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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38912 | |||||||||
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タイトル | Overall map of PSII-CAC | |||||||||
マップデータ | Overall map of PSII-CAC from Rhodomonas salina | |||||||||
試料 |
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キーワード | Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
生物種 | Rhodomonas salina (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Si L / Li M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of inactive Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina 著者: Si L / Li M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38912.map.gz | 257.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38912-v30.xml emd-38912.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38912.png | 129.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38912.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_38912_half_map_1.map.gz emd_38912_half_map_2.map.gz | 217.1 MB 216.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38912 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38912_validation.pdf.gz | 1014.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38912_full_validation.pdf.gz | 1014 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38912_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38912_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38912 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Overall map of PSII-CAC from Rhodomonas salina | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04003 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38912_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38912_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding p...
全体 | 名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding p...
超分子 | 名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17, #19-#24 |
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由来(天然) | 生物種: Rhodomonas salina (真核生物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112613 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |