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万見
- EMDB-38191: Portal vertex capsomer of VZV B-capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38191
タイトルPortal vertex capsomer of VZV B-capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Tri2A
    • タンパク質・ペプチド: Tri2B
    • タンパク質・ペプチド: Tri1
キーワードVZV / capsid structure / VIRAL PROTEIN
生物種Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Nan W / Lei C / Xiangxi W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Hlife / 年: 2024
タイトル: Insights into varicella-zoster virus assembly from the B- and C-capsid at near-atomic resolution structures
著者: Cao L / Wang N / Lv Z / Chen W / Chen Z / Song L / Sha X / Wang G / Hu Y / Lian X / Cui G / Fan J / Quan Y / Liu H / Hou H / Wang X
履歴
登録2023年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 310 pix.
= 418.5 Å		1.35 Å/pix.
x 310 pix.
= 418.5 Å		1.35 Å/pix.
x 310 pix.
= 418.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.017551046 - 0.031555217
平均 (標準偏差)0.0010372361 (±0.003302288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 418.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38191_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38191_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaherpesvirus 3

全体名称: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Tri2A
    • タンパク質・ペプチド: Tri2B
    • タンパク質・ペプチド: Tri1

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超分子 #1: Human alphaherpesvirus 3

超分子名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10335 / 生物種: Human alphaherpesvirus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 149.896484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PAGIIPTGNV LSTIEVCAHR CIFDFFKQIR SDDNSLYSAQ FDILLGTYCN TLNFVRFLEL GLSVACICTK FPELAYVRDG VIQFEVQQP MIARDGPHPV DQPVHNYMVK RIHKRSLSAA FAIASEALSL LSNTYVDGTE IDSSLRIRAI QQMARNLRTV L DSFERGTA ...文字列:
PAGIIPTGNV LSTIEVCAHR CIFDFFKQIR SDDNSLYSAQ FDILLGTYCN TLNFVRFLEL GLSVACICTK FPELAYVRDG VIQFEVQQP MIARDGPHPV DQPVHNYMVK RIHKRSLSAA FAIASEALSL LSNTYVDGTE IDSSLRIRAI QQMARNLRTV L DSFERGTA DQLLGVLLEK APPLSLLSPI NKFQPEGHLN RVARAALLSD LKRRVCADMF FMTRHAREPR LISAYLSDMV SC TQPSVMV SRITHTNTRG RQVDGVLVTT ATLKRQLLQG ILQIDDTAAD VPVTVLNGAN LVTALVMGKA VRSLDDVGRH LLD MQEEQL ENARVPADLV IVGDKLVFLE ALERRVYQAT RVAYPLIGNI DITFIMPMGV FQANSMDRYT RHAGDFSTVS EQDP RQFPP QGIFFYNKDG ILTQLTLRDA MGTICHSSLL DVEATLVALR QQHLDRQCYF GVYVAEGTED TLDVQMGRFM ETWAD MMPH HPHWVNEHLT ILQFIAPSNP RLRFELNPAF DFFVAPGDVD LPGPQRPPEA MPTVNATLRI INGNIPVPLC PISFRD CRG TQLGLGRHTM TPATIKAVKD TFEDRAYPTI FYMLEAVIHG NERNFCALLR LLTQCIRGYW EQSHRVAFVN NFHMLMY IT TYLGNGELPE VCINIYRDLL QHVRALRQTI TDFTIQGEGH NGETSEALNN ILTDDTFIAP ILWDCDALIY RDEAARDR L PAIRVSGRNG YQALHFVDMA GHNFQRRDNV LIHGRPVRGD TGQAIPITPH HDREWGILSK IYYYIVIPAF SRGSCCTMG VRYDRLYPAL QAVIVPEIPA DEEAPTTPED PRHPLHAHQL VPNSLNVYFH NAHLTVDGDA LLTLQELMGD MAERTTAILV SSAPDAGAA TATTRNMRIY DGALYHGLIM MAYQAYDETI ATGTFFYPVP VNPLFACPEH LASLRGMTNA RRVLAKMVPP I PPFLGANH HATIRQPVAY HVTHSKSDFN TLTYSLLGGY FKFTPISLTH QLRTGFHPGI AFTVVRQDRF ATEQLLYAER AS ESYFVGQ IQVHHHDAIG GVNFTLTQPR AHVDLGVGYT AVCATAALRC PLTDMGNTAQ NLFFSRGGVP MLHDNVTESL RRI TASGGR LNPTEPLPIF GGLRPATSAG IARGQASVCE FVAMPVSTDL QYFRTACNPR GRASGMLYMG DRDADIEAIM FDHT QSDVA YTDRATLNPW ASQKHSYGDR LYNGTYNLTG ASPIYSPCFK FFTPAEVNTN CNTLDRLLME AKAVASQSST DTEYQ FKRP PGSTEMTQDP CGLFQEAYPP LCSSDAAMLR TAHAGETGAD EVHLAQYLIR DASPLRGCLP L

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分子 #2: major capsid protein

分子名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 144.341406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IPAGIIPTGN VLSTIEVCIF FRFLELGLSV ACICTKFPEL AYVRDGVIQF EVQQPMIARD GPHPVDQPVH NYMVKRIHKR SLSAAFAIA SEALSLLSNT YVDGTEIDSS LRIRAIQQMA RNLRTVSDSF ERGTADQLLG VLLEKAPPLS LLSPINKFQP E GHLNRVAR ...文字列:
IPAGIIPTGN VLSTIEVCIF FRFLELGLSV ACICTKFPEL AYVRDGVIQF EVQQPMIARD GPHPVDQPVH NYMVKRIHKR SLSAAFAIA SEALSLLSNT YVDGTEIDSS LRIRAIQQMA RNLRTVSDSF ERGTADQLLG VLLEKAPPLS LLSPINKFQP E GHLNRVAR AALLSDLKRR VCADMFFMTR HAREPRLISA YLSDMVSCTQ PSVMVSRITH TNTRGRQVDG VLVTTATLKR QL LQGILQI DDTAADVPVT YGEMVLQGTN LVTALVMGKA VRNARVPADL VIVGDKLVFL EALERRVYQA TRVAYPLIGN IDI TFIMPM GVFQANSMDR YTRHAGDFST VSEQDPRQFP PQGIFFYNKD GILTQLTLRD AMGTICHSSL LDVEATLVAL RQQH LDRQC YFGVYVAEGT EDTLDVQMGR FMETWADMMP HHPHWVNEHL TILQFIAPSN PRLRFELNPA FDFFVAPGDV DLPGP QRPP EAMPTVNATL RIINGNIPVP LCPISFRDCR GTQLGLGRHT MTPATIKAVK DTFEDRAYPT IFYMLEAVIH GNERNF CAL LRLLTQCIRG YWEQSHRVAF VNNFHMLMYI TTYLGNGELP EVCINIYRDL LQHVRALRQT ITDFTIQGEG HNGETSE AL NNILTDDTFI APILWDCDAL IYRDEAARDR LPAIRVSGRN GYQALHFVDM AGHNFQRRDN VLIHGRPVRG DTGQAIPI T PHHDREWGIL SKIYYYIVIP AFSRGSCCTM GVRYDRLYPA LQAVIVPEIP ADEEAPTTPE DPRHPLHAHQ LVPNSLNVY FHNAHLTVDG DALLTLQELM GDMAERTTAI LVSSAPDAGA ATATTRNMRI YDGALYHGLI MMAYQAYDET IATGTFFYPV PVNPLFACP EHLASLRGMT NARRVLAKMV PPIPPFLGAN HHATIRQPVA YHVTHSKSDF NTLTYSLLGG YFKFTPISLT H QLRTGFHP GIAFTVVRQD RFATEQLLYA ERASESYFVG QIQVHHHDAI GGVNFTLTQP RAHVDLGVGY TAVCATAALR CP LTDMGNT AQNLFFSRGG VPMLHDNVTE SLRRITASGG RLNPTEPLPI FGGLRPATSA GIARGQASVC EFVAMPVSTD LQY FRTACN PRGRASGMLY MGDRDADIEA IMFDHTQSDV AYTDRATLNP WASQKHSYGD RLYNGTYNLT GASPIYSPCF KFFT PAEVN TNCNTLDRLL MEAKAVASQS STDTEYQFKR PPGSTEMTQD PCGLFQEAYP PLCSSDAAML RTAHAGETGA DEVHL AQYL IRDASPLRGC LPL

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分子 #3: Tri2A

分子名称: Tri2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 32.225578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMPFEIEVLL PGELSPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADSIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVEDL N PDPDLNVL ...文字列:
AMPFEIEVLL PGELSPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADSIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVEDL N PDPDLNVL YYNGARLSLV ADVQQLASDA AIRTLVLNLM FSINEGCLLI LALIPRLLAL GYVNALLQMQ SVTREAAQLI HP EAPMLMR RLPIYETISS WISTSSRLGD TLGTRAILRV CVFDGPSTVH PGDRTAVIQV

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分子 #4: Tri2B

分子名称: Tri2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 33.420516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMPFEIEVLL PGEISPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADEIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVERT A AGRTPGEL ...文字列:
AMPFEIEVLL PGEISPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADEIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVERT A AGRTPGEL PGADVICYNG RRYELETNLQ HRDGSDAAIR TLVLNLMFSI NEGTTLILTL ITRLLVQGAH DGYVNLLIQT AN CVRETGQ PMPRIQDGHR RFPIYEAISS WISTSSRLGD TLGTRAILRV CVFDGPSTVH PGDRTAVIQV

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分子 #5: Tri1

分子名称: Tri1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 38.719105 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAIVI NRMNNIQINP TSIGNPQTIR LPLNNFKSTT QLIQQVSLTD FFRPDIEHA GSTVLILRHP TDLPHLARHR APPGRQTERL AEAWGQLLEA SESGCARAYV TSLSFIAACR AEEYTDKQAA E ANRTAIVS ...文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAIVI NRMNNIQINP TSIGNPQTIR LPLNNFKSTT QLIQQVSLTD FFRPDIEHA GSTVLILRHP TDLPHLARHR APPGRQTERL AEAWGQLLEA SESGCARAYV TSLSFIAACR AEEYTDKQAA E ANRTAIVS AYGCSRMGAR LIRFSECLRA MVQCHVFPHR FISFFGSLLE YTIQDNLCNI TAVAKGPQEA ARTDKTSTRR VT ANIPACV FWDVDKDLHL SADGLKHVFL VFVYTQRRQR EGVRLHLALS QLNEQCFGRG IGFLLGARIC MYAAYTLIGT IPS ESVRYT RRMERFGGYN VPTIWLEGVV WGGTNTWNEC Y

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25531
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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