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- EMDB-39151: structure of human trpv1 in complex with BC5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39151
タイトルstructure of human trpv1 in complex with BC5
マップデータ
試料
  • 複合体: BC5
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: (1~{R},2~{S})-1-butyl-~{N}-(2,6-dimethylphenyl)-1-[5-[(2~{S})-2-[(2,6-dimethylphenyl)carbamoyl]piperidin-1-yl]pentyl]piperidin-1-ium-2-carboxamide
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードION CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN / CRYO-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


chemosensory behavior / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / cellular response to temperature stimulus / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition ...chemosensory behavior / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / cellular response to temperature stimulus / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / fever generation / thermoception / detection of temperature stimulus involved in thermoception / cellular response to acidic pH / negative regulation of systemic arterial blood pressure / dendritic spine membrane / chloride channel regulator activity / glutamate secretion / TRP channels / negative regulation of heart rate / cellular response to ATP / cellular response to alkaloid / diet induced thermogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / behavioral response to pain / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / phosphatidylinositol binding / GABA-ergic synapse / phosphoprotein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to peptide hormone / lipid metabolic process / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / sensory perception of taste / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homotetramerization / postsynaptic membrane / cell surface receptor signaling pathway / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Ke BW / Hu SL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sequential multitarget modulation: Developing Ultra-long-acting sensory-specific local anesthetics for postoperative pain
著者: Hu SL / Wenrui G
履歴
登録2024年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39151.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.84 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.84 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.819 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.172
最小 - 最大-0.16274828 - 0.4017201
平均 (標準偏差)0.00029099238 (±0.012429559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 294.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BC5

全体名称: BC5
要素
  • 複合体: BC5
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: (1~{R},2~{S})-1-butyl-~{N}-(2,6-dimethylphenyl)-1-[5-[(2~{S})-2-[(2,6-dimethylphenyl)carbamoyl]piperidin-1-yl]pentyl]piperidin-1-ium-2-carboxamide
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: BC5

超分子名称: BC5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.308023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLYDRRSIF EAVAQNNCQD LESLLLFLQK SKKHLTDNEF KDPETGKTCL LKAMLNLHDG QNTTIPLLLE IARQTDSLKE LVNASYTDS YYKGQTALHI AIERRNMALV TLLVENGADV QAAAHGDFFK KTKGRPGFYF GELPLSLAAC TNQLGIVKFL L QNSWQTAD ...文字列:
MRLYDRRSIF EAVAQNNCQD LESLLLFLQK SKKHLTDNEF KDPETGKTCL LKAMLNLHDG QNTTIPLLLE IARQTDSLKE LVNASYTDS YYKGQTALHI AIERRNMALV TLLVENGADV QAAAHGDFFK KTKGRPGFYF GELPLSLAAC TNQLGIVKFL L QNSWQTAD ISARDSVGNT VLHALVEVAD NTADNTKFVT SMYNEILMLG AKLHPTLKLE ELTNKKGMTP LALAAGTGKI GV LAYILQR EIQEPECRHL SRKFTEWAYG PVHSSLYDLS CIDTCEKNSV LEVIAYSSSE TPNRHDMLLV EPLNRLLQDK WDR FVKRIF YFNFLVYCLY MIIFTMAAYY RPVDGLPPFK MEKTGDYFRV TGEILSVLGG VYFFFRGIQY FLQRRPSMKT LFVD SYSEM LFFLQSLFML ATVVLYFSHL KEYVASMVFS LALGWTNMLY YTRGFQQMGI YAVMIEKMIL RDLCRFMFVY IVFLF GFST AVVTLIEDGK NDSLPSESTS HRWRGPACRP PDSSYNSLYS TCLELFKFTI GMGDLEFTEN YDFKAVFIIL LLAYVI LTY ILLLNMLIAL MGETVNKIAQ ESKNIWKLQR AITILDTEKS FLKCMRKAFR SGKLLQVGYT PDGKDDYRWC FRVDEVN WT TWNTNVGIIN EDPG

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

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分子 #2: (1~{R},2~{S})-1-butyl-~{N}-(2,6-dimethylphenyl)-1-[5-[(2~{S})-2-[...

分子名称: (1~{R},2~{S})-1-butyl-~{N}-(2,6-dimethylphenyl)-1-[5-[(2~{S})-2-[(2,6-dimethylphenyl)carbamoyl]piperidin-1-yl]pentyl]piperidin-1-ium-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: A1LZ2
分子量理論値: 589.874 Da

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分子 #3: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.14 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8df9

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 729166
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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