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万見
- EMDB-38369: Structure of mouse SCMC-14-3-3gama complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38369
タイトルStructure of mouse SCMC-14-3-3gama complex
マップデータ
試料
  • 複合体: mouse SCMC-14-3-3gama complex
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein gamma
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
キーワードComplex / Oocyte subcortical / phosphorylation / 14-3-3 / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


subcortical maternal complex / regulation of localization / endoplasmic reticulum localization / establishment of organelle localization / cortical granule exocytosis / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / ooplasm / spermatogonial cell division / myofibril assembly / cortical granule ...subcortical maternal complex / regulation of localization / endoplasmic reticulum localization / establishment of organelle localization / cortical granule exocytosis / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / ooplasm / spermatogonial cell division / myofibril assembly / cortical granule / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of embryonic development / regulation of establishment of protein localization / establishment of spindle localization / regulation of RNA stability / mitochondrion localization / apical cortex / embryonic pattern specification / fertilization / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of neurogenesis / myofibril / replication fork processing / regulation of cell division / exocytosis / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / stress fiber / positive regulation of neuron differentiation / embryo implantation / actin filament organization / animal organ morphogenesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein stability / platelet aggregation / transcription corepressor activity / protein localization / apical part of cell / regulation of protein localization / cell cortex / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / transcription regulator complex / calcium ion binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain ...KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / Leucine-rich repeat / EF-hand domain pair / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand domain-containing protein / Oocyte-expressed protein homolog / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Chi P / Han Z / Jiao H / Li J / Wang X / Hu H / Deng D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971132 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of mouse SCMC-14-3-3gama complex
著者: Chi P / Han Z / Jiao H / Li J / Wang X / Hu H / Deng D
履歴
登録2023年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38369.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.08889586 - 0.15988073
平均 (標準偏差)-0.000009722351 (±0.00604275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_38369_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38369_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38369_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse SCMC-14-3-3gama complex

全体名称: mouse SCMC-14-3-3gama complex
要素
  • 複合体: mouse SCMC-14-3-3gama complex
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein gamma
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog

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超分子 #1: mouse SCMC-14-3-3gama complex

超分子名称: mouse SCMC-14-3-3gama complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 14-3-3 protein gamma

分子名称: 14-3-3 protein gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.33659 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MVDREQLVQK ARLAEQAERY DDMAAAMKNV TELNEPLSNE ERNLLSVAYK NVVGARRSSW RVISSIEQKT SADGNEKKIE MVRAYREKI EKELEAVCQD VLSLLDNYLI KNCSETQYES KVFYLKMKGD YYRYLAEVAT GEKRATVVES SEKAYSEAHE I SKEHMQPT ...文字列:
MVDREQLVQK ARLAEQAERY DDMAAAMKNV TELNEPLSNE ERNLLSVAYK NVVGARRSSW RVISSIEQKT SADGNEKKIE MVRAYREKI EKELEAVCQD VLSLLDNYLI KNCSETQYES KVFYLKMKGD YYRYLAEVAT GEKRATVVES SEKAYSEAHE I SKEHMQPT HPIRLGLALN YSVFYYEIQN APEQACHLAK TAFDDAIAEL DTLNEDSYKD STLIMQLLRD NLTLWTSDQQ DD DGGEGNN

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

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分子 #2: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 119.819859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGPPEKDSKA ILKARGLEEE QKSESTMSPS ENVSRAILKD SGSEEVEQAS ERKMTSPEND SKSIQKDQGP EQEQTSETLQ SKEEDEVTE ADKDNGGDLQ DYKAHVIAKF DTSVDLHYDS PEMKLLSDAF KPYQKTFQPH TIILHGRPGV GKSALARSIV L GWAQGKLF ...文字列:
MGPPEKDSKA ILKARGLEEE QKSESTMSPS ENVSRAILKD SGSEEVEQAS ERKMTSPEND SKSIQKDQGP EQEQTSETLQ SKEEDEVTE ADKDNGGDLQ DYKAHVIAKF DTSVDLHYDS PEMKLLSDAF KPYQKTFQPH TIILHGRPGV GKSALARSIV L GWAQGKLF QKMSFVIFFS VREIKWTEKS SLAQLIAKEC PDSWDLVTKI MSQPERLLFV IDGLDDMDSV LQHDDMTLSR DW KDEQPIY ILMYSLLRKA LLPQSFLIIT TRNTGLEKLK SMVVSPLYIL VEGLSASRRS QLVLENISNE SDRIQVFHSL IEN HQLFDQ CQAPSVCSLV CEALQLQKKL GKRCTLPCQT LTGLYATLVF HQLTLKRPSQ SALSQEEQIT LVGLCMMAAE GVWT MRSVF YDDDLKNYSL KESEILALFH MNILLQVGHN SEQCYVFSHL SLQDFFAALY YVLEGLEEWN QHFCFIENQR SIMEV KRTD DTRLLGMKRF LFGLMNKDIL KTLEVLFEYP VIPTVEQKLQ HWVSLIAQQV NGTSPMDTLD AFYCLFESQD EEFVGG ALK RFQEVWLLIN QKMDLKVSSY CLKHCQNLKA IRVDIRDLLS VDNTLELCPV VTVQETQCKP LLMEWWGNFC SVLGSLR NL KELDLGDSIL SQRAMKILCL ELRNQSCRIQ KLTFKSAEVV SGLKHLWKLL FSNQNLKYLN LGNTPMKDDD MKLACEAL K HPKCSVETLR LDSCELTIIG YEMISTLLIS TTRLKCLSLA KNRVGVKSMI SLGNALSSSM CLLQKLILDN CGLTPASCH LLVSALFSNQ NLTHLCLSNN SLGTEGVQQL CQFLRNPECA LQRLILNHCN IVDDAYGFLA MRLANNTKLT HLSLTMNPVG DGAMKLLCE ALKEPTCYLQ ELELVDCQLT QNCCEDLACM ITTTKHLKSL DLGNNALGDK GVITLCEGLK QSSSSLRRLG L GACKLTSN CCEALSLAIS CNPHLNSLNL VKNDFSTSGM LKLCSAFQCP VSNLGIIGLW KQEYYARVRR QLEEVEFVKP HV VIDGDWY ASDEDDRNWW KN

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

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分子 #3: Transducin-like enhancer protein 6

分子名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 62.304711 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKS GDEVDAGSGH IFSLAENFFQ AIERFSRTPD LLERNKMSIG VGAEGDSWPC HVSHEAPMGS AQTTENSAKE EDKQVPESA ALQHPKFKST PGPQLPTRRR FL(SEP)ESDELQD PQPVWDAEPQ FCQGFLIQGL WELFMDSRQK NQQEHGG ED ...文字列:
MWSHPQFEKS GDEVDAGSGH IFSLAENFFQ AIERFSRTPD LLERNKMSIG VGAEGDSWPC HVSHEAPMGS AQTTENSAKE EDKQVPESA ALQHPKFKST PGPQLPTRRR FL(SEP)ESDELQD PQPVWDAEPQ FCQGFLIQGL WELFMDSRQK NQQEHGG ED SSQESKDSGL CDFKPEPQPR HRN(SEP)LSDSAD PFLIKSPSAL LDYYQEDVSR PQPETQESSG RADKFLKPLS WGSE VLESS CNQPSTALWQ LERFTVPQAL QKVRVLKHQE LLLVVAVSSF TRHVFTCSQS GIKVWNLVNQ VAEDRDPESH LKCSV QDNK VYLRTCLLSS NSRTLFAGGY NLPGVIVWDL AAPSLYEKCQ LPCEGLSCQA LANTKENMAL AGFTDGTVRI WDLRTQ EIV RNLKGPTNSA RNLVVKDDNI WTGGLDACLR CWDLRMAKVS LEHLFQSQIM SLAHSPTEDW LLLGLANGQH CLFNSRK RD QVLTVDTKDN TILGLKFSPN GKWWASVGMG NFITVHSMPT GAKLFQVPEV GPVRCFDMTE NGRLIITGSR DCASVYHI K Y

UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6

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分子 #4: Oocyte-expressed protein homolog

分子名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.765717 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASHTADADA KPDSDSQKLL NVLPVSLRLR TRPWWFPIQE VSNPLVLYME AWVAERVIGT DQAEISEIEW MCQALLTVDS VNSGNLAEI TIFGQPSAQT RMKNILLNMA AWHKENELQR AVKVKEVEEF LKIRASSILS KLSKKGLKLA GFPLPLEGRE T QMESLEWS HPQFEK

UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.15 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41406
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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