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- EMDB-39324: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in azox... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39324
タイトルCryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in azoxystrobin-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 8種
キーワードComplex / mitochondria / ELECTRON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / proton transmembrane transport / aerobic respiration ...: / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / proton transmembrane transport / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b / quinol--cytochrome-c reductase / : / : / : / : / : / : / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ye Y / Li ZW / Yang GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in azoxystrobin-bound state
著者: Ye Y / Li ZW / Yang GF
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39324.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 307.2 Å		0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 307.2 Å		0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 307.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.2
最小 - 最大-9.339888 - 18.647528000000001
平均 (標準偏差)-0.0017366189 (±0.3936111)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 307.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39324_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39324_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae bc1 complex

全体名称: Saccharomyces cerevisiae bc1 complex
要素
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: COR1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: QCR6 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
  • リガンド: METHYL (2Z)-2-(2-{[6-(2-CYANOPHENOXY)PYRIMIDIN-4-YL]OXY}PHENYL)-3-METHOXYACRYLATE
  • リガンド: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
  • リガンド: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
  • リガンド: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

+
超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae bc1 complex

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae bc1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #2, #4-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: COR1 isoform 1

分子名称: COR1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.45927 KDa
配列文字列: AEVTQLSNGI VVATEHNPSA HTASVGVVFG SGAANENPYN NGVSNLWKNI FLSKENSAVA AKEGLALSSN ISRDFQSYIV SSLPGSTDK SLDFLNQSFI QQKANLLSSS NFEATKKSVL KQVQDFEEND HPNRVLEHLH STAFQNTPLS LPTRGTLESL E NLVVADLE ...文字列:
AEVTQLSNGI VVATEHNPSA HTASVGVVFG SGAANENPYN NGVSNLWKNI FLSKENSAVA AKEGLALSSN ISRDFQSYIV SSLPGSTDK SLDFLNQSFI QQKANLLSSS NFEATKKSVL KQVQDFEEND HPNRVLEHLH STAFQNTPLS LPTRGTLESL E NLVVADLE SFANNHFLNS NAVVVGTGNI KHEDLVNSIE SKNLSLQTGT KPVLKKKAAF LGSEVRLRDD TLPKAWISLA VE GEPVNSP NYFVAKLAAQ IFGSYNAFEP ASRLQGIKLL DNIQEYQLCD NFNHFSLSYK DSGLWGFSTA TRNVTMIDDL IHF TLKQWN RLTISVTDTE VERAKSLLKL QLGQLYESGN PVNDANLLGA EVLIKGSKLS LGEAFKKIDA ITVKDVKAWA GKRL WDQDI AIAGTGQIEG LLDYMRIRSD MSMMRW

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q3X1

+
分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 43.68659 KDa
配列文字列: MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG ...文字列:
MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG FSVSNPTIQR FFALHYLVPF IIAAMVIMHL MALHIHGSSN PLGITGNLDR IPMHSYFIFK DLVTVFLFML IL ALFVFYS PNTLGHPDNY IPGNPLVTPA SIVPEWYLLP FYAILRSIPD KLLGVITMFA AILVLLVLPF TDRSVVRGNT FKV LSKFFF FIFVFNFVLL GQIGACHVEV PYVLMGQIAT FIYFAYFLII VPVISTIENV LFYIGRVNK

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.751918 KDa
配列文字列: LTVSARDAPT KISTLAVKVH GGSRYATKDG VAHLLNRFNF QNTNTRSALK LVRESELLGG TFKSTLDREY ITLKATFLKD DLPYYVNAL ADVLYKTAFK PHELTESVLP AARYDYAVAE QCPVKSAEDQ LYAITFRKGL GNPLLYDGVE RVSLQDIKDF A DKVYTKEN ...文字列:
LTVSARDAPT KISTLAVKVH GGSRYATKDG VAHLLNRFNF QNTNTRSALK LVRESELLGG TFKSTLDREY ITLKATFLKD DLPYYVNAL ADVLYKTAFK PHELTESVLP AARYDYAVAE QCPVKSAEDQ LYAITFRKGL GNPLLYDGVE RVSLQDIKDF A DKVYTKEN LEVSGENVVE ADLKRFVDES LLSTLPAGKS LVSKSEPKFF LGEENRVRFI GDSVAAIGIP VNKASLAQYE VL ANYLTSA LSELSGLISS AKLDKFTDGG LFTLFVRDQD SAVVSSNIKK IVADLKKGKD LSPAINYTKL KNAVQNESVS SPI ELNFDA VKDFKLGKFN YVAVGDVSNL PYLDEL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q625

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.807395 KDa
配列文字列: MTAAEHGLHA PAYAWSHNGP FETFDHASIR RGYQVYREVC AACHSLDRVA WRTLVGVSHT NEEVRNMAEE FEYDDEPDEQ GNPKKRPGK LSDYIPGPYP NEQAARAANQ GALPPDLSLI VKARHGGCDY IFSLLTGYPD EPPAGVALPP GSNYNPYFPG G SIAMARVL ...文字列:
MTAAEHGLHA PAYAWSHNGP FETFDHASIR RGYQVYREVC AACHSLDRVA WRTLVGVSHT NEEVRNMAEE FEYDDEPDEQ GNPKKRPGK LSDYIPGPYP NEQAARAANQ GALPPDLSLI VKARHGGCDY IFSLLTGYPD EPPAGVALPP GSNYNPYFPG G SIAMARVL FDDMVEYEDG TPATTSQMAK DVTTFLNWCA EPEHDERKRL GLKTVIILSS LYLLSIWVKK FKWAGIKTRK FV FNPPKPR K

UniProtKB: quinol--cytochrome-c reductase

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.122955 KDa
配列文字列:
KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSAG AKSTVETFIS SMTATADVLA MAKVEVNLAA IPLGKNVVVK WQGKPVFIR HRTPHEIQEA NSVDMSALKD PQTDADRVKD PQWLIMLGIC THLGCVPIGE AGDFGGWFCP CHGSHYDISG R IRKGPAPL NLEIPAYEFD GDKVIVG

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H8ULJ0

+
分子 #6: QCR6 isoform 1

分子名称: QCR6 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.983905 KDa
配列文字列:
EVTDQLEDLR EHFKNTEEGK ALVHHYEECA ERVKIQQQQP GYADLEHKED CVEEFFHLQH YLDTATAPRL FDKLK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8H8ULB7

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.452557 KDa
配列文字列:
PQSFTSIARI GDYILKSPVL SKLCVPVANQ FINLAGYKKL GLKFDDLIAE ENPIMQTALR RLPEDESYAR AYRIIRAHQT ELTHHLLPR NEWIKAQEDV PYLLPYILEA EAAAKEKDEL DNIEVSK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q2H4

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.856314 KDa
配列文字列:
GPPSGKTYMG WWGHMGGPKQ KGITSYAVSP YAQKPLQGIF HNAVFNSFRR FKSQFLYVLI PAGIYWYWWK NGNEYNEFLY SKAGREELE RVNV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PU80

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9
詳細: The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available, replaced by P22289 temporarily.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.301232 KDa
配列文字列:
SSLYKTFFKR NAVFVGTIFA GAFVFQTVFD TAITSWYENH NKGKLWKDVK ARIAA

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10
詳細: The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available, replaced by P37299 temporarily.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 5.879958 KDa
配列文字列:
KTGLHFGRLS LRSLTAYAPN LMLWGGASML GLFVFTEGWP KFQDTLYKKI PL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

+
分子 #11: METHYL (2Z)-2-(2-{[6-(2-CYANOPHENOXY)PYRIMIDIN-4-YL]OXY}PHENYL)-3...

分子名称: METHYL (2Z)-2-(2-{[6-(2-CYANOPHENOXY)PYRIMIDIN-4-YL]OXY}PHENYL)-3-METHOXYACRYLATE
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: AZO
分子量理論値: 403.387 Da
Chemical component information

ChemComp-AZO:
METHYL (2Z)-2-(2-{[6-(2-CYANOPHENOXY)PYRIMIDIN-4-YL]OXY}PHENYL)-3-METHOXYACRYLATE / アゾキシストロビン

+
分子 #12: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)...

分子名称: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: UQ6
分子量理論値: 592.891 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ6:
5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL

+
分子 #13: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: 8PE
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #14: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoy...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: 9PE
分子量理論値: 593.773 Da
Chemical component information

ChemComp-9PE:
(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #15: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #16: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-penta...

分子名称: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CN5
分子量理論値: 634.631 Da
Chemical component information

ChemComp-CN5:
(5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate

+
分子 #17: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16...

分子名称: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: CN3
分子量理論値: 834.862 Da
Chemical component information

ChemComp-CN3:
(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate

+
分子 #18: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

分子名称: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: 6PH
分子量理論値: 592.785 Da
Chemical component information

ChemComp-6PH:
(1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS,0.1%DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 5829 / 平均電子線量: 48.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2292432
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 433970
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ymx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8yio:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in azoxystrobin-bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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