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万見
- EMDB-39074: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39074
タイトルVersatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP and cyclo-(L-Val-L-His)
マップデータ
試料
  • 複合体: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP and cyclo-(L-Val-L-His)
    • タンパク質・ペプチド: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA
  • リガンド: DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE
  • リガンド: (3~{S},6~{S})-3-(1~{H}-imidazol-4-ylmethyl)-6-propan-2-yl-piperazine-2,5-dione
  • リガンド: water
キーワードPrenyltransferase / Imidazole-Containing Diketopiperazines / TRANSFERASE
生物種Penicillium (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Li D / Zhang Y / Wang W / Wang P
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Other governmentHainan Provincial Joint Project of Sanya Yazhou Bay Science and Technology City (Grant No: 2021CXLH0012) 中国
Other governmentMajor Basic Research Programs of Natural Science Foundation of Shandong Province (ZR2019ZD18) 中国
Other governmentQingdao Marine Science and Technology Center (No.2022QNLM030003-1) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Characterization and structural analysis of a versatile aromatic prenyltransferase for imidazole-containing diketopiperazines.
著者: Wenxue Wang / Peng Wang / Chuanteng Ma / Kang Li / Zian Wang / Yuting Liu / Lu Wang / Guojian Zhang / Qian Che / Tianjiao Zhu / Yuzhong Zhang / Dehai Li /
要旨: Prenylation modifications of natural products play essential roles in chemical diversity and bioactivities, but imidazole modification prenyltransferases are not well investigated. Here, we discover ...Prenylation modifications of natural products play essential roles in chemical diversity and bioactivities, but imidazole modification prenyltransferases are not well investigated. Here, we discover a dimethylallyl tryptophan synthase family prenyltransferase, AuraA, that catalyzes the rare dimethylallylation on the imidazole moiety in the biosynthesis of aurantiamine. Biochemical assays validate that AuraA could accept both cyclo-(L-Val-L-His) and cyclo-(L-Val-DH-His) as substrates, while the prenylation modes are completely different, yielding C2-regular and C5-reverse products, respectively. Cryo-electron microscopy analysis of AuraA and its two ternary complex structures reveal two distinct modes for receptor binding, demonstrating a tolerance for altered orientations of highly similar receptors. The mutation experiments further demonstrate the promiscuity of AuraA towards imidazole-C-dimethylallylation. In this work, we also characterize a case of AuraA mutant-catalyzed dimethylallylation of imidazole moiety, offering available structural insights into the utilization and engineering of dimethylallyl tryptophan synthase family prenyltransferases.
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.427
最小 - 最大-2.9828289 - 3.989677
平均 (標準偏差)-0.00026931684 (±0.10293094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP ...

全体名称: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP and cyclo-(L-Val-L-His)
要素
  • 複合体: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP and cyclo-(L-Val-L-His)
    • タンパク質・ペプチド: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA
  • リガンド: DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE
  • リガンド: (3~{S},6~{S})-3-(1~{H}-imidazol-4-ylmethyl)-6-propan-2-yl-piperazine-2,5-dione
  • リガンド: water

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超分子 #1: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP ...

超分子名称: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA in complex with DMAPP and cyclo-(L-Val-L-His)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Penicillium (菌類)

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分子 #1: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA

分子名称: Versatile Aromatic Prenyltransferase auraA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Penicillium (菌類)
分子量理論値: 46.433684 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SPSPWDFLGR VLQFQHGDHK RWWDVLAPVF GISMASIGYK LDVQYRHLLV LYDAVIPNMG PFPNSNASNI TWTSPFPPGP LEASVNYQA GESSMFRFTI EPVGPHAGTP ADPVNELAAK QLMQRLGQLQ PGGVDSTMFD HFYPLLCVDG PEARRQWDSI A HIYHKCHT ...文字列:
SPSPWDFLGR VLQFQHGDHK RWWDVLAPVF GISMASIGYK LDVQYRHLLV LYDAVIPNMG PFPNSNASNI TWTSPFPPGP LEASVNYQA GESSMFRFTI EPVGPHAGTP ADPVNELAAK QLMQRLGQLQ PGGVDSTMFD HFYPLLCVDG PEARRQWDSI A HIYHKCHT VTALDMQRSA ACTLKTYFPP LLRSTIMNTS MVDIMFDAVE SFRKQSGLYF DYTKIKEFMS EEKTHETMMV DR SYLSFDC LDPAKSRIKI YTEAKVKTLE EAYSFWSLGG RLSGPEIDYG FKIVSQMWDA IYSKELPGGK QRENNHIQIN WEM SAKDSS VAPKLYLTVI EDYDAYVSSA IVDLFTGLGW AAHVQTHKKI EKEAYPMCDA NPQSTHAYVW ISLAYKKTGP YITV YTNPG ASILE

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分子 #2: DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE

分子名称: DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: DST
分子量理論値: 262.158 Da
Chemical component information

ChemComp-DST:
DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE

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分子 #3: (3~{S},6~{S})-3-(1~{H}-imidazol-4-ylmethyl)-6-propan-2-yl-piperaz...

分子名称: (3~{S},6~{S})-3-(1~{H}-imidazol-4-ylmethyl)-6-propan-2-yl-piperazine-2,5-dione
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: A1LYE
分子量理論値: 236.27 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.45 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1345019
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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