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- EMDB-38680: Cryo-EM structure of tomato NRC2 tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38680
タイトルCryo-EM structure of tomato NRC2 tetramer
マップデータ
試料
  • 複合体: NRC2 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: NRC2
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードtomato / helper NLR / tetramer / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Sun Y / Ma SC / Chai JJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Oligomerization-mediated autoinhibition and cofactor binding of a plant NLR.
著者: Shoucai Ma / Chunpeng An / Aaron W Lawson / Yu Cao / Yue Sun / Eddie Yong Jun Tan / Jinheng Pan / Jan Jirschitzka / Florian Kümmel / Nitika Mukhi / Zhifu Han / Shan Feng / Bin Wu / Paul ...著者: Shoucai Ma / Chunpeng An / Aaron W Lawson / Yu Cao / Yue Sun / Eddie Yong Jun Tan / Jinheng Pan / Jan Jirschitzka / Florian Kümmel / Nitika Mukhi / Zhifu Han / Shan Feng / Bin Wu / Paul Schulze-Lefert / Jijie Chai /
要旨: Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) proteins play a pivotal role in plant immunity by recognizing pathogen effectors. Maintaining a balanced immune response is crucial, as excessive NLR ...Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) proteins play a pivotal role in plant immunity by recognizing pathogen effectors. Maintaining a balanced immune response is crucial, as excessive NLR expression can lead to unintended autoimmunity. Unlike most NLRs, the plant NLR required for cell death 2 (NRC2) belongs to a small NLR group characterized by constitutively high expression without self-activation. The mechanisms underlying NRC2 autoinhibition and activation are not yet understood. Here we show that Solanum lycopersicum (tomato) NRC2 (SlNRC2) forms dimers and tetramers and higher-order oligomers at elevated concentrations. Cryo-electron microscopy shows an inactive conformation of SlNRC2 in these oligomers. Dimerization and oligomerization not only stabilize the inactive state but also sequester SlNRC2 from assembling into an active form. Mutations at the dimeric or interdimeric interfaces enhance pathogen-induced cell death and immunity in Nicotiana benthamiana. The cryo-electron microscopy structures unexpectedly show inositol hexakisphosphate (IP) or pentakisphosphate (IP) bound to the inner surface of the C-terminal leucine-rich repeat domain of SlNRC2, as confirmed by mass spectrometry. Mutations at the inositol phosphate-binding site impair inositol phosphate binding of SlNRC2 and pathogen-induced SlNRC2-mediated cell death in N. benthamiana. Our study indicates a negative regulatory mechanism of NLR activation and suggests inositol phosphates as cofactors of NRCs.
履歴
登録2024年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38680.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.5224076 - 0.92088634
平均 (標準偏差)0.0016903076 (±0.021114731)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38680_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38680_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NRC2 tetramer

全体名称: NRC2 tetramer
要素
  • 複合体: NRC2 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: NRC2
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: NRC2 tetramer

超分子名称: NRC2 tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)

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分子 #1: NRC2

分子名称: NRC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for NRC2 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A3Q7IF17. Regarding SlNRC2 with the accession number ...詳細: Sequence reference for NRC2 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A3Q7IF17. Regarding SlNRC2 with the accession number Solyc10g047320 in the SGN database, here is the link: https://solgenomics.net/locus/36701/view. The source article for SlNRC2 is "Helper NLR proteins NRC2a/b and NRC3 but not NRC1 are required for Pto-mediated cell death and resistance in Nicotiana benthamiana" by Wu, Chih-Hang et al. The article was published in The New Phytologist, volume 209, issue 4, in 2016. The DOI is 10.1111/nph.13764.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 101.332078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MANVAVEFLV ENLMQLLRDN VELISGVKEA AESLLQDLND FNAFLKQAAK CHINENEVLR ELVKKIRTVV NSAEDAIDKF VIEAKLHKD KGVTRVLDLP HYKRVKEVAG EIKAIRNKVR EIRQTDAIGL QALQDDDLSA RGSEERKPPV VEEDDVVGFD E EADIVINR ...文字列:
MANVAVEFLV ENLMQLLRDN VELISGVKEA AESLLQDLND FNAFLKQAAK CHINENEVLR ELVKKIRTVV NSAEDAIDKF VIEAKLHKD KGVTRVLDLP HYKRVKEVAG EIKAIRNKVR EIRQTDAIGL QALQDDDLSA RGSEERKPPV VEEDDVVGFD E EADIVINR LLGESNHLEV VPVVGMPGLG KTTLANKIYK HPKIGYEFFT RIWVYVSQSY RRRELFLNII SKFTRNTKQY HG MCEEDLA DEIQEFLGKG GKYLVVLDDV WSDEAWERIK IAFPNNNKPN RVLLTTRDSK VAKQCNPIPH DLKFLTEDES WIL LEKKVF HKDKCPPELV LSGKSIAKKC KGLPLAIVVI AGALIGKGKT PREWKQVDDS VSEHLINRDH PENCNKLVQM SYDR LPYDL KACFLYCSAF PGGFQIPAWK LIRLWIAEGF IQYKGHLSLE CKGEDNLNDL INRNLVMVME RTSDGQIKTC RLHDM LHEF CRQEAMKEEN LFQEIKLGSE QYFPGKRELS TYRRLCIHSS VLDFFSTKPS AEHVRSFLSF SSKKIEMPSA DIPTIP KGF PLLRVLDVES INFSRFSREF YQLYHLRYVA FSSDSIKILP KLMGELWNIQ TIIINTQQRT LDIQANIWNM ERLRHLH TN SSAKLPVPVA PKNSKVTLVN QSLQTLSTIA PESCTEEVFA RTPNLKKLGI RGKISVLLDN KSAASLKNVK RLEYLENL K LINDSSIQTS KLRLPPAYIF PTKLRKLTLL DTWLEWKDMS ILGQLEHLEV LKMKENGFSG ESWESTGGFC SLLVLWIER TNLVSWKASA DDFPRLKHLV LICCDNLKEV PIALADIRSF QVMMLQNSTK TAAISARQIQ AKKDNQTQQG TKNIAFKLSI FPPDL

UniProtKB: NRC1

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分子 #2: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154084
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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