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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3825 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum | |||||||||
マップデータ | Three-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum | |||||||||
試料 |
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生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Pagliano C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Pea PSII-LHCII supercomplexes form pairs by making connections across the stromal gap. 著者: Pascal Albanese / Roberto Melero / Benjamin D Engel / Alessandro Grinzato / Paola Berto / Marcello Manfredi / Angelica Chiodoni / Javier Vargas / Carlos Óscar Sánchez Sorzano / Emilio ...著者: Pascal Albanese / Roberto Melero / Benjamin D Engel / Alessandro Grinzato / Paola Berto / Marcello Manfredi / Angelica Chiodoni / Javier Vargas / Carlos Óscar Sánchez Sorzano / Emilio Marengo / Guido Saracco / Giuseppe Zanotti / Jose-Maria Carazo / Cristina Pagliano / 要旨: In higher plant thylakoids, the heterogeneous distribution of photosynthetic protein complexes is a determinant for the formation of grana, stacks of membrane discs that are densely populated with ...In higher plant thylakoids, the heterogeneous distribution of photosynthetic protein complexes is a determinant for the formation of grana, stacks of membrane discs that are densely populated with Photosystem II (PSII) and its light harvesting complex (LHCII). PSII associates with LHCII to form the PSII-LHCII supercomplex, a crucial component for solar energy conversion. Here, we report a biochemical, structural and functional characterization of pairs of PSII-LHCII supercomplexes, which were isolated under physiologically-relevant cation concentrations. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined the three-dimensional structure of paired CSM PSII-LHCII supercomplexes at 14 Å resolution. The two supercomplexes interact on their stromal sides through a specific overlap between apposing LHCII trimers and via physical connections that span the stromal gap, one of which is likely formed by interactions between the N-terminal loops of two Lhcb4 monomeric LHCII subunits. Fast chlorophyll fluorescence induction analysis showed that paired PSII-LHCII supercomplexes are energetically coupled. Molecular dynamics simulations revealed that additional flexible physical connections may form between the apposing LHCII trimers of paired PSII-LHCII supercomplexes in appressed thylakoid membranes. Our findings provide new insights into how interactions between pairs of PSII-LHCII supercomplexes can link adjacent thylakoids to mediate the stacking of grana membranes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3825.map.gz | 235.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3825-v30.xml emd-3825.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3825_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3825.png | 65.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3825 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3825_validation.pdf.gz | 231.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3825_full_validation.pdf.gz | 230.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3825_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3825 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10198 (タイトル: Paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum Data size: 433.1 / Data #1: 2.outputMicrographs [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Three-dimensional cryo-EM density map of paired C2S2M PSII-LHCII supercomplexes from thylakoid membranes of Pisum sativum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants
全体 | 名称: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants |
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要素 |
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-超分子 #1: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants
超分子 | 名称: paired PSII-LHCII supercomplexes from pea plants / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: paired PSII-LHCII supercomplexes connected across the stromal gap |
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由来(天然) | 生物種: Pisum sativum (エンドウ) / 株: Palladio nano |
分子量 | 理論値: 2.75 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.7 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 式: C6H13NO4S / 構成要素 - 名称: MES / 詳細: fresh solution |
グリッド | モデル: Quantifoil lacey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 4 seconds befoere plunging. |
詳細 | Specimen concentration (mg/mL) is given in terms of Chlorophyll |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6834 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 7.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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