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万見
- EMDB-38318: Human Cx36/GJD2 gap junction channel with pore-lining N-terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38318
タイトルHuman Cx36/GJD2 gap junction channel with pore-lining N-terminal helices in porcine brain lipids.
マップデータCryo-EM density map, D6 Symmetry
試料
  • 複合体: Human Cx36/GJD2 gap junction channel in brain lipids
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction delta-2 protein
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードconnexin 36 / Cx36 / gap junction channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / gap junction channel activity / Gap junction assembly / neuronal action potential / visual perception / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction delta-2 protein (Cx36) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction delta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cho HJ / Lee HH
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
Samsung Science and Technology FoundationSSTF-BA2101-13 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Mefloquine-induced conformational shift in Cx36 N-terminal helix leading to channel closure mediated by lipid bilayer.
著者: Hwa-Jin Cho / Dong Kyu Chung / Hyung Ho Lee /
要旨: Connexin 36 (Cx36) forms interneuronal gap junctions, establishing electrical synapses for rapid synaptic transmission. In disease conditions, inhibiting Cx36 gap junction channels (GJCs) is ...Connexin 36 (Cx36) forms interneuronal gap junctions, establishing electrical synapses for rapid synaptic transmission. In disease conditions, inhibiting Cx36 gap junction channels (GJCs) is beneficial, as it prevents abnormal synchronous neuronal firing and apoptotic signal propagation, mitigating seizures and progressive cell death. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human Cx36 GJC in complex with known channel inhibitors, such as mefloquine, arachidonic acid, and 1-hexanol. Notably, these inhibitors competitively bind to the binding pocket of the N-terminal helices (NTH), inducing a conformational shift from the pore-lining NTH (PLN) state to the flexible NTH (FN) state. This leads to the obstruction of the channel pore by flat double-layer densities of lipids. These studies elucidate the molecular mechanisms of how Cx36 GJC can be modulated by inhibitors, providing valuable insights into potential therapeutic applications.
履歴
登録2023年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38318.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map, D6 Symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.43551075 - 0.572268
平均 (標準偏差)0.000043182805 (±0.020517495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 250.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_38318_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_38318_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Cx36/GJD2 gap junction channel in brain lipids

全体名称: Human Cx36/GJD2 gap junction channel in brain lipids
要素
  • 複合体: Human Cx36/GJD2 gap junction channel in brain lipids
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction delta-2 protein
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Human Cx36/GJD2 gap junction channel in brain lipids

超分子名称: Human Cx36/GJD2 gap junction channel in brain lipids
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gap junction delta-2 protein

分子名称: Gap junction delta-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Residues M1-V321: connexin 36 Residues S322-R323: linker Residues D324-K331: affinity tag (FLAG) Following regions are not modeled because of ambiguity of density map: Residues M1-H19, A102-E193, and W277-K331)
コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.37691 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRY STVFLALDRD PPESIGGPGG TGGGGSGGGK REDKKLQNAI VNGVLQNTEN T SKETEPDC ...文字列:
MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRY STVFLALDRD PPESIGGPGG TGGGGSGGGK REDKKLQNAI VNGVLQNTEN T SKETEPDC LEVKELTPHP SGLRTASKSK LRRQEGISRF YIIQVVFRNA LEIGFLVGQY FLYGFSVPGL YECNRYPCIK EV ECYVSRP TEKTVFLVFM FAVSGICVVL NLAELNHLGW RKIKLAVRGA QAKRKSIYEI RNKDLPRVSV PNFGRTQSSD SAY VSRDYK DDDDK

UniProtKB: Gap junction delta-2 protein

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分子 #2: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: MC3
分子量理論値: 677.933 Da
Chemical component information

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7xnh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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