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万見
- EMDB-39103: Cryo-ET structure of huntingtin actin dimer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39103
タイトルCryo-ET structure of huntingtin actin dimer complex
マップデータCryo-ET structure of HTT-actin dimer
試料
  • 複合体: Huntingtin-Actin complex
    • タンパク質・ペプチド: Huntingtin
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
キーワードHuntington's disease / cytoskeleton / CYTOSOLIC PROTEIN / CYTOSOLIC PROTEIN-CONTRACTILE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / vesicle transport along microtubule ...positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / vesicle transport along microtubule / positive regulation of aggrephagy / positive regulation of lipophagy / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / Golgi organization / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / dynein intermediate chain binding / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / actin filament bundle assembly / phosphoprotein phosphatase activity / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / Regulation of MECP2 expression and activity / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / postsynaptic cytosol / beta-tubulin binding / presynaptic cytosol / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / inclusion body / heat shock protein binding / actin filament polymerization / centriole / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / actin filament / filopodium / protein destabilization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / kinase binding / calcium-dependent protein binding / p53 binding / late endosome / lamellipodium / cell body / transmembrane transporter binding / early endosome / hydrolase activity / positive regulation of apoptotic process / axon / protein domain specific binding / apoptotic process / dendrite / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Huntingtin / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 / Huntingtin, C-terminal HEAT ...Huntingtin / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 / Huntingtin, C-terminal HEAT / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Huntingtin / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.8 Å
データ登録者Song JJ
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-ET Structure of Huntingtin and Actin complex
著者: Song JJ
履歴
登録2024年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-ET structure of HTT-actin dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.52 Å/pix.
x 80 pix.
= 441.92 Å		5.52 Å/pix.
x 80 pix.
= 441.92 Å		5.52 Å/pix.
x 80 pix.
= 441.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.524 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.6413606 - 1.9531142
平均 (標準偏差)0.04134936 (±0.1897232)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 441.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-ET structure of HTT-actin dimer

ファイルemd_39103_half_map_1.map
注釈Cryo-ET structure of HTT-actin dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-ET structure of HTT-actin dimer

ファイルemd_39103_half_map_2.map
注釈Cryo-ET structure of HTT-actin dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Huntingtin-Actin complex

全体名称: Huntingtin-Actin complex
要素
  • 複合体: Huntingtin-Actin complex
    • タンパク質・ペプチド: Huntingtin
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle

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超分子 #1: Huntingtin-Actin complex

超分子名称: Huntingtin-Actin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Huntingtin

分子名称: Huntingtin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 348.128094 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAMATLEKLM KAFESLKSFQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ PPPPPPPPPP PQLPQPPPQA QPLLPQPQPP PPPPPPPPGP AVAEEPLHR PKKELSATKK DRVNHCLTIC ENIVAQSVRN SPEFQKLLGI AMELFLLCSD DAESDVRMVA DECLNKVIKA L MDSNLPRL ...文字列:
GAMATLEKLM KAFESLKSFQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ PPPPPPPPPP PQLPQPPPQA QPLLPQPQPP PPPPPPPPGP AVAEEPLHR PKKELSATKK DRVNHCLTIC ENIVAQSVRN SPEFQKLLGI AMELFLLCSD DAESDVRMVA DECLNKVIKA L MDSNLPRL QLELYKEIKK NGAPRSLRAA LWRFAELAHL VRPQKCRPYL VNLLPCLTRT SKRPEESVQE TLAAAVPKIM AS FGNFAND NEIKVLLKAF IANLKSSSPT IRRTAAGSAV SICQHSRRTQ YFYSWLLNVL LGLLVPVEDE HSTLLILGVL LTL RYLVPL LQQQVKDTSL KGSFGVTRKE MEVSPSAEQL VQVYELTLHH TQHQDHNVVT GALELLQQLF RTPPPELLQT LTAV GGIGQ LTAAKEESGG RSRSGSIVEL IAGGGSSCSP VLSRKQKGKV LLGEEEALED DSESRSDVSS SALTASVKDE ISGEL AASS GVSTPGSAGH DIITEQPRSQ HTLQADSVDL ASCDLTSSAT DGDEEDILSH SSSQVSAVPS DPAMDLNDGT QASSPI SDS SQTTTEGPDS AVTPSDSSEI VLDGTDNQYL GLQIGQPQDE DEEATGILPD EASEAFRNSS MALQQAHLLK NMSHCRQ PS DSSVDKFVLR DEATEPGDQE NKPCRIKGDI GQSTDDDSAP LVHCVRLLSA SFLLTGGKNV LVPDRDVRVS VKALALSC V GAAVALHPES FFSKLYKVPL DTTEYPEEQY VSDILNYIDH GDPQVRGATA ILCGTLICSI LSRSRFHVGD WMGTIRTLT GNTFSLADCI PLLRKTLKDE SSVTCKLACT AVRNCVMSLC SSSYSELGLQ LIIDVLTLRN SSYWLVRTEL LETLAEIDFR LVSFLEAKA ENLHRGAHHY TGLLKLQERV LNNVVIHLLG DEDPRVRHVA AASLIRLVPK LFYKCDQGQA DPVVAVARDQ S SVYLKLLM HETQPPSHFS VSTITRIYRG YNLLPSITDV TMENNLSRVI AAVSHELITS TTRALTFGCC EALCLLSTAF PV CIWSLGW HCGVPPLSAS DESRKSCTVG MATMILTLLS SAWFPLDLSA HQDALILAGN LLAASAPKSL RSSWASEEEA NPA ATKQEE VWPALGDRAL VPMVEQLFSH LLKVINICAH VLDDVAPGPA IKAALPSLTN PPSLSPIRRK GKEKEPGEQA SVPL SPKKG SEASAASRQS DTSGPVTTSK SSSLGSFYHL PSYLRLHDVL KATHANYKVT LDLQNSTEKF GGFLRSALDV LSQIL ELAT LQDIGKCVEE ILGYLKSCFS REPMMATVCV QQLLKTLFGT NLASQFDGLS SNPSKSQGRA QRLGSSSVRP GLYHYC FMA PYTHFTQALA DASLRNMVQA EQENDTSGWF DVLQKVSTQL KTNLTSVTKN RADKNAIHNH IRLFEPLVIK ALKQYTT TT CVQLQKQVLD LLAQLVQLRV NYCLLDSDQV FIGFVLKQFE YIEVGQFRES EAIIPNIFFF LVLLSYERYH SKQIIGIP K IIQLCDGIMA SGRKAVTHAI PALQPIVHDL FVLRGTNKAD AGKELETQKE VVVSMLLRLI QYHQVLEMFI LVLQQCHKE NEDKWKRLSR QIADIILPML AKQQMHIDSH EALGVLNTLF EILAPSSLRP VDMLLRSMFV TPNTMASVST VQLWISGILA ILRVLISQS TEDIVLSRIQ ELSFSPYLIS CTVINRLRDG DSTSTLEEHS EGKQIKNLPE ETFSRFLLQL VGILLEDIVT K QLKVEMSE QQHTFYCQEL GTLLMCLIHI FKSGMFRRIT AAATRLFRSD GCGGSFYTLD SLNLRARSMI TTHPALVLLW CQ ILLLVNH TDYRWWAEVQ QTPKRHSLSS TKLLSPQMSG EEEDSDLAAK LGMCNREIVR RGALILFCDY VCQNLHDSEH LTW LIVNHI QDLISLSHEP PVQDFISAVH RNSAASGLFI QAIQSRCENL STPTMLKKTL QCLEGIHLSQ SGAVLTLYVD RLLC TPFRV LARMVDILAC RRVEMLLAAN LQSSMAQLPM EELNRIQEYL QSSGLAQRHQ RLYSLLDRFR LSTMQDSLSP SPPVS SHPL DGDGHVSLET VSPDKDWYVH LVKSQCWTRS DSALLEGAEL VNRIPAEDMN AFMMNSEFNL SLLAPCLSLG MSEISG GQK SALFEAAREV TLARVSGTVQ QLPAVHHVFQ PELPAEPAAY WSKLNDLFGD AALYQSLPTL ARALAQYLVV VSKLPSH LH LPPEKEKDIV KFVVATLEAL SWHLIHEQIP LSLDLQAGLD CCCLALQLPG LWSVVSSTEF VTHACSLIYC VHFILEAV A VQPGEQLLSP ERRTNTPKAI SEEEEEVDPN TQNPKYITAA CEMVAEMVES LQSVLALGHK RNSGVPAFLT PLLRNIIIS LARLPLVNSY TRVPPLVWKL GWSPKPGGDF GTAFPEIPVE FLQEKEVFKE FIYRINTLGW TSRTQFEETW ATLLGVLVTQ PLVMEQEES PPEEDTERTQ INVLAVQAIT SLVLSAMTVP VAGNPAVSCL EQQPRNKPLK ALDTRFGRKL SIIRGIVEQE I QAMVSKRE NIATHHLYQA WDPVPSLSPA TTGALISHEK LLLQINPERE LGSMSYKLGQ VSIHSVWLGN SITPLREEEW DE EEEEEAD APAPSSPPTS PVNSRKHRAG VDIHSCSQFL LELYSRWILP SSSARRTPAI LISEVVRSLL VVSDLFTERN QFE LMYVTL TELRRVHPSE DEILAQYLVP ATCKAAAVLG MDKAVAEPVS RLLESTLRSS HLPSRVGALH GVLYVLECDL LDDT AKQLI PVISDYLLSN LKGIAHCVNI HSQQHVLVMC ATAFYLIENY PLDVGPEFSA SIIQMCGVML SGSEESTPSI IYHCA LRGL ERLLLSEQLS RLDAESLVKL SVDRVNVHSP HRAMAALGLM LTCMYTGKEK VSPGRTSDPN PAAPDSESVI VAMERV SVL FDRIRKGFPC EARVVARILP QFLDDFFPPQ DIMNKVIGEF LSNQQPYPQF MATVVYKVFQ TLHSTGQSSM VRDWVML SL SNFTQRAPVA MATWSLSCFF VSASTSPWVA AILPHVISRM GKLEQVDVNL FCLVATDFYR HQIEEELDRR AFQSVLEV V AAPGSPYHRL LTCLRNVHKV TTC

UniProtKB: Huntingtin

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分子 #2: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 41.862613 KDa
配列文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIITNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSGDGV T HNVPIYEG ...文字列:
DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIITNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSGDGV T HNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 170.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 21000
抽出トモグラム数: 42 / 使用した粒子像数: 84019
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8yao:
Cryo-ET structure of huntingtin actin dimer complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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