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万見
- EMDB-38223: Structure of Cx43/GJA1 gap junction intercellular channel in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38223
タイトルStructure of Cx43/GJA1 gap junction intercellular channel in complex with diC8-PIP2
マップデータFull map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) in the presence of diC8-PIP2 (16-fold molar excess)
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction alpha-1 protein
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
キーワードCx43 gap junction channel / PIP2 / Cytoplasmic loop / Opening / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / microtubule-based transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / gap junction hemi-channel activity ...gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / microtubule-based transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / gap junction hemi-channel activity / monoatomic ion transmembrane transporter activity / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / gap junction assembly / Regulation of gap junction activity / atrial cardiac muscle cell action potential / glutathione transmembrane transporter activity / cardiac conduction system development / connexin complex / cell-cell contact zone / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / gap junction / Golgi-associated vesicle membrane / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / gap junction channel activity / Gap junction assembly / bone remodeling / export across plasma membrane / glutamate secretion / tight junction / xenobiotic transport / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of stem cell proliferation / maintenance of blood-brain barrier / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / establishment of mitotic spindle orientation / intercalated disc / efflux transmembrane transporter activity / alpha-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tubulin binding / negative regulation of cell growth / bone development / beta-catenin binding / cellular response to amyloid-beta / cell junction / intracellular protein localization / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / monoatomic ion transmembrane transport / spermatogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily ...Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Lee HJ / Cha HJ / Woo JS
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
Other privateSUHF-18010097
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00217798 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PIP2-dependent conformational changes and stabilization of cytoplasmic loop in Cx43/GJA1 gap junction channel
著者: Lee HJ / Cha HJ / Woo JS
履歴
登録2023年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38223.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 480 pix.
= 429.264 Å		0.89 Å/pix.
x 480 pix.
= 429.264 Å		0.89 Å/pix.
x 480 pix.
= 429.264 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8943 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.285
最小 - 最大-0.64864826 - 1.3049563
平均 (標準偏差)0.000051692754 (±0.040040426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 429.26398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_38223_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_38223_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) ...

全体名称: Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) in the presence of diC8-PIP2 (16-fold molar excess)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) in the presence of diC8-PIP2 (16-fold molar excess)
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction alpha-1 protein
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

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超分子 #1: Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) ...

超分子名称: Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) in the presence of diC8-PIP2 (16-fold molar excess)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Human Cx43-M257 gap junction channel in complex with diC8-PIP2 (16-fold molar excess) with pore-lining NTH (PLN) conformation
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gap junction alpha-1 protein

分子名称: Gap junction alpha-1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.291387 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (ACE)GDWSALGKL LDKVQAYSTA GGKVWLSVLF IFRILLLGTA VESAWGDEQS AFRCNTQQPG CENVCYDKSF PISHVR FWV LQIIFVSVPT LLYLAHVFYV MRKEEKLNKK EEELKVAQTD GVNVDMHLKQ IEIKKFKYGI EEHGKVKMRG GLLRTYI IS ...文字列:
(ACE)GDWSALGKL LDKVQAYSTA GGKVWLSVLF IFRILLLGTA VESAWGDEQS AFRCNTQQPG CENVCYDKSF PISHVR FWV LQIIFVSVPT LLYLAHVFYV MRKEEKLNKK EEELKVAQTD GVNVDMHLKQ IEIKKFKYGI EEHGKVKMRG GLLRTYI IS ILFKSIFEVA FLLIQWYIYG FSLSAVYTCK RDPCPHQVDC FLSRPTEKTI FIIFMLVVSL VSLALNIIEL FYVFFKGV K DRVKGKSDPY HATSGALSPA

UniProtKB: Gap junction alpha-1 protein

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分子 #2: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

38221

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4412
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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