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- EMDB-3910: Arcobacter butzleri bacterial flagellar motor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3910
タイトルArcobacter butzleri bacterial flagellar motor
マップデータArcobacter butzleri flagellar motor
試料
  • 複合体: Arcobacter butzleri flagellar motor
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 82.0 Å
データ登録者Chaban B / Coleman I / Beeby M
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Evolution of higher torque in Campylobacter-type bacterial flagellar motors.
著者: Bonnie Chaban / Izaak Coleman / Morgan Beeby /
要旨: Understanding the evolution of molecular machines underpins our understanding of the development of life on earth. A well-studied case are bacterial flagellar motors that spin helical propellers for ...Understanding the evolution of molecular machines underpins our understanding of the development of life on earth. A well-studied case are bacterial flagellar motors that spin helical propellers for bacterial motility. Diverse motors produce different torques, but how this diversity evolved remains unknown. To gain insights into evolution of the high-torque ε-proteobacterial motor exemplified by the Campylobacter jejuni motor, we inferred ancestral states by combining phylogenetics, electron cryotomography, and motility assays to characterize motors from Wolinella succinogenes, Arcobacter butzleri and Bdellovibrio bacteriovorus. Observation of ~12 stator complexes in many proteobacteria, yet ~17 in ε-proteobacteria suggest a "quantum leap" evolutionary event. Campylobacter-type motors have high stator occupancy in wider rings of additional stator complexes that are scaffolded by large proteinaceous periplasmic rings. We propose a model for motor evolution wherein independent inner- and outer-membrane structures fused to form a scaffold for additional stator complexes. Significantly, inner- and outer-membrane associated structures have evolved independently multiple times, suggesting that evolution of such structures is facile and poised the ε-proteobacteria to fuse them to form the high-torque Campylobacter-type motor.
履歴
登録2017年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2018年1月17日-
現状2018年1月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Arcobacter butzleri flagellar motor
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.122 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00028 / ムービー #1: 0.22
最小 - 最大-0.6688858 - 0.96143126
平均 (標準偏差)0.006662948 (±0.11839241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1624.3999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.1228.1228.122
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1624.4001624.4001624.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.6690.9610.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Arcobacter butzleri flagellar motor

全体名称: Arcobacter butzleri flagellar motor
要素
  • 複合体: Arcobacter butzleri flagellar motor

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超分子 #1: Arcobacter butzleri flagellar motor

超分子名称: Arcobacter butzleri flagellar motor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Arcobacter butzleri (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細In situ

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C16 (16回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 82.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 478
抽出トモグラム数: 478 / 使用した粒子像数: 478 / ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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