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万見
- EMDB-39060: Cryo-EM structure of AQP7 in POPC nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39060
タイトルCryo-EM structure of AQP7 in POPC nanodisc
マップデータmain
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Tetramer of AQP7 in POPC nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Aquaporin-7
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
キーワードwater channel / aquaporin / aquaglyceroporin / glycerol / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / bioluminescence ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell-cell junction / basolateral plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Aquaporin-7 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Kozai D / Suzuki S / Kamegawa A / Nishikawa K / Suzuki H / Fujiyosh Y
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00451 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121028 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Narrowed pore conformations of aquaglyceroporins AQP3 and GlpF.
著者: Daisuke Kozai / Masao Inoue / Shota Suzuki / Akiko Kamegawa / Kouki Nishikawa / Hiroshi Suzuki / Toru Ekimoto / Mitsunori Ikeguchi / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Aquaglyceroporins such as aquaporin-3 (AQP3) and its bacterial homologue GlpF facilitate water and glycerol permeation across lipid bilayers. X-ray crystal structures of GlpF showed open pore ...Aquaglyceroporins such as aquaporin-3 (AQP3) and its bacterial homologue GlpF facilitate water and glycerol permeation across lipid bilayers. X-ray crystal structures of GlpF showed open pore conformations, and AQP3 has also been predicted to adopt this conformation. Here we present cryo-electron microscopy structures of rat AQP3 and GlpF in different narrowed pore conformations. In n-dodecyl-β-D-maltopyranoside detergent micelles, aromatic/arginine constriction filter residues of AQP3 containing Tyr212 form a 2.8-Å diameter pore, whereas in 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (POPC) nanodiscs, Tyr212 inserts into the pore. Molecular dynamics simulation shows the Tyr212-in conformation is stable and largely suppresses water permeability. AQP3 reconstituted in POPC liposomes exhibits water and glycerol permeability, suggesting that the Tyr212-in conformation may be altered during permeation. AQP3 Y212F and Y212T mutant structures suggest that the aromatic residue drives the pore-inserted conformation. The aromatic residue is conserved in AQP7 and GlpF, but neither structure exhibits the AQP3-like conformation in POPC nanodiscs. Unexpectedly, the GlpF pore is covered by an intracellular loop, but the loop is flexible and not primarily related to the GlpF permeability. Our findings illuminate the unique AQP3 conformation and structural diversity of aquaglyceroporins.
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.005 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.413
最小 - 最大-2.0099378 - 2.9257782
平均 (標準偏差)0.0012817378 (±0.18818398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 130.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of AQP7 in POPC nanodisc

全体名称: Tetramer of AQP7 in POPC nanodisc
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Tetramer of AQP7 in POPC nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Aquaporin-7
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: Tetramer of AQP7 in POPC nanodisc

超分子名称: Tetramer of AQP7 in POPC nanodisc / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Green fluorescent protein,Aquaporin-7

分子名称: Green fluorescent protein,Aquaporin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 5-12 His tag 13-251 GFP tag,255-261 TEV protease digestion site
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.259117 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH HHMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN S HNVYIMAD ...文字列:
MGSSHHHHHH HHMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN S HNVYIMAD KQKNGIKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS KLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AA GITLGMD ELYKSSGENL YFQGHMASMV QASGHRRSTR GSKMVSWSVI AKIQEILQRK MVREFLAEFM STYVMMVFGL GSV AHMVLN KKYGSYLGVN LGFGFGVTMG VHVAGRISGA HMNAAVTFAN CALGRVPWRK FPVYVLGQFL GSFLAAATIY SLFY TAILH FSGGQLMVTG PVATAGIFAT YLPDHMTLWR GFLNEAWLTG MLQLCLFAIT DQENNPALPG TEALVIGILV VIIGV SLGM NTGYAINPSR DLPPRIFTFI AGWGKQVFSN GENWWWVPVV APLLGAYLGG IIYLVFIGST IPREPLKLED SVAYED HGI TVLPKMGSHE PTISPLTPVS VSPANRSSVH PAPPLHESMA LEHF

UniProtKB: Green fluorescent protein, Aquaporin-7

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分子 #2: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 148023
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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