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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38958 | |||||||||
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タイトル | 45S State C under 1 mM magnesium when overexpressing DbpA-R331A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | pre50S / ribosome / DbpA | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu T / Zeng F | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PTC remodeling in pre50S intermediates: insights into the role of DEAD-box RNA helicase DbpA 著者: Yu T / Yu Q / Jiang J / Li X / Huang Z / Zeng F | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38958.map.gz | 20.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38958-v30.xml emd-38958.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38958_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38958.png | 112.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38958.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_38958_half_map_1.map.gz emd_38958_half_map_2.map.gz | 171.4 MB 171.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38958 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38958 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38958_validation.pdf.gz | 772.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38958_full_validation.pdf.gz | 771.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38958_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38958_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38958 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38958 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38958_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38958_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 45S state C under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA
全体 | 名称: 45S state C under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA |
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要素 |
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-超分子 #1: 45S state C under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA
超分子 | 名称: 45S state C under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |