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万見
- EMDB-38960: human NaS1 inward state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38960
タイトルhuman NaS1 inward state
マップデータ
試料
  • 複合体: membrane sodium anion transproter IN
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 13 member 1
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードmembrane sodium anion transproter / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:sulfate symporter activity / monoatomic anion:sodium symporter activity / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / sulfate transmembrane transport / sodium ion transport / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 13 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Zhang SS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030056 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the reaction cycle and transport mechanism of human Na-sulfate cotransporter NaS1 (SLC13A1).
著者: Xudong Chen / Youqi Zhang / Jian Yin / Chang Liu / Min Xie / Yixue Wang / Meiying Chen / Rui Zhang / Xinyi Yuan / De Li / Xiangmei Chen / Xin Gao / Guangyan Cai / Sensen Zhang / Boda Zhou / Maojun Yang /
要旨: Sulfate (SO) is a pivotal inorganic anion with essential roles in mammalian physiology. NaS1, a member of solute carrier 13 family and divalent anion/sodium symporter family, functions as a Na- ...Sulfate (SO) is a pivotal inorganic anion with essential roles in mammalian physiology. NaS1, a member of solute carrier 13 family and divalent anion/sodium symporter family, functions as a Na-sulfate cotransporter, facilitating sulfate (re)absorption across renal proximal tubule and small intestine epithelia. While previous studies have linked several human disorders to mutations in the gene, its transport mechanism remains unclear. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of five distinct conformations of the human NaS1 at resolutions of 2.7 to 3.3 angstroms, revealing the substrates recognition mechanism and the conformational change of NaS1 during the Na-sulfate cotransport cycle. Our studies delineate the molecular basis of the detailed dynamic transport cycle of NaS1. These findings advance the current understanding of the Na-sulfate cotransport mechanism, human sulfate (re)absorption, and the implications of disease-associated NaS1 mutations.
履歴
登録2024年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38960.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.22 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.22 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.22 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8374 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.269
最小 - 最大-0.99301904 - 1.5657113
平均 (標準偏差)0.0014092185 (±0.04510347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.22 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38960_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38960_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : membrane sodium anion transproter IN

全体名称: membrane sodium anion transproter IN
要素
  • 複合体: membrane sodium anion transproter IN
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 13 member 1
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: membrane sodium anion transproter IN

超分子名称: membrane sodium anion transproter IN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 13 member 1

分子名称: Solute carrier family 13 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.184859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKFFSYILVY RRFLFVVFTV LVLLPLPIVL HTKEAECAYT LFVVATFWLT EALPLSVTAL LPSLMLPMFG IMPSKKVASA YFKDFHLLL IGVICLATSI EKWNLHKRIA LKMVMMVGVN PAWLTLGFMS STAFLSMWLS NTSTAAMVMP IAEAVVQQII N AEAEVEAT ...文字列:
MKFFSYILVY RRFLFVVFTV LVLLPLPIVL HTKEAECAYT LFVVATFWLT EALPLSVTAL LPSLMLPMFG IMPSKKVASA YFKDFHLLL IGVICLATSI EKWNLHKRIA LKMVMMVGVN PAWLTLGFMS STAFLSMWLS NTSTAAMVMP IAEAVVQQII N AEAEVEAT QMTYFNGSTN HGLEIDESVN GHEINERKEK TKPVPGYNND TGKISSKVEL EKNSGMRTKY RTKKGHVTRK LT CLCIAYS STIGGLTTIT GTSTNLIFAE YFNTRYPDCR CLNFGSWFTF SFPAALIILL LSWIWLQWLF LGFNFKEMFK CGK TKTVQQ KACAEVIKQE YQKLGPIRYQ EIVTLVLFII MALLWFSRDP GFVPGWSALF SEYPGFATDS TVALLIGLLF FLIP AKTLT KTTPTGEIVA FDYSPLITWK EFQSFMPWDI AILVGGGFAL ADGCEESGLS KWIGNKLSPL GSLPAWLIIL ISSLM VTSL TEVASNPATI TLFLPILSPL AEAIHVNPLY ILIPSTLCTS FAFLLPVANP PNAIVFSYGH LKVIDMVKAG LGVNIV GVA VVMLGICTWI VPMFDLYTYP SWAPAMSNET MP

UniProtKB: Solute carrier family 13 member 1

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分子 #2: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34318
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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