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- EMDB-39081: Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39081
タイトルStructure of the Ebola virus nucleocapsid subunit
マップデータ
試料
  • ウイルス: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein VP24
    • RNA: RNA (12-MER)
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex ...host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Membrane-associated protein VP24
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Fujita-Fujiharu Y / Hu S / Hirabayashi A / Takamatsu Y / Ng Y / Houri K / Muramoto Y / Nakano M / Sugita Y / Noda T
資金援助 日本, 14件
OrganizationGrant number
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21J12207 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KK0115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K07059 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19431 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KK0115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K07052 日本
Japan Science and TechnologyJPMJFR214S 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20HA 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23fm0208101 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22fm0208101 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)22wm0325023h9903 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23fm0208101 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)22fk0108552h0001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121001 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2025
タイトル: Structural basis for Ebola virus nucleocapsid assembly and function regulated by VP24.
著者: Yoko Fujita-Fujiharu / Shangfan Hu / Ai Hirabayashi / Yuki Takamatsu / Yen Ni Ng / Kazuya Houri / Yukiko Muramoto / Masahiro Nakano / Yukihiko Sugita / Takeshi Noda /
要旨: The Ebola virus, a member of the Filoviridae family, causes severe hemorrhagic fever in humans. Filamentous virions contain a helical nucleocapsid responsible for genome transcription, replication, ...The Ebola virus, a member of the Filoviridae family, causes severe hemorrhagic fever in humans. Filamentous virions contain a helical nucleocapsid responsible for genome transcription, replication, and packaging into progeny virions. The nucleocapsid consists of a helical nucleoprotein (NP)-viral genomic RNA complex forming the core structure, to which VP24 and VP35 bind externally. Two NPs, each paired with a VP24 molecule, constitute a repeating unit. However, the detailed nucleocapsid structure remains unclear. Here, we determine the nucleocapsid-like structure within virus-like particles at 4.6 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. Mutational analysis identifies specific interactions between the two NPs and two VP24s and demonstrates that each of the two VP24s in different orientations distinctively regulates nucleocapsid assembly, viral RNA synthesis, intracellular transport of the nucleocapsid, and infectious virion production. Our findings highlight the sophisticated mechanisms underlying the assembly and functional regulation of the nucleocapsid and provide insights into antiviral development.
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39081.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 256 pix.
= 316.8 Å
1.24 Å/pix.
x 256 pix.
= 316.8 Å
1.24 Å/pix.
x 256 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.46236306 - 0.7614814
平均 (標準偏差)0.0013070235 (±0.022102227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39081_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: #1

ファイルemd_39081_additional_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39081_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39081_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Zaire ebolavirus

全体名称: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
要素
  • ウイルス: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein VP24
    • RNA: RNA (12-MER)

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超分子 #1: Zaire ebolavirus

超分子名称: Zaire ebolavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 186538 / 生物種: Zaire ebolavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 83.3875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC ...文字列:
MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC LEKVQRQIQV HAEQGLIQYP TAWQSVGHMM VIFRLMRTNF LIKFLLIHQG MHMVAGHDAN DAVISNSVAQ AR FSGLLIV KTVLDHILQK TERGVRLHPL ARTAKVKNEV NSFKAALSSL AKHGEYAPFA RLLNLSGVNN LEHGLFPQLS AIA LGVATA HGSTLAGVNV GEQYQQLREA ATEAEKQLQQ YAESRELDHL GLDDQEKKIL MNFHQKKNEI SFQQTNAMVT LRKE RLAKL TEAITAASLP KTSGHYDDDD DIPFPGPIND DDNPGHQDDD PTDSQDTTIP DVVVDPDDGS YGEYQSYSEN GMNAP DDLV LFDLDEDDED TKPVPNRSTK GGQQKNSQKG QHIEGRQTQS RPIQNVPGPH RTIHHASAPL TDNDRRNEPS GSTSPR MLT PINEEADPLD DADDETSSLP PLESDDEEQD RDGTSNRTPT VAPPAPVYRD HSEKKELPQD EQQDQDHTQE ARNQDSD NT QSEHSFEEMY RHILRSQGPF DAVLYYHMMK DEPVVFSTSD GKEYTYPDSL EEEYPPWLTE KEAMNEENRF VTLDGQQF Y WPVMNHKNKF MAILQHHQ

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: Membrane-associated protein VP24

分子名称: Membrane-associated protein VP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 28.250811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH ...文字列:
MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH VVNYNGLLSS IEIGTQNHTI IITRTNMGFL VELQEPDKSA MNRMKPGPAK FSLLHESTLK AFTQGSSTRM QS LILEFNS SLAI

UniProtKB: Membrane-associated protein VP24

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分子 #3: RNA (12-MER)

分子名称: RNA (12-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 3.629032 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
10.0 mMTris-HCltris hydroxymethyl aminomethane hydrochloride
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMEDTAethylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The sample was applied to both sides of the grid. The grids were blotted for 14 seconds..
詳細The total 2.5 microlitre sample was applied to both sides of the glow-discharged grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH)
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5897 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 263789
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

詳細: 5Z9W and 4M0Q were also used to make an initial model, fitted into 6EHM
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 204348
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8y9j:
Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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