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万見
- EMDB-38563: Structure of Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38563
タイトルStructure of Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer bound to single-domain antibody n425 at 3.63 Angstroms overall resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer in complex with single-domain antibody n425
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: single-domain antibody n425
キーワードAntibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Sun L / Chen Z / Sun Y / Mao Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270984 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Fully human single-domain antibody targeting a highly conserved cryptic epitope on the Nipah virus G protein.
著者: Yulu Wang / Yifang Sun / Zhaoling Shen / Cong Wang / Jun Qian / Qiyu Mao / Yajie Wang / Wenping Song / Yu Kong / Changyou Zhan / Zhenguo Chen / Dimiter S Dimitrov / Zhenlin Yang / Shibo Jiang ...著者: Yulu Wang / Yifang Sun / Zhaoling Shen / Cong Wang / Jun Qian / Qiyu Mao / Yajie Wang / Wenping Song / Yu Kong / Changyou Zhan / Zhenguo Chen / Dimiter S Dimitrov / Zhenlin Yang / Shibo Jiang / Fan Wu / Lu Lu / Tianlei Ying / Lei Sun / Yanling Wu /
要旨: Nipah virus infection, one of the top priority diseases recognized by the World Health Organization, underscores the urgent need to develop effective countermeasures against potential epidemics and ...Nipah virus infection, one of the top priority diseases recognized by the World Health Organization, underscores the urgent need to develop effective countermeasures against potential epidemics and pandemics. Here, we identify a fully human single-domain antibody that targets a highly conserved cryptic epitope situated at the dimeric interface of the Nipah virus G protein (receptor binding protein, RBP), as elucidated through structures by high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM). This unique binding mode disrupts the tetramerization of the G protein, consequently obstructing the activation of the F protein and inhibiting viral membrane fusion. Furthermore, our investigations reveal that this compact antibody displays enhanced permeability across the blood-brain barrier (BBB) and demonstrates superior efficacy in eliminating pseudovirus within the brain in a murine model of Nipah virus infection, particularly compared to the well-characterized antibody m102.4 in an IgG1 format. Consequently, this single-domain antibody holds promise as a therapeutic candidate to prevent Nipah virus infections and has potential implications for vaccine development.
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38563.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.68 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.68 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.09318834 - 13.041979
平均 (標準偏差)-0.023620022 (±0.39394456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 223.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38563_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38563_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer in compl...

全体名称: Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer in complex with single-domain antibody n425
要素
  • 複合体: Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer in complex with single-domain antibody n425
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: single-domain antibody n425

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超分子 #1: Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer in compl...

超分子名称: Nipah virus Malaysia string G protein ectodomain monomer in complex with single-domain antibody n425
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein G

分子名称: Glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 67.104703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPAENKKVRF ENTTSDKGKI PSKVIKSYYG TMDIKKINEG LLDSKILSAF NTVIALLGSI VIIVMNIMII QNYTRSTDNQ AVIKDALQG IQQQIKGLAD KIGTEIGPKV SLIDTSSTIT IPANIGLLGS KISQSTASIN ENVNEKCKFT LPPLKIHECN I SCPNPLPF ...文字列:
MPAENKKVRF ENTTSDKGKI PSKVIKSYYG TMDIKKINEG LLDSKILSAF NTVIALLGSI VIIVMNIMII QNYTRSTDNQ AVIKDALQG IQQQIKGLAD KIGTEIGPKV SLIDTSSTIT IPANIGLLGS KISQSTASIN ENVNEKCKFT LPPLKIHECN I SCPNPLPF REYRPQTEGV SNLVGLPNNI CLQKTSNQIL KPKLISYTLP VVGQSGTCIT DPLLAMDEGY FAYSHLERIG SC SRGVSKQ RIIGVGEVLD RGDEVPSLFM TNVWTPPNPN TVYHCSAVYN NEFYYVLCAV STVGDPILNS TYWSGSLMMT RLA VKPKSN GGGYNQHQLA LRSIEKGRYD KVMPYGPSGI KQGDTLYFPA VGFLVRTEFK YNDSNCPITK CQYSKPENCR LSMG IRPNS HYILRSGLLK YNLSDGENPK VVFIEISDQR LSIGSPSKIY DSLGQPVFYQ ASFSWDTMIK FGDVLTVNPL VVNWR NNTV ISRPGQSQCP RFNTCPEICW EGVYNDAFLI DRINWISAGV FLDSNQTAEN PVFTVFKDNE ILYRAQLASE DTNAQK TIT NCFLLKNKIW CISLVEIYDT GDNVIRPKLF AVKIPEQCT

UniProtKB: Glycoprotein G

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分子 #2: single-domain antibody n425

分子名称: single-domain antibody n425 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.764128 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSY ISSSSSYTNY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTASYYCARG LAGVWGIDVW GQGTLVTVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7txz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 661646
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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