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万見
- EMDB-38186: portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38186
タイトルportal vertex capsomer of the VZV C-Capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: coiled-coil domain of portal
    • タンパク質・ペプチド: Tri2A
    • タンパク質・ペプチド: Tri2B
    • タンパク質・ペプチド: Tri1
    • タンパク質・ペプチド: CVC1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase
キーワードVZV / capsid structure / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear capsid assembly / viral genome packaging / deNEDDylase activity / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / deubiquitinase activity / viral DNA genome replication / viral penetration into host nucleus / viral capsid ...nuclear capsid assembly / viral genome packaging / deNEDDylase activity / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / deubiquitinase activity / viral DNA genome replication / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Nan W / Lei C / Jiangxi W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Hlife / 年: 2024
タイトル: Insights into varicella-zoster virus assembly from the B- and C-capsid at near-atomic resolution structures
著者: Cao L / Wang N / Lv Z / Chen W / Chen Z / Song L / Sha X / Wang G / Hu Y / Lian X / Cui G / Fan J / Quan Y / Liu H / Hou H / Wang X
履歴
登録2023年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38186.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.016273504 - 0.030610416
平均 (標準偏差)0.0008944923 (±0.003113286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38186_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38186_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaherpesvirus 3

全体名称: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: coiled-coil domain of portal
    • タンパク質・ペプチド: Tri2A
    • タンパク質・ペプチド: Tri2B
    • タンパク質・ペプチド: Tri1
    • タンパク質・ペプチド: CVC1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase

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超分子 #1: Human alphaherpesvirus 3

超分子名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10335 / 生物種: Human alphaherpesvirus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 153.965938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AAAAAATESD RIAGIFNIPA GIIPTGNVLS TIEVCAHRCI FDFFKQIRSD DNSLYSAQFD ILLGTYCNTL NFVRFLELGL SVACICTKF PELAYVRDGV IQFEVQQPMI ARDGPHPVDQ PVHNYMVKRI HKRSLSAAFA IASEALSLLS NTYVDGTEID S SLRIRAIQ ...文字列:
AAAAAATESD RIAGIFNIPA GIIPTGNVLS TIEVCAHRCI FDFFKQIRSD DNSLYSAQFD ILLGTYCNTL NFVRFLELGL SVACICTKF PELAYVRDGV IQFEVQQPMI ARDGPHPVDQ PVHNYMVKRI HKRSLSAAFA IASEALSLLS NTYVDGTEID S SLRIRAIQ QMARNLRTVL DSFERGTADQ LLGVLLEKAP PLSLLSPINK FQPEGHLNRV ARAALLSDLK RRVCADMFFM TR HAREPRL ISAYLSDMVS CTQPSVMVSR ITHTNTRGRQ VDGVLVTTAT LKRQLLQGIL QIDDTAADVP VTYGEMVLNG ANL VTALVM GKAVRSLDDV GRHLLDITDP NTLNIPSIPP QSNSDSTTAG LPVNARVPAD LVIVGDKLVF LEALERRVYQ ATRV AYPLI GNIDITFIMP MGVFQANSMD RYTRHAGDFS TVSEQDPRQF PPQGIFFYNK DGILTQLTLR DAMGTICHSS LLDVE ATLV ALRQQHLDRQ CYFGVYVAEG TEDTLDVQMG RFMETWADMM PHHPHWVNEH LTILQFIAPS NPRLRFELNP AFDFFV APG DVDLPGPQRP PEAMPTVNAT LRIINGNIPV PLCPISFRDC RGTQLGLGRH TMTPATIKAV KDTFEDRAYP TIFYMLE AV IHGNERNFCA LLRLLTQCIR GYWEQSHRVA FVNNFHMLMY ITTYLGNGEL PEVCINIYRD LLQHVRALRQ TITDFTIQ G EGHNGETSEA LNNILTDDTF IAPILWDCDA LIYRDEAARD RLPAIRVSGR NGYQALHFVD MAGHNFQRRD NVLIHGRPV RGDTGQAIPI TPHHDREWGI LSKIYYYIVI PAFSRGSCCT MGVRYDRLYP ALQAVIVPEI PADEEAPTTP EDPRHPLHAH QLVPNSLNV YFHNAHLTVD GDALLTLQEL MGDMAERTTA ILVSSAPDAG AATATTRNMR IYDGALYHGL IMMAYQAYDE T IATGTFFY PVPVNPLFAC PEHLASLRGM TNARRVLAKM VPPIPPFLGA NHHATIRQPV AYHVTHSKSD FNTLTYSLLG GY FKFTPIS LTHQLRTGFH PGIAFTVVRQ DRFATEQLLY AERASESYFV GQIQVHHHDA IGGVNFTLTQ PRAHVDLGVG YTA VCATAA LRCPLTDMGN TAQNLFFSRG GVPMLHDNVT ESLRRITASG GRLNPTEPLP IFGGLRPATS AGIARGQASV CEFV AMPVS TDLQYFRTAC NPRGRASGML YMGDRDADIE AIMFDHTQSD VAYTDRATLN PWASQKHSYG DRLYNGTYNL TGASP IYSP CFKFFTPAEV NTNCNTLDRL LMEAKAVASQ SSTDTEYQFK RPPGSTEMTQ DPCGLFQEAY PPLCSSDAAM LRTAHA GET GADEVHLAQY LIRDASPLRG CLPL

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: coiled-coil domain of portal

分子名称: coiled-coil domain of portal / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 7.42214 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #3: Tri2A

分子名称: Tri2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 32.225578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMPFEIEVLL PGELSPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADSIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVEDL N PDPDLNVL ...文字列:
AMPFEIEVLL PGELSPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADSIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVEDL N PDPDLNVL YYNGARLSLV ADVQQLASDA AIRTLVLNLM FSINEGCLLI LALIPRLLAL GYVNALLQMQ SVTREAAQLI HP EAPMLMR RLPIYETISS WISTSSRLGD TLGTRAILRV CVFDGPSTVH PGDRTAVIQV

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分子 #4: Tri2B

分子名称: Tri2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 33.420516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMPFEIEVLL PGEISPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADEIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVERT A AGRTPGEL ...文字列:
AMPFEIEVLL PGEISPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADEIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVERT A AGRTPGEL PGADVICYNG RRYELETNLQ HRDGSDAAIR TLVLNLMFSI NEGTTLILTL ITRLLVQGAH DGYVNLLIQT AN CVRETGQ PMPRIQDGHR RFPIYEAISS WISTSSRLGD TLGTRAILRV CVFDGPSTVH PGDRTAVIQV

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分子 #5: Tri1

分子名称: Tri1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 32.583186 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTQLIQQVSL TDFFRPDIEH AGSTVLILRH PTDLPHLARH RAPPGRQTER LAEAWGQLLE ASESGCARAY VTSLSFIAAC RAEEYTDKQ AAEANRTAIV SAYGCSRMGA RLIRFSECLR AMVQCHVFPH RFISFFGSLL EYTIQDNLCN ITAVAKGPQE A ARTDKTST ...文字列:
TTQLIQQVSL TDFFRPDIEH AGSTVLILRH PTDLPHLARH RAPPGRQTER LAEAWGQLLE ASESGCARAY VTSLSFIAAC RAEEYTDKQ AAEANRTAIV SAYGCSRMGA RLIRFSECLR AMVQCHVFPH RFISFFGSLL EYTIQDNLCN ITAVAKGPQE A ARTDKTST RRVTANIPAC VFWDVDKDLH LSADGLKHVF LVFVYTQRRQ REGVRLHLAL SQLNEQCFGR GIGFLLGARI CM YAAYTLI GTIPSESVRY TRRMERFGGY NVPTIWLEGV VWGGTNTWNE CY

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分子 #6: CVC1

分子名称: CVC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 59.751445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNAHLANEVQ YDLGHPSSLV HVIISSECLA AAGIPLAALM RANFQVEIQT RAHATGDCTP WCTAFAAYVP ADAVGELLAP VVPAHPGLL PRASSAGGLF VSLPVVCDAQ GVYDPYAVAA LRLAWGSGAS CARVILFSYD ELVPPNTRYA ADSTRIMRVC R HLCRYVAL ...文字列:
MNAHLANEVQ YDLGHPSSLV HVIISSECLA AAGIPLAALM RANFQVEIQT RAHATGDCTP WCTAFAAYVP ADAVGELLAP VVPAHPGLL PRASSAGGLF VSLPVVCDAQ GVYDPYAVAA LRLAWGSGAS CARVILFSYD ELVPPNTRYA ADSTRIMRVC R HLCRYVAL LGAAAPPAAK EAAAHLSMGL PPISPEEQLT APGGDTTAAQ DVSIAQENEE ILALVQRRSL VEWLDRGWEA LA GGDRPDW LWSRRSISVV LRHHYGTKQR FVVVSYENSV AWGGRRARPP LLSSALATAL TEACAAERVV RPHQLSPAGQ AEL LLRFPA LEVPLRHPRP VLPPFDIAAE VAFTARIHLA CLRALGQAIR AALQGGPRIS QRLRYDFGPD QRAWLGEVTR RFPI LLENL MRAVEGTAPD AFFHTAYALA VLAHLGGRVV PLGDDLPARF ADSDGHYVFD YYSTSGDTLR LNNRPIAVAM DEQSK CRFM EAPRRVCEQY LPGESYAYLC LGFNRRLCGI VVFPGGFAFT INIAAYLSLS DPVARAAVLR FCRKVS

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分子 #7: Capsid vertex component 2

分子名称: Capsid vertex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 10.890343 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDPYCPFDAL DVWEHRRFIV ADSRNFITPE FPRDFWMSPV FNLPRETAAE QVVVLQAQRT AAAAALENAA MQAAELPVDI ERRLRPIER NVHEI

UniProtKB: Capsid vertex component 2

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分子 #8: Large tegument protein deneddylase

分子名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 5.50051 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QRTGRSALAV LIRACYRLQQ QLQRTRRALL HHSDAVLTSL HHVRMLL

UniProtKB: Large tegument protein deneddylase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28556
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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