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- EMDB-38170: Cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38170
タイトルCryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2
マップデータ
試料
  • 複合体: Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2
    • 複合体: The Fab of h1A6.2
    • ウイルス: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
キーワードCryo-EM / coxsackievirus A16 / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus (ネズミ) / Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Jiang Y / Huang Y / Zhu R / Zheng Q / Li S / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Broadly therapeutic antibody provides cross-serotype protection against enteroviruses via Fc effector functions and by mimicking SCARB2.
著者: Rui Zhu / Yuanyuan Wu / Yang Huang / Yanan Jiang / Yichao Jiang / Dongqing Zhang / Hui Sun / Zhenhong Zhou / Lizhi Zhou / Shihan Weng / Hao Chen / Xiaoqing Chen / Wenjing Ning / Yuxiang Zou / ...著者: Rui Zhu / Yuanyuan Wu / Yang Huang / Yanan Jiang / Yichao Jiang / Dongqing Zhang / Hui Sun / Zhenhong Zhou / Lizhi Zhou / Shihan Weng / Hao Chen / Xiaoqing Chen / Wenjing Ning / Yuxiang Zou / Maozhou He / Hongwei Yang / Weixi Deng / Yu Li / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Zhichao Yin / Huan Zhao / Che Liu / Yuqiong Que / Mujin Fang / Hai Yu / Jun Zhang / Wenxin Luo / Shaowei Li / Qingbing Zheng / Longfa Xu / Ningshao Xia / Tong Cheng /
要旨: Enteroviruses contain multiple serotypes and can cause severe neurological complications. The intricate life cycle of enteroviruses involving dynamic virus-receptor interaction hampers the ...Enteroviruses contain multiple serotypes and can cause severe neurological complications. The intricate life cycle of enteroviruses involving dynamic virus-receptor interaction hampers the development of broad therapeutics and vaccines. Here, using function-based screening, we identify a broadly therapeutic antibody h1A6.2 that potently protects mice in lethal models of infection with both enterovirus A71 and coxsackievirus A16 through multiple mechanisms, including inhibition of the virion-SCARB2 interactions and monocyte/macrophage-dependent Fc effector functions. h1A6.2 mitigates inflammation and improves intramuscular mechanics, which are associated with diminished innate immune signalling and preserved tissue repair. Moreover, cryogenic electron microscopy structures delineate an adaptive binding of h1A6.2 to the flexible and dynamic nature of the VP2 EF loop with a binding angle mimicking the SCARB2 receptor. The coordinated binding mode results in efficient binding of h1A6.2 to all viral particle types and facilitates broad neutralization of enterovirus, therefore informing a promising target for the structure-guided design of pan-enterovirus vaccine.
履歴
登録2023年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38170.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38170.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 560 pix.
= 627.2 Å		1.12 Å/pix.
x 560 pix.
= 627.2 Å		1.12 Å/pix.
x 560 pix.
= 627.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-18.290130000000001 - 35.877678000000003
平均 (標準偏差)-0.01666676 (±1.6575271)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 627.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38170_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38170_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2

全体名称: Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2
要素
  • 複合体: Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2
    • 複合体: The Fab of h1A6.2
    • ウイルス: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3

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超分子 #1: Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2

超分子名称: Coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab h1A6.2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #3: The Fab of h1A6.2

超分子名称: The Fab of h1A6.2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)

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超分子 #2: Coxsackievirus A16

超分子名称: Coxsackievirus A16 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 31704 / 生物種: Coxsackievirus A16 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.106352 KDa
配列文字列: GDPIADMIDQ TVNNQVNRSL TALQVLPTAA NTEASSHRLG TGVVPALQAA ETGASSNASD KNLIETRCVL NHHSTQETAI GNFFSRAGL VSIITMPTTD TQNTDGYVNW DIDLMGYAQL RRKCELFTYM RFDAEFTFVV AKPNGVLVPQ LLQYMYVPPG A PKPTSRDS ...文字列:
GDPIADMIDQ TVNNQVNRSL TALQVLPTAA NTEASSHRLG TGVVPALQAA ETGASSNASD KNLIETRCVL NHHSTQETAI GNFFSRAGL VSIITMPTTD TQNTDGYVNW DIDLMGYAQL RRKCELFTYM RFDAEFTFVV AKPNGVLVPQ LLQYMYVPPG A PKPTSRDS FAWQTATNPS VFVKMTDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHLQAN DLDYGQCPNN MMGTFSIRTV GT EKSPHSI TLRVYMRIKH VRAWIPRPLR NQPYLFKTNP NYKGNDIKCT STSRDKITTL

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 27.557104 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IVIAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFFTLDTKS WAKDSKGWYW KFPDVLTEV GVFGQNAQFH YLYRSGFCVH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVLGTIAGGT GNENSHPPYA TTQPGQVGAV L THPYVLDA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IVIAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFFTLDTKS WAKDSKGWYW KFPDVLTEV GVFGQNAQFH YLYRSGFCVH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVLGTIAGGT GNENSHPPYA TTQPGQVGAV L THPYVLDA GIPLSQLTVC PHQWINLRTN NCATIIVPYM NTVPFDSALN HCNFGLLVIP VVPLDFNAGA TSEIPITVTI AP MCAEFAG LRQAVKQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.654295 KDa
配列文字列: GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV HNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GNVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列:
GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV HNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GNVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV VPWISNTHYR AHARAGYFDY YTTGIITIWY QTNYVVPIGA PTTAYIVALA AAQDNFTMKL CKDTEDIEQT AN IQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32746
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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