[日本語] English
万見
- EMDB-38210: Structure of apo state of the human Norepinephrine Transporter -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38210
タイトルStructure of apo state of the human Norepinephrine Transporter
マップデータ
試料
  • 複合体: NET
    • タンパク質・ペプチド: GFP-MBP-solute carrier family 6 member 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport ...neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport / neurotransmitter transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / response to pain / neuronal cell body membrane / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / beta-tubulin binding / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / sodium ion transmembrane transport / alpha-tubulin binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / neuron cellular homeostasis / presynaptic membrane / actin binding / outer membrane-bounded periplasmic space / chemical synaptic transmission / periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / axon / DNA damage response / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, noradrenaline / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...Sodium:neurotransmitter symporter, noradrenaline / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Sodium-dependent noradrenaline transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Wu JX / Ji WM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371266 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural mechanism of substrate binding and inhibition of the human Norepinephrine Transporter
著者: Ji WM / Wu JX
履歴
登録2023年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38210.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-4.465315 - 7.342905
平均 (標準偏差)-0.00088951027 (±0.12641707)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_38210_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38210_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_38210_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : NET

全体名称: NET
要素
  • 複合体: NET
    • タンパク質・ペプチド: GFP-MBP-solute carrier family 6 member 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: NET

超分子名称: NET / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: GFP-MBP-solute carrier family 6 member 2

分子名称: GFP-MBP-solute carrier family 6 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 138.697016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATIG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGKYKTR AVVKFEGDTL VNRIELKGTD FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN G IKANFTVR ...文字列:
MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATIG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGKYKTR AVVKFEGDTL VNRIELKGTD FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN G IKANFTVR HNVEGSGHHH HHHHHADRKA AVSHWQQSSG LVPRGSGWSH PQFEKGSGDY KDDDDKGSGW SHPQFEKGSG DG SVQLADH YQQNTPIGDG PVLLPDNHYL STQTKLSKDP NEKRDHMVLH EYVNAAGITG SMKIEEGKLV IWINGDKGYN GLA EVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNG KLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF TWPLIAADGG YAFKYENGKY DIKDV GVDN AGAKAGLTFL VDLIKNKHMN ADTDYSIAEA AFNKGETAMT INGPWAWSNI DTSKVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGV LSA GINAASPNKE LAKEFLENYL LTDEGLEAVN KDKPLGAVAL KSYEEELVKD PRIAATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWY AV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTGGLEVLF QGPEFQPRET WGKKIDFLLS VVGFAVDLAN VWRFPYLCYK NGGGAFLI P YTLFLIIAGM PLFYMELALG QYNREGAATV WKICPFFKGV GYAVILIALY VGFYYNVIIA WSLYYLFSSF TLNLPWTDC GHTWNSPNCT DPKLGGVAMP GAEDDVVGYS KYKFTPAAEF YERGVLHLHE SSGIHDIGLP QWQLLLCLMV VVIVLYFSLW KGVKTSGKV VWITATLPYF VLFVLLVHGV TLPGASNGIN AYLHIDFYRL KEATVWIDAA TQIFFSLGAG FGVLIAFASY N KFDNNCYR DALLTSSINC ITSFVSGFAI FSILGYMAHE HKVNIEDVAT EGAGLVFILY PEAISTLSGS TFWAVVFFVM LL ALGLDSS MGGMEAVITG LADDFQVLKR HRKLFTFGVT FSTFLLALFC ITKGGIYVLT LLDTFAAGTS ILFAVLMEAI GVS WFYGVD RFSNDIQQMM GFRPGLYWRL CWKFVSPAFL LFVVVVSIIN FKPLTYDDYI FPPWANWVGW GIALSSMVLV PIYV IYKFL STQGSLWERL AYGITPENEH HLVAQRDIRQ FQLQHWLAI

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Sodium-dependent noradrenaline transporter

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194295
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: P23975
得られたモデル

PDB-8xb4:
Structure of apo state of the human Norepinephrine Transporter

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る