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- EMDB-39427: Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39427
タイトルStructure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
マップデータ
試料
  • 複合体: Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
    • タンパク質・ペプチド: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
    • タンパク質・ペプチド: Caspase-8 subunit p10
キーワードFADD / caspase-8 / cellular FLICE-like inhibitory protein / Death effector domain / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myoblast fusion / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / skeletal muscle atrophy / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation ...negative regulation of myoblast fusion / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / skeletal muscle atrophy / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRIF-mediated programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / regulation of necroptotic process / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of macrophage differentiation / self proteolysis / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / skeletal muscle tissue regeneration / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of necroptotic process / response to anesthetic / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / natural killer cell activation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / execution phase of apoptosis / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / response to testosterone / : / B cell activation / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to nitric oxide / cysteine-type peptidase activity / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / regulation of cytokine production / protein maturation / proteolysis involved in protein catabolic process / T cell activation / enzyme activator activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / cellular response to estradiol stimulus / Regulation of TNFR1 signaling / wound healing / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / positive regulation of neuron projection development / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to insulin stimulus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / lamellipodium / peptidase activity / heart development / cell body / protease binding / scaffold protein binding / angiogenesis / cellular response to hypoxia / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death effector domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. ...Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death effector domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Lin S-C / Yang C-Y
資金援助 台湾, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reverse hierarchical DED assembly in the cFLIP-procaspase-8 and cFLIP-procaspase-8-FADD complexes.
著者: Chao-Yu Yang / Yi-Chun Tseng / Yi-Fan Tu / Bai-Jiun Kuo / Li-Chung Hsu / Chia-I Lien / You-Sheng Lin / Yin-Ting Wang / Yen-Chen Lu / Tsung-Wei Su / Yu-Chih Lo / Su-Chang Lin /
要旨: cFLIP, a master anti-apoptotic regulator, targets the FADD-induced DED complexes of procaspase-8 in death receptor and ripoptosome signaling pathways. Several tumor cells maintain relatively high ...cFLIP, a master anti-apoptotic regulator, targets the FADD-induced DED complexes of procaspase-8 in death receptor and ripoptosome signaling pathways. Several tumor cells maintain relatively high levels of cFLIP in achieving their immortality. However, understanding the three-dimensional regulatory mechanism initiated or mediated by elevated levels of cFLIP has been limited by the absence of the atomic coordinates for cFLIP-induced DED complexes. Here we report the crystal plus cryo-EM structures to uncover an unconventional mechanism where cFLIP and procaspase-8 autonomously form a binary tandem DED complex, independent of FADD. This complex gains the ability to recruit FADD, thereby allosterically modulating cFLIP assembly and partially activating caspase-8 for RIPK1 cleavage. Our structure-guided mutagenesis experiments provide critical insights into these regulatory mechanisms, elucidating the resistance to apoptosis and necroptosis in achieving immortality. Finally, this research offers a unified model for the intricate bidirectional hierarchy-based processes using multiprotein helical assembly to govern cell fate decisions.
履歴
登録2024年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39427.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 330 pix.
= 277.2 Å		0.84 Å/pix.
x 330 pix.
= 277.2 Å		0.84 Å/pix.
x 330 pix.
= 277.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.31
最小 - 最大-0.74898994 - 1.5024467
平均 (標準偏差)0.0021996964 (±0.049210776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 277.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39427_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39427_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly

全体名称: Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
要素
  • 複合体: Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
    • タンパク質・ペプチド: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
    • タンパク質・ペプチド: Caspase-8 subunit p10

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超分子 #1: Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly

超分子名称: Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43

分子名称: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.878479 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAEVIHQVE EALDTDEKEM LLFLCRDVAI DVVPPNVRDL LDILRERGKL SVGDLAELLY RVRRFDLLKR ILKMDRKAVE THLLRNPHL VSDYRVLMAE IGEDLDKSDV SSLIFLMKDY MGRGKISKEK SFLDLVVELE KLNLVAPDQL DLLEKCLKNI H RIDLKTKI QKYKQSVQGA GTS

UniProtKB: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator

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分子 #2: Caspase-8 subunit p10

分子名称: Caspase-8 subunit p10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.191648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDFSRNLYDI GEQLDSEDLA SLKFLSLDYI PQRKQEPIKD ALMLFQRLQE KRMLEESNLS FLKELLFRIN RLDLLITYLN TRKEEMERE LQTPGRAQIS AYRVMLYQIS EEVSRSELRS FKGGLQEEIS KCKLDDDMNL LDIFIEMEKR VILGEGKLDI L KRVCAQIN ...文字列:
MDFSRNLYDI GEQLDSEDLA SLKFLSLDYI PQRKQEPIKD ALMLFQRLQE KRMLEESNLS FLKELLFRIN RLDLLITYLN TRKEEMERE LQTPGRAQIS AYRVMLYQIS EEVSRSELRS FKGGLQEEIS KCKLDDDMNL LDIFIEMEKR VILGEGKLDI L KRVCAQIN KSLLKIINDY EEFSKERSSS LEGSPDEFSN GEELCGVMTI SDSPREQDSE SQTLDKVYQM KSKPRGYCLI IN NHNFAKA REKVPKLHSI RDRNGTHLDA GALTTTFEEL HFEIKPHDDC TVEQIYEILK IYQLMDHSNM DCFICCILSH GDK GIIYGT DGQEAPIYEL TSQFTGLKCP SLAGKPKVFF IQAAQGDNYQ KGIPVETASE EQPYLEMALS SPQTRYIPDE ADFL LGMAT VNNCVSYRNP AEGTWYIQSL CQSLRERCPR GDDILTILTE VNYEVSNKDD KKNMGKQMPQ PTFTLRKKLV FPSD

UniProtKB: Caspase-8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 246000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 28464
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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