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万見
- EMDB-39121: Choline transporter BetT - CHT bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39121
タイトルCholine transporter BetT - CHT bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Choline transporter BetT
    • タンパク質・ペプチド: BCCT family transporter
  • リガンド: CHOLINE ION
  • リガンド: water
キーワードcholine transporter / CHOLINE-BINDING PROTEIN
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Yang TJ / Nian YW / Lin HJ / Li J / Zhang JR / Fan MR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB0630101 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structure and mechanism of the osmoregulated choline transporter BetT.
著者: Tianjiao Yang / Yuwei Nian / Huajian Lin / Jing Li / Xiang Lin / Tianming Li / Ruiying Wang / Longfei Wang / Gwyn A Beattie / Jinru Zhang / Minrui Fan /
要旨: The choline-glycine betaine pathway plays an important role in bacterial survival in hyperosmotic environments. Osmotic activation of the choline transporter BetT promotes the uptake of external ...The choline-glycine betaine pathway plays an important role in bacterial survival in hyperosmotic environments. Osmotic activation of the choline transporter BetT promotes the uptake of external choline for synthesizing the osmoprotective glycine betaine. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of BetT in the apo and choline-bound states. Our structure shows that BetT forms a domain-swapped trimer with the C-terminal domain (CTD) of one protomer interacting with the transmembrane domain (TMD) of a neighboring protomer. The substrate choline is bound within a tryptophan prism at the central part of TMD. Together with functional characterization, our results suggest that in species, including the plant pathogen and the human pathogen , BetT is locked at a low-activity state through CTD-mediated autoinhibition in the absence of osmotic stress, and its hyperosmotic activation involves the release of this autoinhibition.
履歴
登録2024年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.2110355 - 2.0117717
平均 (標準偏差)0.001278205 (±0.044252314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 309.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39121_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Choline transporter BetT

全体名称: Choline transporter BetT
要素
  • 複合体: Choline transporter BetT
    • タンパク質・ペプチド: BCCT family transporter
  • リガンド: CHOLINE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Choline transporter BetT

超分子名称: Choline transporter BetT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア)

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分子 #1: BCCT family transporter

分子名称: BCCT family transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア)
分子量理論値: 75.25468 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMSSPSTS SSGTVRMNAP VFYFAASFIL IFGIIVIAFP QASGAWLLAA QNWAANTVGW YYMMVMTLYL VFVVVTALSG FGKIKLGAD HDEPEFSYLS WAGMLFAAGI SITLFFFCVS EPLTHLLQPP QGEGGTAEAA RQGMQLLFLH WGLHGWGVFA F VGMALAYF ...文字列:
MGSMSSPSTS SSGTVRMNAP VFYFAASFIL IFGIIVIAFP QASGAWLLAA QNWAANTVGW YYMMVMTLYL VFVVVTALSG FGKIKLGAD HDEPEFSYLS WAGMLFAAGI SITLFFFCVS EPLTHLLQPP QGEGGTAEAA RQGMQLLFLH WGLHGWGVFA F VGMALAYF AYRHNLPLAL RSALYPLIGK RINGPIGYAV DGFGIIATIF GLGADMGFGV LHLNSGLDYL FGVPHTQWIQ VG LITLMMG AAILVAIAGV DKGVRVMSDI NMLLACALLL FVLFAGPTQH LLNTLVQNIG DYLGALPSKS FDVYAYNKPS DWL GGWTVF YWAWWIAWAP FVGLFIARIS RGRTIREFVF GVLLIPLGFT LAWMSIFGNS AIDQVLNHGM AALGQSAIDD PSMT LYLLL ETYPWSKTVI AVTVFISFVF FVTSADSGTV VLSTLSAKGG NPDEDGPKWL RVFWGVATAL ITSGLLFSGS IDALK SAVV LTSLPFSLIL LLMMWGLHKA FVMESQRQIA QLYSLAPVSG SRRGGWRQRL SQAVHYPSRD EVYRFLDQTV RPAIDE VTA VFVEKGLNVV NVPDPSNDSV TLEIGHGEER PFIYQVQMKG FFTPSFARGG MGSKQLNNRR YYRAEVHLSE GSQDYDL VG YTKEQVINDV LDQYERHMQF LHLVRGSGSG SGSGSWSHPQ FEK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A2S3V5U4

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分子 #2: CHOLINE ION

分子名称: CHOLINE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CHT
分子量理論値: 104.171 Da
Chemical component information

ChemComp-CHT:
CHOLINE ION

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 66 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182432
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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