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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | BA.2.86 Spike Trimer with T356K mutation (3 RBD down) | |||||||||
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![]() | Trimer / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
![]() | Yue C / Liu P | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Spike N354 glycosylation augments SARS-CoV-2 fitness for human adaptation through structural plasticity 著者: Liu P / Yue C / Meng B / Xiao T / Yang S / Liu S / Jian F / Zhu Q / Yu Y / Ren Y / Wang P / Li Y / Wang J / Mao X / Shao F / Wang Y / Gupta RK / Cao Y / Wang X | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 960.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 959.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8x55MC ![]() 8whsC ![]() 8whuC ![]() 8whvC ![]() 8whwC ![]() 8whzC ![]() 8x4hC ![]() 8x4zC ![]() 8x50C ![]() 8x56C ![]() 8x5qC ![]() 8x5rC ![]() 8xurC ![]() 8xusC ![]() 8xutC ![]() 8xuuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38063_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38063_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Omicron/BA.2.86 |
分子量 | 理論値: 134.069234 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ATMFVFLVLL PLVSSQCVMP LFNLITTTQS YTNSFTRGVY YPDKVFRSSV LHLTQDLFLP FFSNVTWFHA ISGTNGTKRF DNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVFI KVCEFQFCND PFLDVYHKNN KSWMESESGV Y SSANNCTF ...文字列: ATMFVFLVLL PLVSSQCVMP LFNLITTTQS YTNSFTRGVY YPDKVFRSSV LHLTQDLFLP FFSNVTWFHA ISGTNGTKRF DNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVFI KVCEFQFCND PFLDVYHKNN KSWMESESGV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PIIGRDFPQG FSALEPLVDL PIGINITRFQ TL LALNRSY LTPGDSSSGW TAGAADYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSNF RVQ PTESIV RFPNVTNLCP FHEVFNATRF ASVYAWNRKR ISNCVADYSV LYNFAPFFAF KCYGVSPTKL NDLCFTNVYA DSFV IKGNE VSQIAPGQTG NIADYNYKLP DDFTGCVIAW NSNKLDSKHS GNYDYWYRLF RKSKLKPFER DISTEIYQAG NKPCK GKGP NCYFPLQSYG FRPTYGVGHQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL TGTGVLTKSN KKFLPF QQF GRDIVDTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVSVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNV FQ TRAGCLIGAE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSRRAA ASVASQSIIA YTMSLGAENS VAYSNNSIAI PTNFTISV T TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKYFGGFNF SQILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDEMIAQ YTSALLAGTI TSGWTFGAG PALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLFST PSALGKLQDV VNHNAQALNT L VKQLSSKF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DF CGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFV SGNCDV VIGIVNNTVY DPLQLELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQE LGKYE Q UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 30 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96376 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |