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万見
- EMDB-39093: Cryo-EM structure of MIK2-SCOOP12-BAK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39093
タイトルCryo-EM structure of MIK2-SCOOP12-BAK1
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of MIK2-SCOOP12-BAK1
    • タンパク質・ペプチド: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: MDIS1-interacting receptor like kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Serine rich endogenous peptide 12
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードLRR-RLK / SERK / MIK2 / SCOOP / BAK1 / PLANT PROTEIN / TRANSFERASE / PLANT PROTEIN complex / TRANSFERASE-PLANT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall organization / indole glucosinolate biosynthetic process / regulation of unidimensional cell growth / regulation of root development / positive regulation of defense response / pollen tube / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / regulation of defense response to fungus / regulation of defense response to bacterium / pollen tube guidance ...plant-type cell wall organization / indole glucosinolate biosynthetic process / regulation of unidimensional cell growth / regulation of root development / positive regulation of defense response / pollen tube / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / regulation of defense response to fungus / regulation of defense response to bacterium / pollen tube guidance / response to herbivore / regulation of root meristem growth / defense response to insect / response to insect / peptide receptor activity / LRR domain binding / jasmonic acid biosynthetic process / cellular response to peptide / apoplast / plasmodesma / receptor serine/threonine kinase binding / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / peptide binding / response to bacterium / response to molecule of bacterial origin / defense response / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / response to wounding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine rich endogenous peptide 12 / MDIS1-interacting receptor like kinase 2 / BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis (植物) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Jia FS / Xiao Y / Chai JJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: N-glycosylation facilitates the activation of a plant cell-surface receptor.
著者: Fangshuai Jia / Yu Xiao / Yaojie Feng / Jinghui Yan / Mingzhu Fan / Yue Sun / Shijia Huang / Weiguo Li / Tian Zhao / Zhifu Han / Shuguo Hou / Jijie Chai /
要旨: Plant receptor kinases (RKs) are critical for transmembrane signalling involved in various biological processes including plant immunity. MALE DISCOVERER1-INTERACTING RECEPTOR-LIKE KINASE 2 (MIK2) is ...Plant receptor kinases (RKs) are critical for transmembrane signalling involved in various biological processes including plant immunity. MALE DISCOVERER1-INTERACTING RECEPTOR-LIKE KINASE 2 (MIK2) is a unique RK that recognizes a family of immunomodulatory peptides called SERINE-RICH ENDOGENOUS PEPTIDEs (SCOOPs) and activates pattern-triggered immunity responses. However, the precise mechanisms underlying SCOOP recognition and activation of MIK2 remain poorly understood. Here we present the cryogenic electron microscopy structure of a ternary complex consisting of the extracellular leucine-rich repeat (LRR) of MIK2 (MIK2LRR), SCOOP12 and the extracellular LRR of the co-receptor BAK1 (BAK1LRR) at a resolution of 3.34 Å. The structure reveals that a DNHH motif in MIK2LRR plays a critical role in specifically recognizing the highly conserved SxS motif of SCOOP12. Furthermore, the structure demonstrates that N-glycans at MIK2LRR directly interact with the N-terminal capping region of BAK1LRR. Mutation of the glycosylation site, MIK2LRR, completely abolishes the SCOOP12-independent interaction between MIK2LRR and BAK1LRR and substantially impairs the assembly of the MIK2LRR-SCOOP12-BAK1LRR complex. Supporting the biological relevance of N410-glycosylation, MIK2 substantially compromises SCOOP12-triggered immune responses in plants. Collectively, these findings elucidate the mechanism underlying the loose specificity of SCOOP recognition by MIK2 and reveal an unprecedented mechanism by which N-glycosylation modification of LRR-RK promotes receptor activation.
履歴
登録2024年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 220 pix.
= 187. Å		0.85 Å/pix.
x 220 pix.
= 187. Å		0.85 Å/pix.
x 220 pix.
= 187. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.054888867 - 0.10850279
平均 (標準偏差)0.00024324056 (±0.0031585444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 187.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39093_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39093_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of MIK2-SCOOP12-BAK1

全体名称: Ternary complex of MIK2-SCOOP12-BAK1
要素
  • 複合体: Ternary complex of MIK2-SCOOP12-BAK1
    • タンパク質・ペプチド: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: MDIS1-interacting receptor like kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Serine rich endogenous peptide 12
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of MIK2-SCOOP12-BAK1

超分子名称: Ternary complex of MIK2-SCOOP12-BAK1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)

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分子 #1: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

分子名称: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 19.160684 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
NAEGDALSAL KNSLADPNKV LQSWDATLVT PCTWFHVTCN SDNSVTRVDL GNANLSGQLV MQLGQLPNLQ YLELYSNNIT GTIPEQLGN LTELVSLDLY LNNLSGPIPS TLGRLKKLRF LRLNNNSLSG EIPRSLTAVL TLQVLDLSNN PLTGDIPVNG S FSLFTPIS FANTKLTPL

UniProtKB: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

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分子 #2: MDIS1-interacting receptor like kinase 2

分子名称: MDIS1-interacting receptor like kinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 71.858742 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AVSATVEEAN ALLKWKSTFT NQTSSSKLSS WVNPNTSSFC TSWYGVACSL GSIIRLNLTN TGIEGTFEDF PFSSLPNLTF VDLSMNRFS GTISPLWGRF SKLEYFDLSI NQLVGEIPPE LGDLSNLDTL HLVENKLNGS IPSEIGRLTK VTEIAIYDNL L TGPIPSSF ...文字列:
AVSATVEEAN ALLKWKSTFT NQTSSSKLSS WVNPNTSSFC TSWYGVACSL GSIIRLNLTN TGIEGTFEDF PFSSLPNLTF VDLSMNRFS GTISPLWGRF SKLEYFDLSI NQLVGEIPPE LGDLSNLDTL HLVENKLNGS IPSEIGRLTK VTEIAIYDNL L TGPIPSSF GNLTKLVNLY LFINSLSGSI PSEIGNLPNL RELCLDRNNL TGKIPSSFGN LKNVTLLNMF ENQLSGEIPP EI GNMTALD TLSLHTNKLT GPIPSTLGNI KTLAVLHLYL NQLNGSIPPE LGEMESMIDL EISENKLTGP VPDSFGKLTA LEW LFLRDN QLSGPIPPGI ANSTELTVLQ LDTNNFTGFL PDTICRGGKL ENLTLDDNHF EGPVPKSLRD CKSLIRVRFK GNSF SGDIS EAFGVYPTLN FIDLSNNNFH GQLSANWEQS QKLVAFILSN NSITGAIPPE IWNMTQLSQL DLSSNRITGE LPESI SNIN RISKLQLNGN RLSGKIPSGI RLLTNLEYLD LSSNRFSSEI PPTLNNLPRL YYMNLSRNDL DQTIPEGLTK LSQLQM LDL SYNQLDGEIS SQFRSLQNLE RLDLSHNNLS GQIPPSFKDM LALTHVDVSH NNLQGPIPDN AAFRNAPPDA FEGNKDL CG SVNTTQGLKP CS

UniProtKB: MDIS1-interacting receptor like kinase 2

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分子 #3: Serine rich endogenous peptide 12

分子名称: Serine rich endogenous peptide 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 1.318399 KDa
配列文字列:
PVRSSQSSQA GGR

UniProtKB: Serine rich endogenous peptide 12

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4mn8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 319127
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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