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- EMDB-3825: Three-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3825
タイトルThree-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum
マップデータThree-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum
試料
  • 複合体: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Pagliano C
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Pea PSII-LHCII supercomplexes form pairs by making connections across the stromal gap.
著者: Pascal Albanese / Roberto Melero / Benjamin D Engel / Alessandro Grinzato / Paola Berto / Marcello Manfredi / Angelica Chiodoni / Javier Vargas / Carlos Óscar Sánchez Sorzano / Emilio ...著者: Pascal Albanese / Roberto Melero / Benjamin D Engel / Alessandro Grinzato / Paola Berto / Marcello Manfredi / Angelica Chiodoni / Javier Vargas / Carlos Óscar Sánchez Sorzano / Emilio Marengo / Guido Saracco / Giuseppe Zanotti / Jose-Maria Carazo / Cristina Pagliano /
要旨: In higher plant thylakoids, the heterogeneous distribution of photosynthetic protein complexes is a determinant for the formation of grana, stacks of membrane discs that are densely populated with ...In higher plant thylakoids, the heterogeneous distribution of photosynthetic protein complexes is a determinant for the formation of grana, stacks of membrane discs that are densely populated with Photosystem II (PSII) and its light harvesting complex (LHCII). PSII associates with LHCII to form the PSII-LHCII supercomplex, a crucial component for solar energy conversion. Here, we report a biochemical, structural and functional characterization of pairs of PSII-LHCII supercomplexes, which were isolated under physiologically-relevant cation concentrations. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined the three-dimensional structure of paired CSM PSII-LHCII supercomplexes at 14 Å resolution. The two supercomplexes interact on their stromal sides through a specific overlap between apposing LHCII trimers and via physical connections that span the stromal gap, one of which is likely formed by interactions between the N-terminal loops of two Lhcb4 monomeric LHCII subunits. Fast chlorophyll fluorescence induction analysis showed that paired PSII-LHCII supercomplexes are energetically coupled. Molecular dynamics simulations revealed that additional flexible physical connections may form between the apposing LHCII trimers of paired PSII-LHCII supercomplexes in appressed thylakoid membranes. Our findings provide new insights into how interactions between pairs of PSII-LHCII supercomplexes can link adjacent thylakoids to mediate the stacking of grana membranes.
履歴
登録2017年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月30日-
マップ公開2017年9月6日-
更新2017年9月20日-
現状2017年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3825.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 560. Å		1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 560. Å		1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 560. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0003 / ムービー #1: 0.0003
最小 - 最大-0.0027011025 - 0.022493664
平均 (標準偏差)0.0000822539 (±0.00074280193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 560.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z560.000560.000560.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0030.0220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants

全体名称: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants
要素
  • 複合体: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants

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超分子 #1: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants

超分子名称: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: paired PSII-LHCII supercomplexes connected across the stromal gap
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ) / 株: Palladio nano
分子量理論値: 2.75 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 5.7 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 式: C6H13NO4S / 構成要素 - 名称: MES / 詳細: fresh solution
グリッドモデル: Quantifoil lacey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 4 seconds befoere plunging.
詳細Specimen concentration (mg/mL) is given in terms of Chlorophyll

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6834 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 7.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SCIPION / 使用した粒子像数: 26953
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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