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- EMDB-39227: Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39227
タイトルCryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
マップデータ
試料
  • 複合体: Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 2種
キーワードtranscription termination / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-diphosphatase activity / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of septum digestion after cytokinesis / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / nuclease activity / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription ...mRNA 5'-diphosphatase activity / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of septum digestion after cytokinesis / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / nuclease activity / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase I activity / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription termination / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / mRNA processing / rRNA processing / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like ...5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit ...DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit / Decapping nuclease / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / 5'-3' exoribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Murayama Y / Yanagisawa T / Ehara H / Sekine S
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of eukaryotic transcription termination by the Rat1 exonuclease complex.
著者: Tatsuo Yanagisawa / Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mie Goto / Mari Aoki / Shun-Ichi Sekine /
要旨: The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a ...The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a "torpedo" to bind transcribing RNAPII and dissociate DNA/RNA from it. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the Rat1-Rai1-Rtt103 complex and three Rat1-Rai1-associated RNAPII complexes (type-1, type-1b, and type-2) from the yeast, Komagataella phaffii. The Rat1-Rai1-Rtt103 structure revealed that Rat1 and Rai1 form a heterotetramer with a single Rtt103 bound between two Rai1 molecules. In the type-1 complex, Rat1-Rai1 forms a heterodimer and binds to the RNA exit site of RNAPII to extract RNA into the Rat1 exonuclease active site. This interaction changes the RNA path in favor of termination (the "pre-termination" state). The type-1b and type-2 complexes have no bound DNA/RNA, likely representing the "post-termination" states. These structures illustrate the termination mechanism of eukaryotic mRNA transcription.
履歴
登録2024年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.013553296 - 0.041419324
平均 (標準偏差)0.00012497381 (±0.0020731434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft

全体名称: Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
要素
  • 複合体: Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit B32
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit B12.5
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exoribonuclease
    • タンパク質・ペプチド: Decapping nuclease
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft

超分子名称: Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 194.107422 KDa
配列文字列: MSQFPYSSAP LRSVKEVQFG LLSPEEIRAI SVVKIEYPEI MDESRQRPRE GGLNDPKLGS IDRNFKCQTC GEGMAECPGH FGHMELAKP VFHIGFIPKI KKVCECICMN CGKLLLDETN PTMAQAIRIR DPKKRFNAVW QLCKTKMVCE ADAPVDEYSE Q KVVSRGGC ...文字列:
MSQFPYSSAP LRSVKEVQFG LLSPEEIRAI SVVKIEYPEI MDESRQRPRE GGLNDPKLGS IDRNFKCQTC GEGMAECPGH FGHMELAKP VFHIGFIPKI KKVCECICMN CGKLLLDETN PTMAQAIRIR DPKKRFNAVW QLCKTKMVCE ADAPVDEYSE Q KVVSRGGC GNTQPVVRKD GMKLWGTWKK SGFSDRDAQP ERKLLTPGEI LNVFKHISPE DCFRLGFNED YARPEWMIIT VL PVPPPQV RPSIAMDETT QGQDDLTHKL SDILKANINV QKLEMDGSPQ HIINEVEQLL QFHVATYMDN DIAGQPQALQ KSG RPVKAI RARLKGKEGR LRGNLMGKRV DFSARTVISG DPNLELDQVG VPISIAKTLS YPETVTQYNI HRLTEYVRNG PNEH PGAKY VIRDNGDRID LRYHKRAGDI VLQYGWKVER HLMDDDPVLF NRQPSLHKMS MMAHRVKVMP YSTFRLNLSV TSPYN ADFD GDEMNLHVPQ SEETRAELSQ LCAVPLQIVS PQSNKPVMGI VQDTLCGVRK MTLRDTFIEY EQVMNMLFWV PSWDGV VPQ PAILKPKPLW TGKQLLSIAI PSGIHLQRTD GGNSLLSPKD NGMLIVDGKV MFGVVDKKTV GSGGGGLIHT VMREKGP KI CAELFGNIQK VVNYWLLHNG FSIGIGDAIA DASTMKEITH AISSAKEQVQ EIIYKAQHNE LELKPGMTLR ESFEGEVS R TLNDARDSAG RSAEMNLKDL NNVKQMVSAG SKGSFINIAQ MSACVGQQMV EGKRIAFGFA DRSLPHFTKD DFSPESKGF VENSYLRGLT PQEFFFHAMA GREGLIDTAV KTAETGYIQR RLVKALEDIM VHYDGTTRNS LGDIIQFLYG EDGLDGTQVE RQTIDTIPG SDKAFHKRYY VDLMDEKNSI KPDVIEYAAD ILGDVELQKE LNSEYEQLVS DRKFLREIVF VNGDHNWPLP V NLRRIIQN AQQIFHLDRA KASDLTIPEI IHGVRDLCKK LFVLRGENEL IKEAQQNATS LFQCLVRARL ATRRILEEFR LN RDAFEWV LGTIEAQFQR SLVHPGEMVG VIAAQSIGEP ATQMTLNTFH YAGVSSKNVT LGVPRLKEIL NVAKNIKTPA LTV YLDREI ALDIEKAKVI QSSIEYTTLK NVTSATEIYY DPDPTSTVIE EDFDTVEAYF SIPDEKVEET IDKQSPWLLR LELD RARML DKQLTMNQVA DKISEVFSDD LFVMWSEDNA DKLIIRCRVI RDPKAMDEEL EAEEDQMLKR IEAHMLDLIA LRGIP GISK VYMVKHKVSV PDESGEYKNE ELWALETDGI NLAEVMAVPG VDSSRTYSNS FVEILSVLGI EATRSSLYKE ILNVIA FDG SYVNYRHMAL LVDVMTSRGY LMAITRHGIN RADTGALMRC SFEETVEILF EAGAAAELDD CRGVSENVML GQLAPMG TG AFDVMIDEKL LTSLPADYAP TMPLFKGKAT QGSATPYDNN AQYDDEFNHD DVADVMFSPM AETGSGDDRS GGLTEYAG I QSPYQPTSPG LSATSPGFAP TSPGFAPTSP RYSPTSPGYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPQY SPTSPQYSPT SPQYSPTSPQ YSPTSPQYSP TSPQYSPTSP QYSPTSPQYS PTSPQYSPT SPQYSPTSPQ YSPTSPQYSP TSPQYSPTSP QYSPASPQYS PSRHSPNGES KEGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 139.746094 KDa
配列文字列: MSYDPYSIDD TITTEDCWTV ISAFFEEKGL VSQQLDSFDE FMETSIQDLV WEEPRLILDQ PAQHTNEKDN INKRYEIRFG KIYLSRPTM TEADGTTHAM FPQEARLRNL TYSSPVYLDM EKSMFTSIDD EGNPNATLDW QQVHEPIKDG VEEGNKVHIG K VPIMLRSK ...文字列:
MSYDPYSIDD TITTEDCWTV ISAFFEEKGL VSQQLDSFDE FMETSIQDLV WEEPRLILDQ PAQHTNEKDN INKRYEIRFG KIYLSRPTM TEADGTTHAM FPQEARLRNL TYSSPVYLDM EKSMFTSIDD EGNPNATLDW QQVHEPIKDG VEEGNKVHIG K VPIMLRSK FCSLRTLDEV DLYKMKECPY DMGGYFVING SEKVLIAQER SAANIVQVFK KAAPSPISHV AEIRSALEKG SR LISTMQI KLYGREDKGT GRTIKATLPY VKQDIPIVIV FRALGVVPDG EILQHICYDE NDWQMLEMLK PCIEEGFVIQ DKE VALDFI GRRGSAALGI RREKRIQYAK DILQKELLPH ITQEEGFETR KTFFLGYMVN RLLLCALERK DQDDRDHFGK KRLD LAGPL LANLFRILFR KLTREIYRYM QRCIETDRDF NLNLAVKSTT ITSGLKYSLA TGNWGEQKKA MSSRAGVSQV LNRYT YSST LSHLRRTNTP IGRDGKLAKP RQLHNTHWGL VCPAETPEGQ ACGLVKNLSL LSGISIGSPS EPIINFLEEW GMEPLE DYD PAQHTKSTRI FVNGVWTGIH RDPSMLVSTM RDLRRSGAIS PEVSIIRDIR EREFKIFTDV GRVYRPLFIV EDDESKD NK GELRITKEHI RKIQQGYDDD AMNDDSEEQE QDVYGWSSLV TSGVIEYVDG EEEETIMIAM TPEDLQTRSL EQKEIDLN D TAKRIKPEMS TSSHHTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLAKTQAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKRFGISI VEEFEKPTRA TTLRLKHGT YEKLDEDGLI APGVRVSGDD IIIGKTTPIP PDTEELGQRT KYHTKRDAST PLRSTENGIV DQVLLTTNQE G LKFVKVRM RTTKVPQIGD KFASRHGQKG TIGVTYRHED MPFSAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVGSIR GY EGDATPF TDLTVDAVSN LLRDNGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQVFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPVQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAAGF LKERLMEASD AFRVHVCGIC GLMSVIANLK KNQFECRSCK NKTNIYQLHI PYAA KLLFQ ELMAMNIAPR LYTERSGVSM RS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

分子名称: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 34.216293 KDa
配列文字列: MSKEPKVNII NAQDDEVELM LSDVNLSLAN SLRRTMLAEV PTLAIDLVEI KMNTSVLADE FISHRLGLIP LVSEDVEEMK YSRDCTCED YCDECSVVLE LSARHEGEEG TTDVYSSSLI KVSGPGNLNV GEPVRRDDYD QGILLCKLRN HQELNIRCIA K KGIAKEHA ...文字列:
MSKEPKVNII NAQDDEVELM LSDVNLSLAN SLRRTMLAEV PTLAIDLVEI KMNTSVLADE FISHRLGLIP LVSEDVEEMK YSRDCTCED YCDECSVVLE LSARHEGEEG TTDVYSSSLI KVSGPGNLNV GEPVRRDDYD QGILLCKLRN HQELNIRCIA K KGIAKEHA KWSPCSAIAF EYDPHNKLKH TDFWFEVDAK KEWPDSKYAT WEEPPKPGEV FDYKAKPNRF YMTVETTGSL KA NQVFSRG IKTLQEKLAN VLFELENSRP ANTTAYGGAT AYGGQTVYGR ETSYGGNTNY GDYNAPY

UniProtKB: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit B32

分子名称: RNA polymerase II subunit B32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 20.62298 KDa
配列文字列:
MNVSTSTVGA RRRRAKQQVD DEENATLLRL GPEFALKQYD HDGNEHDLIA LSLSESRLLI REALKARSRA RNGGVDIESS NGEIDDDEL AKVTSGAVAN GVVKKTLDYL NTFARFKDEE TCTAVDQLLH NSSDCSVLHP FEIAQLSSLG CEDVDEAITL I PSLAAKKE VNLQRILDEL NRLEDPYK

UniProtKB: RNA polymerase II subunit B32

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 24.96268 KDa
配列文字列: MEDNNRIISR LWRSFRTVKE MAADRGYFIS QEEMDQSLEE FRSKICDSMG NPQRKLMSFL ANPTPEALEK YSDLGTLWVE FCDEPSVGI KTMRNFCLRI QEKNFSTGIF IYQNNITPSA NKMIPTVSPA IIETFQESDL VVNITHHELV PKHIRLSDGE K SQLLQRYK ...文字列:
MEDNNRIISR LWRSFRTVKE MAADRGYFIS QEEMDQSLEE FRSKICDSMG NPQRKLMSFL ANPTPEALEK YSDLGTLWVE FCDEPSVGI KTMRNFCLRI QEKNFSTGIF IYQNNITPSA NKMIPTVSPA IIETFQESDL VVNITHHELV PKHIRLSDGE K SQLLQRYK LKESQLPRIQ REDPVARYLG LKRGQVVKII RRSETSGRYA SYRICL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

分子名称: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 17.803588 KDa
配列文字列:
MSEDEAFNEQ TENFENFEDE HFSDDNFEDR STQPEDYAVG VTADGRQIIN GDGIQEVNGT IKAHRKRSNK ELAILKEERT TTPYLTKYE RARILGTRAL QISMNAPVLV DIEGETDPLQ IAMKELSQRK IPLVIRRYLP DGSYEDWGCD ELIVDN

UniProtKB: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

+
分子 #7: RNA polymerase II subunit

分子名称: RNA polymerase II subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 18.802625 KDa
配列文字列:
MFFLKDLSLI LTLHPSYFGP QMNQYLREKL LTDVEGTCTG QFGYIVTVLD GMNIDVGKGR IIPGSGSAEF EVKYRAVVWK PFKGEVVDA IVSNVSPIGF FADVGPLNVF VSTRLIPDNL VYNPSNSPPA YMSNDELITK GSKVRLKVVG TRTDVNEIYA I GSIKEDFL GAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 16.24922 KDa
配列文字列:
MSSALFDDIF TVQTVDNGRY NKVSRIIGIS TTNSAIKLTL DINNEMFPVS QDDSLTVTLA NSLSLDGEDE SANFSKSWRP PKPTDKSLA DDYDYVMFGT VYKFEEGDED KIKVYVSFGG LLMCLEGGYK SLASLKQDNL YILIRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 13.61232 KDa
配列文字列:
MASFRFCLEC NNMLYPKEDK ENQRLLYSCR NCDYTELAED PKVYRHELIT NIGETAGIVD DIGQDPTLPR SDKECPECHS RDCVFFQSQ QRRKDTNMTL FYVCLNCKKT FRDESE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #10: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, I...

分子名称: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 8.554064 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFSC GKVVGDKWDA YLRLLEEGKQ EGDALDELKL KRYCCRRMVL THVDLIEKFL RYNPLEKKDF DS

UniProtKB: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III

+
分子 #11: RNA polymerase II subunit B12.5

分子名称: RNA polymerase II subunit B12.5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 13.832896 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF ILPDDVPKLK ITPDSRVPNC IIIKFEREDH TLANLLREEL ALYPDVTFVA YKVEHPLFAN FVMRLQTEEG TRPKQALER ACASIINKLK TLDHKFNEEW NIKNFSLND

UniProtKB: RNA polymerase II subunit B12.5

+
分子 #12: RNA polymerase subunit ABC10-alpha

分子名称: RNA polymerase subunit ABC10-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 7.862048 KDa
配列文字列:
MSREGFVAPS GTDLAAAASG VAPNKHYGVK YTCGACAHNF SLNKSDPVRC KECGHRVIYK ARTKRMIQFD AR

UniProtKB: RNA polymerase subunit ABC10-alpha

+
分子 #13: 5'-3' exoribonuclease

分子名称: 5'-3' exoribonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 115.397555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGVPALFRWL SRKYPKIISP VIQDEDVDID GESRPTRYED PNPNGELDNL YLDMNGIVHP CSHPEHKPVP ETEDEMMLDV FAYTENVIM MARPRKVIYI AVDGVAPRAK MNQQRSRRFR SAQDAKDANE KKAAELKEME KKGEIIDDAI KNKKTWDSNA I TPGTPFMH ...文字列:
MGVPALFRWL SRKYPKIISP VIQDEDVDID GESRPTRYED PNPNGELDNL YLDMNGIVHP CSHPEHKPVP ETEDEMMLDV FAYTENVIM MARPRKVIYI AVDGVAPRAK MNQQRSRRFR SAQDAKDANE KKAAELKEME KKGEIIDDAI KNKKTWDSNA I TPGTPFMH RLADSLRYWA AYKLTTDPGW SGIEVIISDA SVPGQGQHKI MSYVRSLRSS PKHDPNTTHC IYGLNANLIF LG LATHEPH FKILREDVFA QDKKSYSLQD QLRMTDIERQ ELKDKKTPFL WLHLNILREY LQIELNVPGL SFPFDLEKSI DDW VFICFF CGNNFLPHLP SLDVRDNSIT TLVTIWKQIL PTMKGYLTTD GYLNLPAVER LLAELAKKED YIFRKRYEDE KRSL ENQKR RKLAQEQSSA RSQNAPNIST GKDKAPLTPN QNIPLYTTSG ESVGIKMTDS EMVNNSALIT KANEANKSIA ELLKQ NLQN EINKKRKISN EEQEVVKESV EEVVEEEDDV LVTSDPEDSS TEILIPKNEE IRLWEPGYRK RYYETKFHTK DPQKVK KIA RNMVQKYIEG VSWVLLYYYQ GCPSWNWYYP YHYAPFAADF VNLSELKIEF VEGTPFRPYE QLMSVLPAAS SHNLPDV FR SLMSDANSEI IDFYPEEFPL DMNGKKVIWQ AIPLLPFIDE NRLLKAVQSK YDQLTEDEKF RNTNRSEILV LGRSHSHY P TLVKELYEEG KDSYEFQVDS SGVSGVAIKL QSFDRSGVLR LPVKQLEGYR HYPDISNRDF LMVEFKQLPK SHAKSMILS GLIPHLRRLT QEDKDSILYG GTNFYGRNRF SPEENADFKQ YIGPHGKSQY LPRQGGYKAF IQIHSDEAKG HRHGIYHGGS HTETEFRRG GGYHQHGNRG GRGGYQGNQG YQANSGGYQN SYQGSYQGGY RGGYQGGSQG RYQAGYQSGY QGGYQGEYKN G YQGGYQGN QGNQGYNRQT YNASKSGTLP MKRRHNSGPS SGLEVLFQ

UniProtKB: 5'-3' exoribonuclease

+
分子 #14: Decapping nuclease

分子名称: Decapping nuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 44.595996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPGMSKEKIL PLAARSKKAM LRQPKQVAYF SRDLNYKTHP DRSNLSYYYL PDGDIDNSID LSVGSKHFLL GDSVELSKLD PILLALKEI EKESGAKTKD RIITWRGIMR KLLTLPYDSE EDFVLDVVSF DGQLFIQFNV PYLKSKDVQK QGDTEFHKKL Q FSGYKFEK ...文字列:
GPGMSKEKIL PLAARSKKAM LRQPKQVAYF SRDLNYKTHP DRSNLSYYYL PDGDIDNSID LSVGSKHFLL GDSVELSKLD PILLALKEI EKESGAKTKD RIITWRGIMR KLLTLPYDSE EDFVLDVVSF DGQLFIQFNV PYLKSKDVQK QGDTEFHKKL Q FSGYKFEK MATLPKPWPE CTRKEIDSRA KSKCNNIEQY GAIVRTGISR IKILIGGAVA CTADYYDEND PLSRYIELKT TR TINQYKD MIAFEKKLFR TWAQCFLLGI PKIIYGFRDD NCILRTVEEF STNDIPLMVK NNPLNEQPKK ENCYMSSINF YGA VVEWLN ESVKDDQVWK LSYAKRNRQY LVLKEVTDEN EKQQIVDSAI PAWFKEWRSE LRNSEGNI

UniProtKB: Decapping nuclease

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分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: EMGP2.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xog

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35181
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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