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万見- EMDB-3814: TORC1 Organised in Inhibited Domains (TOROIDs) regulate TORC1 activity -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3814 | |||||||||||||||
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タイトル | TORC1 Organised in Inhibited Domains (TOROIDs) regulate TORC1 activity | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Prouteau M / Desfosses A / Sieben C / Bourgoint C / Mozaffri NL / Demurtas D / Mitra AK / Guichard P / Manley S / Loewith R | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: TORC1 organized in inhibited domains (TOROIDs) regulate TORC1 activity. 著者: Manoël Prouteau / Ambroise Desfosses / Christian Sieben / Clélia Bourgoint / Nour Lydia Mozaffari / Davide Demurtas / Alok K Mitra / Paul Guichard / Suliana Manley / Robbie Loewith / 要旨: The target of rapamycin (TOR) is a eukaryotic serine/threonine protein kinase that functions in two distinct complexes, TORC1 and TORC2, to regulate growth and metabolism. GTPases, responding to ...The target of rapamycin (TOR) is a eukaryotic serine/threonine protein kinase that functions in two distinct complexes, TORC1 and TORC2, to regulate growth and metabolism. GTPases, responding to signals generated by abiotic stressors, nutrients, and, in metazoans, growth factors, play an important but poorly understood role in TORC1 regulation. Here we report that, in budding yeast, glucose withdrawal (which leads to an acute loss of TORC1 kinase activity) triggers a similarly rapid Rag GTPase-dependent redistribution of TORC1 from being semi-uniform around the vacuolar membrane to a single, vacuole-associated cylindrical structure visible by super-resolution optical microscopy. Three-dimensional reconstructions of cryo-electron micrograph images of these purified cylinders demonstrate that TORC1 oligomerizes into a higher-level hollow helical assembly, which we name a TOROID (TORC1 organized in inhibited domain). Fitting of the recently described mammalian TORC1 structure into our helical map reveals that oligomerization leads to steric occlusion of the active site. Guided by the implications from our reconstruction, we present a TOR1 allele that prevents both TOROID formation and TORC1 inactivation in response to glucose withdrawal, demonstrating that oligomerization is necessary for TORC1 inactivation. Our results reveal a novel mechanism by which Rag GTPases regulate TORC1 activity and suggest that the reversible assembly and/or disassembly of higher-level structures may be an underappreciated mechanism for the regulation of protein kinases. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3814.map.gz | 9.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3814-v30.xml emd-3814.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3814.png | 243.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3814 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3814_validation.pdf.gz | 234.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3814_full_validation.pdf.gz | 233.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3814_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3814 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Helical assembly of yeast Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1)
全体 | 名称: Helical assembly of yeast Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical assembly of yeast Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1)
超分子 | 名称: Helical assembly of yeast Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |