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- EMDB-37756: Cryo-EM structure of bsAb3 Fab-Gn-Gc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37756
タイトルCryo-EM structure of bsAb3 Fab-Gn-Gc complex
マップデータ
試料
  • 複合体: the structure of bsAb3_Gn_Gc complex
    • 複合体: Gn_Gc
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: bsAb3 Fab-heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: bsAb3 Fab-light chain
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dabie bandavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Wu Y / Sun JQ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32090014 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82022042 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Bispecific antibodies targeting two glycoproteins on SFTSV exhibit synergistic neutralization and protection in a mouse model.
著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao ...著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao / Jianxun Qi / Zhihai Chen / Feng Gao / Yan Wu /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral therapy has been approved for clinical use. To develop an effective treatment, we isolated a panel of human monoclonal antibodies (mAbs). SF5 and SF83 are two neutralizing mAbs that recognize two viral glycoproteins (Gn and Gc), respectively. We found that their epitopes are closely located, and we then engineered them as several bispecific antibodies (bsAbs). Neutralization and animal experiments indicated that bsAbs display more potent protective effects than the parental mAbs, and the cryoelectron microscopy structure of a bsAb3 Fab-Gn-Gc complex elucidated the mechanism of protection. In vivo virus passage in the presence of antibodies indicated that two bsAbs resulted in less selective pressure and could efficiently bind to all single parental mAb-escape mutants. Furthermore, epitope analysis of the protective mAbs against SFTSV and RVFV indicated that they are all located on the Gn subdomain I, where may be the hot spots in the phleboviruses. Collectively, these data provide potential therapeutic agents and molecular basis for the rational design of vaccines against SFTSV infection.
履歴
登録2023年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.0018139291 - 2.1652436
平均 (標準偏差)0.0007554047 (±0.018431028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 303.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the structure of bsAb3_Gn_Gc complex

全体名称: the structure of bsAb3_Gn_Gc complex
要素
  • 複合体: the structure of bsAb3_Gn_Gc complex
    • 複合体: Gn_Gc
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: bsAb3 Fab-heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: bsAb3 Fab-light chain

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超分子 #1: the structure of bsAb3_Gn_Gc complex

超分子名称: the structure of bsAb3_Gn_Gc complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Gn_Gc

超分子名称: Gn_Gc / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Dabie bandavirus (ウイルス)

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超分子 #3: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycoprotein C

分子名称: Glycoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dabie bandavirus (ウイルス)
分子量理論値: 47.204645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CDEMVHADSK LVSCRQGSGN MKECVTTGRA LLPAVNPGQE ACLHFTAPGS PDSKCLKIKV KRINLKCKKS SSYFVPDARS RCTSVRRCR WAGDCQSGCP PHFTSNSFSD DWAGKMDRAG LGFSGCSDGC GGAACGCFNA APSCIFWRKW VENPHGIIWK V SPCVAWVP ...文字列:
CDEMVHADSK LVSCRQGSGN MKECVTTGRA LLPAVNPGQE ACLHFTAPGS PDSKCLKIKV KRINLKCKKS SSYFVPDARS RCTSVRRCR WAGDCQSGCP PHFTSNSFSD DWAGKMDRAG LGFSGCSDGC GGAACGCFNA APSCIFWRKW VENPHGIIWK V SPCVAWVP SAVIELTMPS GEVRTFHPMS GIPTQVFKGV SVTYLGSDME VSGLTDLCEI EELKSKKLAL APCNQAGMGV VG KVGEIQC SSEESARTIK KDGCIWNADL VGIELRVDDA VCYSKITSVE AVANYSAIPT TIGGLRFERS HDSQGKISGS PLD ITAIRG SFSVNYRGLR LSLSEITATC TGEVTNVSGC YSCMTGAKVS IKLHSSKNST AHVRCKGDET AFSVLEGVHS YTVS LSFDH AVVDEQCQLN CGGHESQVTL KGNLIFLDHH HHHH

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #2: bsAb3 Fab-heavy chain

分子名称: bsAb3 Fab-heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.968289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS NAWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKSKTDGGTT DYAAPVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT TDFISAGPWY FDLWGRGTLV TVSSGGGGSG GGGSQVQLVQ SGGGVVKTGR SQRVSCATSG F TFSSYAIH ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS NAWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKSKTDGGTT DYAAPVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT TDFISAGPWY FDLWGRGTLV TVSSGGGGSG GGGSQVQLVQ SGGGVVKTGR SQRVSCATSG F TFSSYAIH WVRQAPGKGL EWVAVISYDG SNKYYADSVK GRFTISRDSS KNTVYLQMNS LRTEDTAVYY CARSQASWQA FD YWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSV VTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD K

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分子 #3: bsAb3 Fab-light chain

分子名称: bsAb3 Fab-light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.276727 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSELTQDPAV SVALGQTVRI TCQGDSLRSY YASWYQQKPG QAPVLVIYGK NNRPSGIPDR FSGSSSGNTA SLTITGAQAE DEADYYCNS RDSSGNHVVF GGGTKLTVLG GGGSGGGGSD IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQGVGT DLAWYQQKPG K APNRLIFA ...文字列:
SSELTQDPAV SVALGQTVRI TCQGDSLRSY YASWYQQKPG QAPVLVIYGK NNRPSGIPDR FSGSSSGNTA SLTITGAQAE DEADYYCNS RDSSGNHVVF GGGTKLTVLG GGGSGGGGSD IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQGVGT DLAWYQQKPG K APNRLIFA ASNLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCLH HNSFPLAFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SD EQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLS SPVTKS FNRGECS

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分子 #4: Glycoprotein N

分子名称: Glycoprotein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dabie bandavirus (ウイルス)
分子量理論値: 35.780461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DGIQDSGPII CAGPIHSNKS ADIPHLLGYS EKICQIDRLI HVSSWLRNHS QFQGYVGQRG GRSQVSYYPA ENSYSRWSGL LSPCDADWL GMLVVKKAKG SDMIVPGPSY KGKVFFERPT FDGYVGWGCG SGKSRTESGE LCSSDSGTSS GLLPSDRVLW I GDVACQPM ...文字列:
DGIQDSGPII CAGPIHSNKS ADIPHLLGYS EKICQIDRLI HVSSWLRNHS QFQGYVGQRG GRSQVSYYPA ENSYSRWSGL LSPCDADWL GMLVVKKAKG SDMIVPGPSY KGKVFFERPT FDGYVGWGCG SGKSRTESGE LCSSDSGTSS GLLPSDRVLW I GDVACQPM TPIPEETFLE LKSFSQSEFP DICKIDGIVF NQCEGESLPQ PFDVAWMDVG HSHKIIMREH KTKWVQESSS KD FVCYKEG TGPCSESEEK TCKTSGSCRG DMQFCKVAGC EHGEEASEAK CRCSLVHKPG EVVVSYGGMR VRPKCYGFSR MMA TLEVN

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 158475
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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