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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38672 | |||||||||
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タイトル | Icosahedral Reconstructed map of Car4-bound state AAV9P31 at 1.76 Angstroms | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 | Adeno-associated virus != Adeno-associated virus 9 Adeno-associated virus
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キーワード | Adeno-associated virus 9P31 / complex / Cryo-EM / VIRUS | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang R / Liu Y / Yu F / Xu G / Li L / Li B / Lou Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024 タイトル: Structural basis of the recognition of adeno-associated virus by the neurological system-related receptor carbonic anhydrase IV. 著者: Ran Zhang / Yixiao Liu / Fengxi Yu / Guangxue Xu / Lili Li / Baobin Li / Zhiyong Lou / 要旨: Carbonic anhydrase IV (Car4) is a newly identified receptor that allows adeno-associated virus (AAV) 9P31 to cross the blood-brain barrier and achieve efficient infection in the central nervous ...Carbonic anhydrase IV (Car4) is a newly identified receptor that allows adeno-associated virus (AAV) 9P31 to cross the blood-brain barrier and achieve efficient infection in the central nervous system (CNS) in mouse models. However, the molecular mechanism by which engineered AAV capsids with 7-mer insertion in the variable region (VR) VIII recognize these novel cellular receptors is unknown. Here we report the cryo-EM structures of AAV9P31 and its complex with Mus musculus Car4 at atomic resolution by utilizing the block-based reconstruction (BBR) method. The structures demonstrated that Car4 binds to the protrusions at 3-fold axes of the capsid. The inserted 7-mer extends into a hydrophobic region near the catalytic center of Car4 to form stable interactions. Mutagenesis studies also identified the key residues in Car4 responsible for the AAV9P31 interaction. These findings provide new insights into the novel receptor recognition mechanism of AAV generated by directed evolution and highlight the application of the BBR method to studying the virus-receptor molecular mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38672.map.gz | 304.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38672-v30.xml emd-38672.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38672.png | 59.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38672.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_38672_half_map_1.map.gz emd_38672_half_map_2.map.gz | 259.5 MB 259.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38672 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38672 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38672_validation.pdf.gz | 1021.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38672_full_validation.pdf.gz | 1021 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38672_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38672_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38672 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38672 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38672.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8433 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38672_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38672_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus 9
超分子 | 名称: Adeno-associated virus 9 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 235455 / 生物種: Adeno-associated virus 9 / Sci species strain: 9P31 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 226745 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |