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- EMDB-39371: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv (2-up state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39371
タイトルSARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv (2-up state)
マップデータ0.004
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
    • 複合体: NT-108 scFv
      • タンパク質・ペプチド: NT-108 scFv
キーワードAntibody / Complex / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Anraku Y / Kita S / Onodera T / Tadokoro T / Ito S / Adachi Y / Kotaki R / Suzuki T / Hashiguchi T / Takahashi Y / Maenaka K
資金援助 日本, 8件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101093 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20ae0101047 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21fk0108463 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121037 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05873 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP223fa627005 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP223fa627009 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23jf0126002 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for potent neutralization activity of SARS-CoV-2 antibody, NT-108
著者: Anraku Y / Maenaka K
履歴
登録2024年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39371.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈0.004
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 384 pix.
= 289.459 Å		0.75 Å/pix.
x 384 pix.
= 289.459 Å		0.75 Å/pix.
x 384 pix.
= 289.459 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7538 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.011741532 - 0.036826417
平均 (標準偏差)0.00006987358 (±0.0014140297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 289.4592 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39371_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 0.0187

ファイルemd_39371_half_map_1.map
注釈0.0187
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 0.0187

ファイルemd_39371_half_map_2.map
注釈0.0187
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv

全体名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
    • 複合体: NT-108 scFv
      • タンパク質・ペプチド: NT-108 scFv

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv

超分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 20 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 spike glycoprotein

超分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: NT-108 scFv

超分子名称: NT-108 scFv / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein

分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSQCVNLTTR TQLPPAYTNS FTRGVYYPDK VFRSSVLHST QDLFLPFFSN VTWFHAIHVS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG ...文字列:
SSQCVNLTTR TQLPPAYTNS FTRGVYYPDK VFRSSVLHST QDLFLPFFSN VTWFHAIHVS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LVRDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LALHRSYLTP GDSSSGWTAG AAAYYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTESIVRFPN ITNLCPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP LQSYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGRDIAD TTDAVRDPQT LEILDITPCS FGGVSVITPG TNTSNQVAVL YQDVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYSTGSN VFQTRAGCLI GAEHVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTQTNSP GSAGSVASQS IIAYTMSLGA ENSVAYSNNS IAIPTNFTIS VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGFN FSQILPDPSK PSKRSPIEDL LFNKVTLADA GFIKQYGDCL GDIAARDLIC AQKFNGLTVL PPLLTDEMIA QYTSALLAGT ITSGWTFGAG PALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST PSALGKLQDV VNQNAQALNT LVKQLSSNFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FCGKGYHLMS FPQSAPHGVV FLHVTYVPAQ EKNFTTAPAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQIITTDNTF VSGNCDVVIG IVNNTVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDRLNEVAK NLNESLIDLQ ELGKYEQYI

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分子 #2: NT-108 scFv

分子名称: NT-108 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS STFLAWYQQK PGQAPRLLIY GASYMATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSLTFG GGTKLEIKGG GGSGGGGSGG GGSQVQLQQS GPGLVKPSQT LSLTCSISGD SVSSNSAAWN W IRQSPSRG ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS STFLAWYQQK PGQAPRLLIY GASYMATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSLTFG GGTKLEIKGG GGSGGGGSGG GGSQVQLQQS GPGLVKPSQT LSLTCSISGD SVSSNSAAWN W IRQSPSRG LEWLGRTYYR SKWYNDYAGT VKSRIAINPD TSKNQFSLHL NSVTPEDTAV YFCARVISVA GYAFDIWGQG TM VTVSSHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.14 mol/LNaClsodium chloride
0.0027 mol/LKClkalium chloride
0.01 mol/LH3PO4phosphoric acid

詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4792 pixel / 実像数: 2832 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 53.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 652138
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: the map of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein close state reconstructed using EMPIAR-10514 dataset
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 73060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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