+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3811 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Tomogram of e.coli carrying the ple7 plasmid carrying YFP-MreB induced with 20 uM IPTG | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 | |||||||||
![]() | Swulius MT / Jensen GJ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The helical MreB cytoskeleton in Escherichia coli MC1000/pLE7 is an artifact of the N-Terminal yellow fluorescent protein tag. 著者: Matthew T Swulius / Grant J Jensen / ![]() 要旨: Based on fluorescence microscopy, the actin homolog MreB has been thought to form extended helices surrounding the cytoplasm of rod-shaped bacterial cells. The presence of these and other putative ...Based on fluorescence microscopy, the actin homolog MreB has been thought to form extended helices surrounding the cytoplasm of rod-shaped bacterial cells. The presence of these and other putative helices has come to dominate models of bacterial cell shape regulation, chromosome segregation, polarity, and motility. Here we use electron cryotomography to show that MreB does in fact form extended helices and filaments in Escherichia coli when yellow fluorescent protein (YFP) is fused to its N terminus but native (untagged) MreB expressed to the same levels does not. In contrast, mCherry fused to an internal loop (MreB-RFP(SW)) does not induce helices. The helices are therefore an artifact of the placement of the fluorescent protein tag. YFP-MreB helices were also clearly distinguishable from the punctate, "patchy" localization patterns of MreB-RFP(SW), even by standard light microscopy. The many interpretations in the literature of such punctate patterns as helices should therefore be reconsidered. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 346.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 133.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 464.8 MB 446.4 MB 317 MB 316.3 MB 310.8 MB 465 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3810C ![]() 3812C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 6.6 Data #1: Tilt-series for e. coli carrying the ple7 plasmid carrying YFP-MreB induced with 20 uM IPTG [tilt series]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 9.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_3811_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_3811_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_3811_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #4
ファイル | emd_3811_additional_4.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #5
ファイル | emd_3811_additional_5.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #6
ファイル | emd_3811_additional_6.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Escherichia Coli
全体 | 名称: ![]() ![]() |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Escherichia Coli
超分子 | 名称: Escherichia Coli / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: Helical Mre B Cytoskeleton
超分子 | 名称: Helical Mre B Cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
---|---|
試料の集合状態 | cell |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 ug/ml / 構成要素 - 式: C16H19N3O4S / 構成要素 - 名称: Ampicillin 詳細: MC1000, McC1000/pLE6, and MC1000/pLE7 were grown in LB at 37C with 50ug/ml ampicillin when appropriate. |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 最高: 123.15 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: FEI |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 1016 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1016 pixel / 平均電子線量: 0.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: ![]() ソフトウェア - 詳細: Tomograms were reconstructed and modelled 使用した粒子像数: 501 |
---|