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- EMDB-38814: Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38814
タイトルComplex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
    • 複合体: FMDV O/18074
      • タンパク質・ペプチド: VP1 of capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: VP2 of capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: VP3 of capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: VP4 of capsid protein
    • 複合体: inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
      • タンパク質・ペプチド: pOA2 VH
      • タンパク質・ペプチド: pOA2 VL
キーワードFoot-and-mouth disease virus O / Sus scrofa / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell / host cell cytoplasm / viral protein processing / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus capsid ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus O (ウイルス) / Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Wu S / Lei D
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32373028 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32072873 中国
Other government2021YFD1800304
Other governmentlzujbky-2021-ct05
Other governmentNCTIP-MY23004
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Discovery, recognized antigenic structures, and evolution of cross-serotype broadly neutralizing antibodies from porcine B-cell repertoires against foot-and-mouth disease virus.
著者: Fengjuan Li / Shanquan Wu / Lv Lv / Shulun Huang / Zelin Zhang / Zhaxi Zerang / Pinghua Li / Yimei Cao / Huifang Bao / Pu Sun / Xingwen Bai / Yong He / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Xueqing Ma / ...著者: Fengjuan Li / Shanquan Wu / Lv Lv / Shulun Huang / Zelin Zhang / Zhaxi Zerang / Pinghua Li / Yimei Cao / Huifang Bao / Pu Sun / Xingwen Bai / Yong He / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Xueqing Ma / Zhixun Zhao / Jing Zhang / Jian Wang / Tao Wang / Dong Li / Qiang Zhang / Jijun He / Zaixin Liu / Zengjun Lu / Dongsheng Lei / Kun Li /
要旨: It is a great challenge to isolate the broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against foot-and-mouth disease virus (FMDV) due to its existence as seven distinct serotypes without cross-protection. ...It is a great challenge to isolate the broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against foot-and-mouth disease virus (FMDV) due to its existence as seven distinct serotypes without cross-protection. Here, by vaccination of pig with FMDV serotypes O and A whole virus antigens, we obtained 10 bnAbs against serotypes O, A and/or Asia1 by dissecting 216 common clonotypes of two serotypes O and A specific porcine B-cell receptor (BCR) gene repertoires containing total 12720 B cell clones, indicating the induction of cross-serotype bnAbs after sequential vaccination with serotypes O and A antigens. The majority of porcine bnAbs (9/10) were derived from terminally differentiated B cells of different clonal lineages, which convergently targeted the conserved "RGDL" motif on structural protein VP1 of FMDV by mimicking receptor recognition to inhibit viral attachment to cells. Cryo-EM complex structures revealed that the other bnAb pOA-2 specifically targets a novel inter-pentamer antigen structure surrounding the viral three-fold axis, with a highly conserved determinant at residue 68 on VP2. This unique binding pattern enabled cross-serotype neutralization by destabilizing the viral particle. The evolutionary analysis of pOA-2 demonstrated its origin from an intermediate B-cell, emphasizing the crucial role of somatic hypermutations (SHMs) in balancing the breadth and potency of neutralization. However, excessive SHMs may deviate from the trajectory of broad neutralization. This study provides a strategy to uncover bnAbs against highly mutable pathogens and the cross-serotype antigenic structures to explore broadly protective FMDV vaccine.
履歴
登録2024年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 531.84 Å		1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 531.84 Å		1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 531.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.108 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.06604535 - 1.7777528
平均 (標準偏差)0.0064099357 (±0.0837426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 531.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_38814_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38814_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38814_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing a...

全体名称: Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
要素
  • 複合体: Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
    • 複合体: FMDV O/18074
      • タンパク質・ペプチド: VP1 of capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: VP2 of capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: VP3 of capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: VP4 of capsid protein
    • 複合体: inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
      • タンパク質・ペプチド: pOA2 VH
      • タンパク質・ペプチド: pOA2 VL

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超分子 #1: Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing a...

超分子名称: Complex of FMDV O/18074 and inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: FMDV O/18074

超分子名称: FMDV O/18074 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus O (ウイルス)

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超分子 #3: inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2

超分子名称: inter-serotype broadly neutralizing antibodies pOA-2
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: VP1 of capsid protein

分子名称: VP1 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus O (ウイルス)
分子量理論値: 23.686809 KDa
配列文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQAQRRQHT DVTFILDRFV KVKPQEEINV LDLMQIPAHT LVGALLRTAT YYFSDLELAV KHEGDLTWV PNGAPEAALD NTTNPTAYHK EPLTRLALPY TAPHRVLATV YNGSNKYGDT STNNVRGDLH VLAKNAERTL P TSFNYGAI ...文字列:
TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQAQRRQHT DVTFILDRFV KVKPQEEINV LDLMQIPAHT LVGALLRTAT YYFSDLELAV KHEGDLTWV PNGAPEAALD NTTNPTAYHK EPLTRLALPY TAPHRVLATV YNGSNKYGDT STNNVRGDLH VLAKNAERTL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAIQPST ARHKQKIVAP VKQLL

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: VP2 of capsid protein

分子名称: VP2 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus O (ウイルス)
分子量理論値: 24.350398 KDa
配列文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATAE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWG TNDSFGRCHL LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSITKRELYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PYLGVNRY ...文字列:
DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATAE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWG TNDSFGRCHL LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSITKRELYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PYLGVNRY DQYKVHKPWT LVVTVVAPLT VKNEGAPQIK VYANIAPTNV YVAGELPSKE

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP3 of capsid protein

分子名称: VP3 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus O (ウイルス)
分子量理論値: 23.886848 KDa
配列文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNLLPGR FTNLLDVAEA CPTFLRFDSD VPYVTTKTDS DRKLVQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMVAYAPPG MEPPTTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列:
GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVF NPPRNLLPGR FTNLLDVAEA CPTFLRFDSD VPYVTTKTDS DRKLVQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMVAYAPPG MEPPTTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDVAETT NVQGWVCLFQ ITHGKADGDA LVVLASAGKD FDLRLPVDAR AQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: VP4 of capsid protein

分子名称: VP4 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus O (ウイルス)
分子量理論値: 8.862206 KDa
配列文字列:
GAGQSSPTTG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSTHTN NTQNNDWFSK LANTAFSGLF GALLA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: pOA2 VH

分子名称: pOA2 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.721396 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EEKVVESGGG LVQPGGSLRL SCVGSGFNFK NYEINWVRQA PGKALEWLAY ITQTSDFIYY ADSVKGRFTI SRDNSRNTAY LQMNNLRTE DTARYFCTRA GLTGCKSRHC MYVWGPGAEV VVSS

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分子 #6: pOA2 VL

分子名称: pOA2 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 11.587944 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QTVIQEPAMS VSLGGTVTLT CGFISGSVTG TNYPSWFQQT PGQPPRLLIY YANSRPTEVP SRFSGAISGN KAALTITGAQ AEDEADYFC CLYKTNNNIL FGGGTHLTVL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3202
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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