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万見
- EMDB-38333: Cryo-EM map of the E2 inner core component of pyruvate dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38333
タイトルCryo-EM map of the E2 inner core component of pyruvate dehydrogenase complex
マップデータc1
試料
  • 複合体: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex
キーワードPDH / E2 / Dihydrolipoyl transacetylase / PROTEIN BINDING
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.94 Å
データ登録者Kim H / Jeong MS / An MY / Jung HS
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C1009404 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Comparative Analysis of Symmetry Parameters in the E2 Inner Core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex.
著者: Han-Ul Kim / Myeong Seon Jeong / Mi Young An / Yoon Ho Park / Sun Hee Park / Sang J Chung / Yoon-Sun Yi / Sangmi Jun / Young Kwan Kim / Hyun Suk Jung /
要旨: Recent advances in cryo-electron microscopy (cryo-EM) have facilitated the high-resolution structural determination of macromolecular complexes in their native states, providing valuable insights ...Recent advances in cryo-electron microscopy (cryo-EM) have facilitated the high-resolution structural determination of macromolecular complexes in their native states, providing valuable insights into their dynamic behaviors. However, insufficient understanding or experience with the cryo-EM image processing parameters can result in the loss of biological meaning. In this paper, we investigate the dihydrolipoyl acetyltransferase (E2) inner core complex of the pyruvate dehydrogenase complex (PDC) and reconstruct the 3D maps using five different symmetry parameters. The results demonstrate that the reconstructions yield structurally identical 3D models even at a near-atomic structure. This finding underscores a crucial message for researchers engaging in single-particle analysis (SPA) with relatively user-friendly and convenient image processing software. This approach helps reduce the risk of missing critical biological details, such as the dynamic properties of macromolecules.
履歴
登録2023年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38333.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈c1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 550 pix.
= 605. Å		1.1 Å/pix.
x 550 pix.
= 605. Å		1.1 Å/pix.
x 550 pix.
= 605. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.13589615 - 0.39899096
平均 (標準偏差)0.0008327055 (±0.017045656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ550550550
Spacing550550550
セルA=B=C: 605.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: a

ファイルemd_38333_half_map_1.map
注釈a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: b

ファイルemd_38333_half_map_2.map
注釈b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

全体名称: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex
要素
  • 複合体: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

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超分子 #1: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

超分子名称: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Dihydrolipoyl transacetylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 700 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 26.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 18.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69946
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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