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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38123 | |||||||||
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タイトル | local refinement of MCM_ATP_dsDNA | |||||||||
マップデータ | local refinement of MCM_ATP_dsDNA | |||||||||
試料 |
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キーワード | Helicase (ヘリカーゼ) / Replication (DNA複製) / HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma J / Yi G / Ye M / MacGregor-Chatwin C / Sheng Y / Lu Y / Li M / Gilbert RJC / Zhang P | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: MCM in complex with dsDNA in presence of ATP 著者: Jianbing M / Gangshun Y / Mingda Y / Craig MGC / Yuewen S / Ying L / Ming L / Gilbert RJC / Peijun Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38123.map.gz | 11.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38123-v30.xml emd-38123.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38123.png | 79.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38123.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_38123_half_map_1.map.gz emd_38123_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38123 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38123 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38123.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | local refinement of MCM_ATP_dsDNA | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A of local refinement of MCM ATP dsDNA
ファイル | emd_38123_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A of local refinement of MCM_ATP_dsDNA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B of local refinement of MCM ATP dsDNA
ファイル | emd_38123_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B of local refinement of MCM_ATP_dsDNA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MCM homohexamer in complex with dsDNA in presence of ATP
全体 | 名称: MCM homohexamer in complex with dsDNA in presence of ATP |
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要素 |
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-超分子 #1: MCM homohexamer in complex with dsDNA in presence of ATP
超分子 | 名称: MCM homohexamer in complex with dsDNA in presence of ATP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Generated using ab-initio reconstruction routine in cryoSPARC |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126808 |