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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37843 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of noradrenaline transporter in complex with noradrenaline | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | protein structure / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport ...neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport / neurotransmitter transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / response to pain / neuronal cell body membrane / beta-tubulin binding / alpha-tubulin binding / sodium ion transmembrane transport / neuron cellular homeostasis / presynaptic membrane / actin binding / chemical synaptic transmission / response to xenobiotic stimulus / axon / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao Y / Hu T / Yu Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Transport and inhibition mechanisms of the human noradrenaline transporter. 著者: Hu T / Yu Z / Zhao J / Meng Y / Salomon K / Bai Q / Wei Y / Zhang J / Xu S / Dai Q / Yu R / Yang B / Loland CJ / Zhao Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37843.map.gz | 97.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37843-v30.xml emd-37843.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37843.png | 74.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37843.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_37843_half_map_1.map.gz emd_37843_half_map_2.map.gz | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37843 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37843_validation.pdf.gz | 1004.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37843_full_validation.pdf.gz | 1004.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37843_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37843_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37843 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37843_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37843_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : structure of a protein
全体 | 名称: structure of a protein |
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要素 |
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-超分子 #1: structure of a protein
超分子 | 名称: structure of a protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 63.8 kDa/nm |
-分子 #1: Sodium-dependent noradrenaline transporter
分子 | 名称: Sodium-dependent noradrenaline transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 63.801109 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DAQPRETWGK KIDFLLSVVG FAVDLANVWR FPYLCYKNGG GAFLIPYTLF LIIAGMPLFY MELALGQYNR EGAATVWKIC PFFKGVGYA VILIALYVGF YYNVIIAWSL YYLFSSFTLN LPWTDCGHTW NSPNCTDPKL LNGSVLGNHT KYSKYKFTPA A EFYERGVL ...文字列: DAQPRETWGK KIDFLLSVVG FAVDLANVWR FPYLCYKNGG GAFLIPYTLF LIIAGMPLFY MELALGQYNR EGAATVWKIC PFFKGVGYA VILIALYVGF YYNVIIAWSL YYLFSSFTLN LPWTDCGHTW NSPNCTDPKL LNGSVLGNHT KYSKYKFTPA A EFYERGVL HLHESSGIHD IGLPQWQLLL CLMVVVIVLY FSLWKGVKTS GKVVWITATL PYFVLFVLLV HGVTLPGASN GI NAYLHID FYRLKEATVW IDAATQIFFS LGAGFGVLIA FASYNKFDNN CYRDALLTSS INCITSFVSG FAIFSILGYM AHE HKVNIE DVATEGAGLV FILYPEAIST LSGSTFWAVV FFVMLLALGL DSSMGGMEAV ITGLADDFQV LKRHRKLFTF GVTF STFLL ALFCITKGGI YVLTLLDTFA AGTSILFAVL MEAIGVSWFY GVDRFSNDIQ QMMGFRPGLY WRLCWKFVSP AFLLF VVVV SIINFKPLTY DDYIFPPWAN WVGWGIALSS MVLVPIYVIY KFLSTQGSLW ERLAYGITPE NEHHLVAQRD IRQFQL QHW LAI UniProtKB: Sodium-dependent noradrenaline transporter |
-分子 #2: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #3: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #4: Noradrenaline
分子 | 名称: Noradrenaline / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: E5E |
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分子量 | 理論値: 170.186 Da |
Chemical component information | ChemComp-E5E: |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 361801 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |