin YH / Xian RQ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39433.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39433-v30.xml emd-39433.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_39433.png | 37.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39433.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_39433_half_map_1.map.gz emd_39433_half_map_2.map.gz | 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39433 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39433 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39433_validation.pdf.gz | 824.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39433_full_validation.pdf.gz | 824.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39433_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39433_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39433 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39433 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yo1MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T6ATPase half map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: T6ATPase half map
ファイル | emd_39433_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | T6ATPase half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: T6ATPase half map
ファイル | emd_39433_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | T6ATPase half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP
全体 | 名称: Phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP |
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要素 |
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-超分子 #1: Phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP
超分子 | 名称: Phage T6 topoisomerase II ATPase domain bound with AMPPNP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T6 (ファージ) |
-分子 #1: DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)
分子 | 名称: DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 69.237289 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIKNEIKILS DIEHIKKRSG MYIGSSANEM HERFLFGKWE SVQYVPGLVK LIDEIIDNSV DEGIRTKFKF ANKINVTIKN NQVTVEDNG RGIPQAMVKT PTGEEIPGPV AAWTIPKAGG NFGDDKERVT GGMNGVGSSL TNIFSVMFVG ETGDGQNNIV V RCSNGMEN ...文字列: MIKNEIKILS DIEHIKKRSG MYIGSSANEM HERFLFGKWE SVQYVPGLVK LIDEIIDNSV DEGIRTKFKF ANKINVTIKN NQVTVEDNG RGIPQAMVKT PTGEEIPGPV AAWTIPKAGG NFGDDKERVT GGMNGVGSSL TNIFSVMFVG ETGDGQNNIV V RCSNGMEN KSWETIPGKW KGTRVTFIPD FMSFETNELS QVYLDITLDR LQTLAVVYPD IQFTFNGKKV QGNFKKYARQ YD EHAIVQE QENCSIAVGR SPDGFRQLTY VNNIHTKNGG HHIDCVMDDI CEDLIPQIKR KFKIDVTKAR VKECLTIVMF VRD MKNMRF DSQTKERLTS PFGEIRSHIQ LDAKKISRAI LNNEAILMPI IEAALARKLA AEKAAETKAA KKASKAKVHK HIKA NLCGK DADTTLFLTE GDSAIGYLID VRDKELHGGY PLRGKVLNSW GMSYADMLKN KELFDICAIT GLVLGEKAEN LNYHN IAIM TDADHDGLGS IYPSLLGFFS NWPELFEQGR IRFVKTPVII AHVGKKQEWF YTVAEYESAK DALPKHSIRY IKGLGS LEK SEYREMIQNP VYDVVKLPEN WKELFEMLMG DNADLRKEWM SQHHHHHH UniProtKB: DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) |
-分子 #2: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80615 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |