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万見
- EMDB-39319: DmDcr-2/LoqsPD/slm1 in pre-dicing state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39319
タイトルDmDcr-2/LoqsPD/slm1 in pre-dicing state
マップデータ
試料
  • 複合体: DmDcr-2/LoqsPD/slm2 in initial binding state
    • タンパク質・ペプチド: Isoform PD of Protein Loquacious
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • RNA: slm1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードRNAi / Dcr-2 / Loqs-PD / esiRNA / Cryo-EM / STRUCTURAL PROTEIN/RNA / STRUCTURAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Toll signaling pathway / lncRNA catabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNAi-mediated antiviral immune response / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / RISC complex binding ...positive regulation of Toll signaling pathway / lncRNA catabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNAi-mediated antiviral immune response / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / RISC complex binding / global gene silencing by mRNA cleavage / apoptotic DNA fragmentation / germ-line stem cell population maintenance / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / detection of virus / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of innate immune response / RISC complex / positive regulation of defense response to virus by host / central nervous system development / mRNA 3'-UTR binding / helicase activity / locomotory behavior / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / heterochromatin formation / double-stranded RNA binding / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family ...: / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dcr-2 / Protein Loquacious
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Cao N / Su S / Wang J / Ma J / Wang H-W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural basis of endo-siRNA processing by Drosophila Dicer-2 and Loqs-PD.
著者: Na Cao / Jia Wang / Ting Deng / Boming Fan / Shichen Su / Jinbiao Ma / Hong-Wei Wang /
要旨: Endogenous small interfering RNAs (endo-siRNAs or esiRNAs) originate from either elongated endogenous transcripts capable of forming complex fold-back structures or from double-stranded regions ...Endogenous small interfering RNAs (endo-siRNAs or esiRNAs) originate from either elongated endogenous transcripts capable of forming complex fold-back structures or from double-stranded regions generated through intermolecular base pairing of convergently transcribed mRNAs. The mechanism of maturation and functionality of esiRNAs exhibit significant variation across diverse species. In Drosophila melanogaster, esiRNAs reside in both somatic and germline cells, where they serve as post-transcriptional modulators for specific target RNAs. Their maturation process critically relies on Dicer-2 (Dcr-2), with the assistance of its cofactor Loqs-PD. In this study, we have successfully elucidated the cryo-EM structures of Dcr-2/Loqs-PD complex bound to esiRNA precursors (pre-esiRNAs) in various states. Our structural and biochemical results reveal that ATP is essential for the cleavage of esiRNAs by the Dcr-2/Loqs-PD complex, a process analogous to the cleavage of double-stranded RNA (dsRNA). When Loqs-PD is present, pre-esiRNAs are preferentially loaded onto the Helicase domain of Dcr-2. Moreover, as the Helicase domain exhibits a preference for binding to the rigid end of double-stranded RNA, Dcr-2 tends to cleave pre-esiRNA from the small closed loop end, rather than the loose and flexible open end.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39319.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 257.808 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 257.808 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 257.808 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.51872617 - 1.140864
平均 (標準偏差)0.00281197 (±0.048558917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 257.808 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39319_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39319_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DmDcr-2/LoqsPD/slm2 in initial binding state

全体名称: DmDcr-2/LoqsPD/slm2 in initial binding state
要素
  • 複合体: DmDcr-2/LoqsPD/slm2 in initial binding state
    • タンパク質・ペプチド: Isoform PD of Protein Loquacious
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • RNA: slm1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: DmDcr-2/LoqsPD/slm2 in initial binding state

超分子名称: DmDcr-2/LoqsPD/slm2 in initial binding state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Isoform PD of Protein Loquacious

分子名称: Isoform PD of Protein Loquacious / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 38.502574 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDQENFHGSS LPQQLQNLHI QPQQASPNPV QTGFAPRRHY NNLVGLGNGN AVSGSPVKGA PLGQRHVKLK KEKISAQVAQ LSQPGQLQL SDVGDPALAG GSGLQGGVGL MGVILPSDEA LKFVSETDAN GLAMKTPVSI LQELLSRRGI TPGYELVQIE G AIHEPTFR ...文字列:
MDQENFHGSS LPQQLQNLHI QPQQASPNPV QTGFAPRRHY NNLVGLGNGN AVSGSPVKGA PLGQRHVKLK KEKISAQVAQ LSQPGQLQL SDVGDPALAG GSGLQGGVGL MGVILPSDEA LKFVSETDAN GLAMKTPVSI LQELLSRRGI TPGYELVQIE G AIHEPTFR FRVSFKDKDT PFTAMGAGRS KKEAKHAAAR ALIDKLIGAQ LPESPSSSAG PSVTGLTVAG SGGDGNANAT GG GDASDKT VGNPIGWLQE MCMQRRWPPP SYETETEVGL PHERLFTIAC SILNYREMGK GKSKKIAKRL AAHRMWMRLQ ETP IDSGKI SDSICGELEG EVSIIQDIDR YEQVSKDFEF IKI

UniProtKB: Protein Loquacious

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分子 #2: Dicer-2, isoform A

分子名称: Dicer-2, isoform A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 197.875484 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EDVEIKPRGY QLRLVDHLTK SNGIVYLPTG SGKTFVAILV LKRFSQDFDK PIESGGKRAL FMCNTVELAR QQAMAVRRCT NFKVGFYVG EQGVDDWTRG MWSDEIKKNQ VLVGTAQVFL DMVTQTYVAL SSLSVVIIDE CHHGTGHHPF REFMRLFTIA N QTKLPRVV ...文字列:
EDVEIKPRGY QLRLVDHLTK SNGIVYLPTG SGKTFVAILV LKRFSQDFDK PIESGGKRAL FMCNTVELAR QQAMAVRRCT NFKVGFYVG EQGVDDWTRG MWSDEIKKNQ VLVGTAQVFL DMVTQTYVAL SSLSVVIIDE CHHGTGHHPF REFMRLFTIA N QTKLPRVV GLTGVLIKGN EITNVATKLK ELEITYRGNI ITVSDTKEME NVMLYATKPT EVMVSFPHQE QVLTVTRLIS AE IEKFYVS LDLMNIGVQP IRRSKSLQCL RDPSKKSFVK QLFNDFLYQM KEYGIYAASI AIISLIVEFD IKRRQAETLS VKL MHRTAL TLCEKIRHLL VQKLQDMTYD DDDDNVNTEE VIMNFSTPKV QRFLMSLKVS FADKDPKDIC CLVFVERRYT CKCI YGLLL NYIQSTPELR NVLTPQFMVG RNNISPDFES VLERKWQKSA IQQFRDGNAN LMICSSVLEE GIDVQACNHV FILDP VKTF NMYVQSKGRA RTTEAKFVLF TADKEREKTI QQIYQYRKAH NDIAEYLKDR VLEKTEPELY EIKGHFQDDI DPFTNE NGA VLLPNNALAI LHRYCQTIPT DAFGFVIPWF HVLQEDERDR IFGVSAKGKH VISINMPVNC MLRDTIYSDP MDNVKTA KI SAAFKACKVL YSLGELNERF VPKTLKERVA SIADVHFEHW NKYGDSVTAT VNKADKSKDR TYKTECPLEF YDALPRVG E ICYAYEIFLE PQFESCEYTE HMYLNLQTPR NYAILLRNKL PRLAEMPLFS NQGKLHVRVA NAPLEVIIQN SEQLELLHQ FHGMVFRDIL KIWHPFFVLD RRSKENSYLV VPLILGAGEQ KCFDWELMTN FRRLPQSHGS NVQQREQQPA PRPEDFEGKI VTQWYANYD KPMLVTKVHR ELTPLSYMEK NQQDKTYYEF TMSKYGNRIG DVVHKDKFMI EVRDLTEQLT FYVHNRGKFN A KSKAKMKV ILIPELCFNF NFPGDLWLKL IFLPSILNRM YFLLHAEALR KRFNTYLNLH LLPFNGTDYM PRPLEIDYSL KR NVDPLGN VIPTEDIEEP KSLLEPMPTK SIEASVANLE ITEFENPWQK YMEPVDLSRN LLSTYPVELD YYYHFSVGNV CEM NEMDFE DKEYWAKNQF HMPTGNIYGN RTPAKTNANV PALMPSKPTV RGKVKPLLIL QKTVSKEHIT PAEQGEFLAA ITAS SAADV FDMERLEILG NSFLKLSATL YLASKYSDWN EGTLTEVKSK LVSNRNLLFC LIDADIPKTL NTIQFTPRYT WLPPG ISLP HNVLALWREN PEFAKIIGPH NLRDLALGDE ESLVKGNCSD INYNRFVEGC RANGQSFYAG ADFSSEVNFC VGLVTI PNK VIADTLEALL GVIVKNYGLQ HAFKMLEYFK ICRADIDKPL TQLLNLELGG KKMRANVNTT EIDGFLINHY YLEKNLG YT FKDRRYLLQA LTHPSYPTNR ITGSYQELEF IGNAILDFLI SAYIFENNTK MNPGALTDLR SALVNNTTLA CICVRHRL H FFILAENAKL SEIISKFVNF QESQGHRVTN YVRILLEEAD VQPTPLDLDD ELDMTELPHA NKCISQEAEK GVPPKGEFN MSTNVDVPKA LGDVLEALIA AVYLDCRDLQ RTWEVIFNLF EPELQEFTRK VPINHIRQLV EHKHAKPVFS SPIVEGETVM VSCQFTCME KTIKVYGFGS NKDQAKLSAA KHALQQLSKC DA

UniProtKB: Endoribonuclease Dcr-2

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分子 #3: slm1

分子名称: slm1 / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 30.660104 KDa
配列文字列:
GUAGCAUGAU CAUCCGAAUC CUCUACAACG AUUUUUUCCC CAUUAUUGAA UAAUGGCAAA AAAUCCUUGU AGUGGAUUCG GAUGAUAAU GCUACUG

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 78861
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8yih:
DmDcr-2/LoqsPD/slm1 in pre-dicing state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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