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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39386 | |||||||||
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タイトル | The loacl refined map of DSR2 and NAD structure | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng J / Yang X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into autoinhibition and activation of defense-associated sirtuin protein. 著者: Xu Yang / Yiqun Wang / Jianting Zheng / 要旨: Bacterial defense-associated sirtuin 2 (DSR2) proteins harbor an N-terminal sirtuin (SIR2) domain degrading NAD. DSR2 from Bacillus subtilis 29R is autoinhibited and unable to hydrolyze NAD in the ...Bacterial defense-associated sirtuin 2 (DSR2) proteins harbor an N-terminal sirtuin (SIR2) domain degrading NAD. DSR2 from Bacillus subtilis 29R is autoinhibited and unable to hydrolyze NAD in the absence of phage infection. A tail tube protein (TTP) of phage SPR activates the DSR2 while a DSR2-inhibiting protein of phage SPbeta, known as DSAD1 (DSR anti-defense 1), inactivates the DSR2. Although DSR2 structures in complexed with TTP and DSAD1, respectively, have been reported recently, the autoinhibition and activation mechanisms remain incompletely understood. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the DSR2-NAD complex in autoinhibited state and the in vitro assembled DSR2-TFD (TTP tube-forming domain) complex in activated state. The DSR2-NAD complex reveals that the autoinhibited DSR2 assembles into an inactive tetramer, binding NAD through a distinct pocket situated outside active site. Binding of TFD into cavities within the sensor domains of DSR2 triggers a conformational change in SIR2 regions, activating its NADase activity, whereas the TTP β-sandwich domain (BSD) is flexible and does not contribute to the activation process. The activated form of DSR2 exists as tetramers and dimers, with the tetramers exhibiting more NADase activity. Overall, our results extend the current understanding of autoinhibition and activation of DSR2 immune proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | EMDBマップデータ形式 | |||
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ヘッダ (付随情報) | EMDBヘッダ | |||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39369 39380 39381 39382 39385 39387 39390 39718 60470 8ykfC 8yl5C 8ylnC 8yltC 8z18C 8ztrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : the complex of DSR2 and NAD
全体 | 名称: the complex of DSR2 and NAD |
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要素 |
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-超分子 #1: the complex of DSR2 and NAD
超分子 | 名称: the complex of DSR2 and NAD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 259276 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |