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- EMDB-38765: Structure of CXCR3 in the apo-state (Receptor focused map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38765
タイトルStructure of CXCR3 in the apo-state (Receptor focused map)
マップデータ
試料
  • 複合体: C-X-C chemokine receptor type 3 in complex with Go
    • タンパク質・ペプチド: C-X-C chemokine receptor type 3
キーワードGPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / T cell chemotaxis / negative regulation of execution phase of apoptosis ...regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / T cell chemotaxis / negative regulation of execution phase of apoptosis / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / regulation of cell adhesion / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C chemokine receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Sano FK / Saha S / Sharma S / Ganguly M / Shihoya W / Nureki O / Shukla AK / Banerjee R
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural visualization of small molecule recognition by CXCR3 uncovers dual-agonism in the CXCR3-CXCR7 system.
著者: Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru ...著者: Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru Itoh / Rob Leurs / Ramanuj Banerjee / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although ...Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although some also exhibit naturally-encoded signaling-bias toward β-arrestins (βarrs). C-X-C type chemokine receptors, namely CXCR3 and CXCR7, constitute a pair wherein the former is a prototypical GPCR while the latter exhibits selective coupling to βarrs despite sharing a common natural agonist: CXCL11. Moreover, CXCR3 and CXCR7 also recognize small molecule agonists suggesting a modular orthosteric ligand binding pocket. Here, we determine cryo-EM structures of CXCR3 in an Apo-state and in complex with small molecule agonists biased toward G-proteins or βarrs. These structural snapshots uncover an allosteric network bridging the ligand-binding pocket to intracellular side, driving the transducer-coupling bias at this receptor. Furthermore, structural topology of the orthosteric binding pocket also allows us to discover and validate that selected small molecule agonists of CXCR3 display robust agonism at CXCR7. Collectively, our study offers molecular insights into signaling-bias and dual agonism in the CXCR3-CXCR7 system with therapeutic implications.
履歴
登録2024年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0375 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.1
最小 - 最大-25.314412999999998 - 43.512546999999998
平均 (標準偏差)-0.000000000002993 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C-X-C chemokine receptor type 3 in complex with Go

全体名称: C-X-C chemokine receptor type 3 in complex with Go
要素
  • 複合体: C-X-C chemokine receptor type 3 in complex with Go
    • タンパク質・ペプチド: C-X-C chemokine receptor type 3

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超分子 #1: C-X-C chemokine receptor type 3 in complex with Go

超分子名称: C-X-C chemokine receptor type 3 in complex with Go / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: C-X-C chemokine receptor type 3

分子名称: C-X-C chemokine receptor type 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.597906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSVLE VSDHQVLNDA EVAALLENFS SSYDYGENE SDSCCTSPPC PQDFSLNFDR AFLPALYSLL FLLGLLGNGA VAAVLLSRRT ALSSTDTFLL HLAVADTLLV L TLPLWAVD ...文字列:
MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSVLE VSDHQVLNDA EVAALLENFS SSYDYGENE SDSCCTSPPC PQDFSLNFDR AFLPALYSLL FLLGLLGNGA VAAVLLSRRT ALSSTDTFLL HLAVADTLLV L TLPLWAVD AAVQWVFGSG LCKVAGALFN INFYAGALLL ACISFDRYLN IVHATQLYRR GPPARVTLTC LAVWGLCLLF AL PDFIFLS AHHDERLNAT HCQYNFPQVG RTALRVLQLV AGFLLPLLVM AYCYAHILAV LLVSRGQRRL RAMRLVVVVV VAF ALCWTP YHLVVLVDIL MDLGALARNC GRESRVDVAK SVTSGLGYMH CCLNPLLYAF VGVKFRERMW MLLLRLGCPN QRGL QRQPS SSRRDSSWSE TSEASYSGL

UniProtKB: C-X-C chemokine receptor type 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41722
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

z3w5


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8xxy:
Structure of CXCR3 in the apo-state (Receptor focused map)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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