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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38396 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-EM structure of MPXV E5 C-terminal in complex with DNA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | helicase (ヘリカーゼ) / REPLICATION (DNA複製) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang W / Liu Y / Gao H / Gan J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural and functional insights into the helicase protein E5 of Mpox virus. 著者: Gan J / Zhang W | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38396.map.gz | 79 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38396-v30.xml emd-38396.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38396_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38396.png | 26.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38396.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_38396_half_map_1.map.gz emd_38396_half_map_2.map.gz | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38396 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38396 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.081 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38396_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38396_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monkeypox virus
全体 | 名称: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Monkeypox virus
超分子 | 名称: Monkeypox virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 10244 / 生物種: Monkeypox virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: DNA (70-MER)
分子 | 名称: DNA (70-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.440668 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列: (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DT) |
-分子 #2: Monkeypox virus E5
分子 | 名称: Monkeypox virus E5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.282012 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GNKLFNIAQR ILDTNSVLLT ERGDHIVWIN NSWKFNSEEP LITKLILSIR HQLPKEYSSE LLCPRKRKTV EANIRDMLVD SVETDTYPD KLPFKNGVLD LVDGMFYSGD DAKKYTCTVS TGFKFDDTKF VEDSPEMEEL MNIINDIQPL TDENKKNREL Y EKTLSSCL ...文字列: GNKLFNIAQR ILDTNSVLLT ERGDHIVWIN NSWKFNSEEP LITKLILSIR HQLPKEYSSE LLCPRKRKTV EANIRDMLVD SVETDTYPD KLPFKNGVLD LVDGMFYSGD DAKKYTCTVS TGFKFDDTKF VEDSPEMEEL MNIINDIQPL TDENKKNREL Y EKTLSSCL CGATKGCLTF FFGETATGKS TTKRLLKSAI GDLFVETGQT ILTDVLDKGP NPFIANMHLK RSVFCSELPD FA CSGSKKI RSDNIKKLTE PCVIGRPCFS NKINNRNHAT IIIDTNYKPV FDRIDNALMR RIAVVRFRTH FSQPSGREAA ENN DAYDKV KLLDEGLDGK IQNNRYRFAF LYLLVKWYKK YHIPIMKLYP TPEEIPDFAF YLKIGTLLVS SSVKHIPLMT DLSK KGYIL YDNVVTLPLT TFQQKISKYF NSRLFGHDIE SFINRHKKFA NVSDEYLQYI FIEDISSP UniProtKB: Uncoating factor OPG117 |
-分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |