[日本語] English
万見
- EMDB-38968: Cryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to inhib... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38968
タイトルCryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to inhibitor apigenin
マップデータCryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to inhibitor apigenin
試料
  • 複合体: GLUT9 in complex with inhibitor apigenin
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
  • リガンド: 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one
キーワードGLUT9 / inhibitor / apigenin / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC2A9 causes hypouricemia renal 2 (RHUC2) / fructose transmembrane transporter activity / hexose transmembrane transporter activity / monosaccharide transmembrane transport / fructose transmembrane transport / hexose transmembrane transport / carbohydrate:proton symporter activity / Cellular hexose transport / glucose transmembrane transporter activity / urate transport ...Defective SLC2A9 causes hypouricemia renal 2 (RHUC2) / fructose transmembrane transporter activity / hexose transmembrane transporter activity / monosaccharide transmembrane transport / fructose transmembrane transport / hexose transmembrane transport / carbohydrate:proton symporter activity / Cellular hexose transport / glucose transmembrane transporter activity / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Pan XJ / Shen ZL / Xu L / Huang GXY
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32322039 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271252 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for urate recognition and apigenin inhibition of human GLUT9.
著者: Zilin Shen / Li Xu / Tong Wu / Huan Wang / Qifan Wang / Xiaofei Ge / Fang Kong / Gaoxingyu Huang / Xiaojing Pan /
要旨: Urate, the physiological form of uric acid and a potent antioxidant in serum, plays a pivotal role in scavenging reactive oxygen species. Yet excessive accumulation of urate, known as hyperuricemia, ...Urate, the physiological form of uric acid and a potent antioxidant in serum, plays a pivotal role in scavenging reactive oxygen species. Yet excessive accumulation of urate, known as hyperuricemia, is the primary risk factor for the development of gout. The high-capacity urate transporter GLUT9 represents a promising target for gout treatment. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human GLUT9 in complex with urate or its inhibitor apigenin at overall resolutions of 3.5 Å and 3.3 Å, respectively. In both structures, GLUT9 exhibits an inward open conformation, wherein the substrate binding pocket faces the intracellular side. These structures unveil the molecular basis for GLUT9's substrate preference of urate over glucose, and show that apigenin acts as a competitive inhibitor by occupying the substrate binding site. Our findings provide critical information for the development of specific inhibitors targeting GLUT9 as potential therapeutics for gout and hyperuricemia.
履歴
登録2024年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38968.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to inhibitor apigenin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.53
最小 - 最大-3.1849532 - 4.5830197
平均 (標準偏差)0.0078047826 (±0.10029269)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 207.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_38968_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38968_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : GLUT9 in complex with inhibitor apigenin

全体名称: GLUT9 in complex with inhibitor apigenin
要素
  • 複合体: GLUT9 in complex with inhibitor apigenin
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
  • リガンド: 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one

-
超分子 #1: GLUT9 in complex with inhibitor apigenin

超分子名称: GLUT9 in complex with inhibitor apigenin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9

分子名称: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.21509 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTARKQNRN SKELGLVPLT DDTSHAGPPG PGRALLECDH LRSGVPGGR RRKDWSCSLL VASLAGAFGS SFLYGYNLSV VNAPTPYIKA FYNESWERRH GRPIDPDTLT LLWSVTVSIF A IGGLVGTL ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTARKQNRN SKELGLVPLT DDTSHAGPPG PGRALLECDH LRSGVPGGR RRKDWSCSLL VASLAGAFGS SFLYGYNLSV VNAPTPYIKA FYNESWERRH GRPIDPDTLT LLWSVTVSIF A IGGLVGTL IVKMIGKVLG RKHTLLANNG FAISAALLMA CSLQAGAFEM LIVGRFIMGI DGGVALSVLP MYLSEISPKE IR GSLGQVT AIFICIGVFT GQLLGLPELL GKESTWPYLF GVIVVPAVVQ LLSLPFLPDS PRYLLLEKHN EARAVKAFQT FLG KADVSQ EVEEVLAESR VQRSIRLVSV LELLRAPYVR WQVVTVIVTM ACYQLCGLNA IWFYTNSIFG KAGIPPAKIP YVTL STGGI ETLAAVFSGL VIEHLGRRPL LIGGFGLMGL FFGTLTITLT LQDHAPWVPY LSIVGILAII ASFCSGPGGI PFILT GEFF QQSQRPAAFI IAGTVNWLSN FAVGLLFPFI QKSLDTYCFL VFATICITGA IYLYFVLPET KNRTYAEISQ AFSKRN KAY PPEEKIDSAV TDGKINGRP

UniProtKB: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9

-
分子 #2: 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one

分子名称: 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: AGI
分子量理論値: 270.237 Da
Chemical component information

ChemComp-AGI:
5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / アピゲニン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 296259
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る