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- EMDB-38835: The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38835
タイトルThe 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHCoV-HKU1 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus HKU1 (isolate N2) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Xia LY / Zhang YY / Zhou Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the recognition of HCoV-HKU1 by human TMPRSS2.
著者: Lingyun Xia / Yuanyuan Zhang / Qiang Zhou /
履歴
登録2024年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38835.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.31
最小 - 最大-2.348019 - 4.2193856
平均 (標準偏差)-0.0018412385 (±0.08633609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38835_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38835_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state

全体名称: The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state
要素
  • 複合体: The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state

超分子名称: The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (isolate N2) (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (isolate N2) (ウイルス)
分子量理論値: 143.475344 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFLIIFILPT TLAVIGDFNC TNSFINDYNK TIPRISEDVV DVSLGLGTYY VLNRVYLNTT LLFTGYFPKS GANFRDLALK GSKYLSTLW YKPPFLSDFN NGIFSKVKNT KLYVNNTLYS EFSTIVIGSV FVNTSYTIVV QPHNGILEIT ACQYTMCEYP H TVCKSKGS ...文字列:
MFLIIFILPT TLAVIGDFNC TNSFINDYNK TIPRISEDVV DVSLGLGTYY VLNRVYLNTT LLFTGYFPKS GANFRDLALK GSKYLSTLW YKPPFLSDFN NGIFSKVKNT KLYVNNTLYS EFSTIVIGSV FVNTSYTIVV QPHNGILEIT ACQYTMCEYP H TVCKSKGS IRNESWHIDS SEPLCLFKKN FTYNVSADWL YFHFYQERGV FYAYYADVGM PTTFLFSLYL GTILSHYYVM PL TCKAISS NTDNETLEYW VTPLSRRQYL LNFDEHGVIT NAVDCSSSFL SEIQCKTQSF APNTGVYDLS GFTVKPVATV YRR IPNLPD CDIDNWLNNV SVPSPLNWER RIFSNCNFNL STLLRLVHVD SFSCNNLDKS KIFGSCFNSI TVDKFAIPNR RRDD LQLGS SGFLQSSNYK IDISSSSCQL YYSLPLVNVT INNFNPSSWN RRYGFGSFNV SSYDVVYSDH CFSVNSDFCP CADPS VVNS CVKSKPLSAI CPAGTKYRHC DLDTTLYVNN WCRCSCLPDP ISTYSPNTCP QKKVVVGIGE HCPGLGINEE KCGTQL NHS SCSCSPDAFL GWSFDSCISN NRCNIFSNFI FNGINSGTTC SNDLLYSNTE VSTGVCVNYD LYGITGQGIF KEVSAAY YN NWQNLLYDSN GNIIGFKDFL TNKTYTILPC YSGRVSAAFY QNSSSPALLY RNLKCSYVLN NISFISQPFY FDSYLGCV L NAVNLTSYSV SSCDLRMGSG FCIDYALPSS GSASRGISSP YRFVTFEPFN VSFVNDSVET VGGLFEIQIP TNFTIAGHE EFIQTSSPKV TIDCSAFVCS NYAACHDLLS EYGTFCDNIN SILNEVNDLL DITQLQVANA LMQGVTLSSN LNTNLHSDVD NIDFKSLLG CLGSQCGSSS RSLLEDLLFN KVKLSDVGFV EAYNNCTGGS EIRDLLCVQS FNGIKVLPPI LSETQISGYT T AATVAAMF PPWSAAAGVP FSLNVQYRIN GLGVTMDVLN KNQKLIANAF NKALLSIQNG FTATNSALAK IQSVVNANAQ AL NSLLQQL FNKFGAISSS LQEILSRLDP PEAQVQIDRL INGRLTALNA YVSQQLSDIT LIKAGASRAI EKVNECVKSQ SPR INFCGN GNHILSLVQN APYGLLFIHF SYKPTSFKTV LVSPGLCLSG DRGIAPKQGY FIKQNDSWMF TGSSYYYPEP ISDK NVVFM NSCSVNFTKA PFIYLNNSIP NLSDFEAEFS LWFKNHTSIA PNLTFNSHIN ATFLDLYYEM NVIQESIKSL NSSFI NLKE IGTYEM

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 51 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 148802
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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