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- EMDB-38396: The Cryo-EM structure of MPXV E5 C-terminal in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38396
タイトルThe Cryo-EM structure of MPXV E5 C-terminal in complex with DNA
マップデータ
試料
  • ウイルス: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
    • DNA: DNA (70-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Monkeypox virus E5
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードhelicase / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncoating factor OPG117
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Zhang W / Liu Y / Gao H / Gan J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights into the helicase protein E5 of Mpox virus.
著者: Gan J / Zhang W
履歴
登録2023年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38396.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.081 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.733
最小 - 最大-3.637654 - 8.139911
平均 (標準偏差)-0.0020091012 (±0.15927336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 302.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38396_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38396_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monkeypox virus

全体名称: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
要素
  • ウイルス: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
    • DNA: DNA (70-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Monkeypox virus E5
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Monkeypox virus

超分子名称: Monkeypox virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 10244 / 生物種: Monkeypox virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: DNA (70-MER)

分子名称: DNA (70-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 21.440668 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DT)

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分子 #2: Monkeypox virus E5

分子名称: Monkeypox virus E5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 53.282012 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GNKLFNIAQR ILDTNSVLLT ERGDHIVWIN NSWKFNSEEP LITKLILSIR HQLPKEYSSE LLCPRKRKTV EANIRDMLVD SVETDTYPD KLPFKNGVLD LVDGMFYSGD DAKKYTCTVS TGFKFDDTKF VEDSPEMEEL MNIINDIQPL TDENKKNREL Y EKTLSSCL ...文字列:
GNKLFNIAQR ILDTNSVLLT ERGDHIVWIN NSWKFNSEEP LITKLILSIR HQLPKEYSSE LLCPRKRKTV EANIRDMLVD SVETDTYPD KLPFKNGVLD LVDGMFYSGD DAKKYTCTVS TGFKFDDTKF VEDSPEMEEL MNIINDIQPL TDENKKNREL Y EKTLSSCL CGATKGCLTF FFGETATGKS TTKRLLKSAI GDLFVETGQT ILTDVLDKGP NPFIANMHLK RSVFCSELPD FA CSGSKKI RSDNIKKLTE PCVIGRPCFS NKINNRNHAT IIIDTNYKPV FDRIDNALMR RIAVVRFRTH FSQPSGREAA ENN DAYDKV KLLDEGLDGK IQNNRYRFAF LYLLVKWYKK YHIPIMKLYP TPEEIPDFAF YLKIGTLLVS SSVKHIPLMT DLSK KGYIL YDNVVTLPLT TFQQKISKYF NSRLFGHDIE SFINRHKKFA NVSDEYLQYI FIEDISSP

UniProtKB: Uncoating factor OPG117

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 247898
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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