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- EMDB-39244: Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39244
タイトルRhodobacter blasticus RC-LH1 dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 7種
キーワードphotosynthesis / light-harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center subunit H / Reaction center protein M chain / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Antenna pigment protein alpha chain / Antenna pigment protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Liu LN / Zhang YZ / Wang P / Christianson BM / Ugurlar D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32170127 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Architectures of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes from .
著者: Peng Wang / Bern M Christianson / Deniz Ugurlar / Ruichao Mao / Yi Zhang / Ze-Kun Liu / Ying-Yue Zhang / Adrian M Gardner / Jun Gao / Yu-Zhong Zhang / Lu-Ning Liu /
要旨: The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric ...The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric and dimeric RC-LH1 supercomplexes from () using cryo-electron microscopy. The RC-LH1 monomer is composed of an RC encircled by an open LH1 ring comprising 15 αβ heterodimers and a PufX transmembrane polypeptide. In the RC-LH1 dimer, two crossing PufX polypeptides mediate dimerization. Unlike counterpart, RC-LH1 dimer has a less bent conformation, lacks the PufY subunit near the LH1 opening, and includes two extra LH1 αβ subunits, forming a more enclosed S-shaped LH1 ring. Spectroscopic assays reveal that these unique structural features are accompanied by changes in the kinetics of quinone/quinol trafficking between RC-LH1 and cytochrome . Our findings reveal the assembly principles and structural variability of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes, highlighting diverse strategies used by phototrophic bacteria to optimize light-harvesting and electron transfer in competitive environments.
履歴
登録2024年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.929 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.76836497 - 1.1767334
平均 (標準偏差)0.0050674095 (±0.08246518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 237.824 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer

全体名称: Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer
要素
  • 複合体: Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center subunit H
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPHEROIDENE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: FE (II) ION

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超分子 #1: Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer

超分子名称: Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)

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分子 #1: Antenna pigment protein beta chain

分子名称: Antenna pigment protein beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
分子量理論値: 5.614452 KDa
配列文字列:
MADKSDLSFT GLSDEQAQEL HSVYMSGLWL FVTIAVIAHI AVYIWRPWL

UniProtKB: Antenna pigment protein beta chain

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分子 #2: Antenna pigment protein alpha chain

分子名称: Antenna pigment protein alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
分子量理論値: 7.096406 KDa
配列文字列:
MSKFYKIWQV FDPRRVFVAQ GVFLFLLAVM IHLILLSKPD YNWLDVGTAK YGRGEAAAVV TP

UniProtKB: Antenna pigment protein alpha chain

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分子 #3: Photosynthetic reaction center subunit H

分子名称: Photosynthetic reaction center subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
分子量理論値: 28.320168 KDa
配列文字列: MVGVNFFGDF DLASLAIWSF WGFLAFLIYY LQTENMREGY PLEMEDGSVA PNQGLFPVPK PKTFKLPNGR GEIVMPSAEN EAAHRRNDL ALARTSVSEG FPHAPTGNAL VDGVGPASWV PRRDEPELDA HGHNKIMPMA LAKGFNVTAG RDPRGLPVQA A DLEVVGRV ...文字列:
MVGVNFFGDF DLASLAIWSF WGFLAFLIYY LQTENMREGY PLEMEDGSVA PNQGLFPVPK PKTFKLPNGR GEIVMPSAEN EAAHRRNDL ALARTSVSEG FPHAPTGNAL VDGVGPASWV PRRDEPELDA HGHNKIMPMA LAKGFNVTAG RDPRGLPVQA A DLEVVGRV SELWVDVPEQ MVRYLEIDLN SGKKRLVPMT LAKIWADRVR VNAIASDSFE NIPATRSASE VTKLEEDKIS GY VAGGWLY DADKRKRGF

UniProtKB: Photosynthetic reaction center subunit H

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分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
分子量理論値: 31.494471 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVPGGTLVGG NLFDFWVGPF YVGFFGVTTF FFAALGTLLI LYGTAMEGVW NPQLISIEPP SVENGLAFAP LAEGGLWQL ITICALGAFI SWALREVEIC RKLGIGLHIP FAFSFAILAY AVLVVFRPLL MGSWGYAFPY GIWTHLDWVS N TGYTYGNF ...文字列:
MALLSFERKY RVPGGTLVGG NLFDFWVGPF YVGFFGVTTF FFAALGTLLI LYGTAMEGVW NPQLISIEPP SVENGLAFAP LAEGGLWQL ITICALGAFI SWALREVEIC RKLGIGLHIP FAFSFAILAY AVLVVFRPLL MGSWGYAFPY GIWTHLDWVS N TGYTYGNF HYNPAHMLGI SFFFTTALAL ALHGALVLSA ANPEKGQEMK TADHEDTFFR DLVGYSIGTL GIHRLGLLLA LM AVFWSAV CMIITGTIWF DQWSNWWYWW VELPWWVDIP GGVNG

UniProtKB: Reaction center protein L chain

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分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
分子量理論値: 34.542602 KDa
配列文字列: MAEYQNIFTQ VQVGGAPEMG LVEGVDLSNR TKGTTNWTLL GWFGNAQIGP IYLGGWGTVS LISGVLWFMT IGAWFWYEAG FNPAVFMRD LFYLSLDAPD AKYGLGVPRD AEGIMWFIAS FFMFVAVWSW WIRTYTRAAA LGMGKHTAWA FLSAIWLWMV L GFIRPILM ...文字列:
MAEYQNIFTQ VQVGGAPEMG LVEGVDLSNR TKGTTNWTLL GWFGNAQIGP IYLGGWGTVS LISGVLWFMT IGAWFWYEAG FNPAVFMRD LFYLSLDAPD AKYGLGVPRD AEGIMWFIAS FFMFVAVWSW WIRTYTRAAA LGMGKHTAWA FLSAIWLWMV L GFIRPILM GSWSEAVPYG IFTHLDWTNN FSLTYGNLFY NPFHGLSIAF LYGSALLFAM HGATILAVSR FGGDRELEQI VD RGTAAER AALFWRWTMG FNATMEGIHR WAWWFGVLVT LTGGIGILLS GTVVDNWYVW AQVHGYAPVN

UniProtKB: Reaction center protein M chain

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分子 #6: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

分子名称: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
分子量理論値: 8.046359 KDa
配列文字列:
MAEYNYSHEP NAVINLRVWA LGQMVWGAFL AAVGVVVVIC LLVGTYLAGL LLPEQSKQAP SPYGALEIVQ TIDVA

UniProtKB: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

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分子 #7: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 34 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #8: SPHEROIDENE

分子名称: SPHEROIDENE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 29 / 式: SPO
分子量理論値: 568.914 Da
Chemical component information

ChemComp-7OT:
SPHEROIDENE / all-trans-スフェロイデン

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分子 #9: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 11 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #10: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #11: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

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分子 #12: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 7 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

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分子 #13: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9149
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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