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万見
- EMDB-37744: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37744
タイトルcryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1)
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: NEDD8
    • タンパク質・ペプチド: Protein fem-1 homolog B
  • リガンド: ZINC ION
キーワードE3 ubiquitin ligase / Pro/C-degron / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ubiquitin-protein transferase activity / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / branching involved in prostate gland morphogenesis / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage checkpoint / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway ...regulation of ubiquitin-protein transferase activity / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / branching involved in prostate gland morphogenesis / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage checkpoint / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / regulation of proteolysis / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / elongin complex / VCB complex / positive regulation of protein autoubiquitination / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein neddylation / death receptor binding / NEDD8 ligase activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of response to oxidative stress / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / protein monoubiquitination / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cullin family protein binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / anatomical structure morphogenesis / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / protein K48-linked ubiquitination / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of TORC1 signaling / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / Regulation of BACH1 activity / transcription corepressor binding / T cell activation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Degradation of DVL / cellular response to amino acid stimulus / Iron uptake and transport / transcription elongation by RNA polymerase II / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein modification process / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / Dual incision in TC-NER / modification-dependent protein catabolic process / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RAS by GAPs / ubiquitin-protein transferase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein catabolic process / Regulation of RUNX2 expression and activity / protein tag activity / cellular response to UV
類似検索 - 分子機能
: / Nedd8-like ubiquitin / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Elongin B / Elongin-C / Cullin, conserved site / Cullin family signature. ...: / Nedd8-like ubiquitin / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Elongin B / Elongin-C / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B / NEDD8 / Protein fem-1 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.09 Å
データ登録者Chen X / Zhang K / Xu C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Mechanism of Ψ-Pro/C-degron recognition by the CRL2 ubiquitin ligase.
著者: Xinyan Chen / Anat Raiff / Shanshan Li / Qiong Guo / Jiahai Zhang / Hualin Zhou / Richard T Timms / Xuebiao Yao / Stephen J Elledge / Itay Koren / Kaiming Zhang / Chao Xu /
要旨: The E3 ligase-degron interaction determines the specificity of the ubiquitin‒proteasome system. We recently discovered that FEM1B, a substrate receptor of Cullin 2-RING ligase (CRL2), recognizes C- ...The E3 ligase-degron interaction determines the specificity of the ubiquitin‒proteasome system. We recently discovered that FEM1B, a substrate receptor of Cullin 2-RING ligase (CRL2), recognizes C-degrons containing a C-terminal proline. By solving several cryo-EM structures of CRL2 bound to different C-degrons, we elucidate the dimeric assembly of the complex. Furthermore, we reveal distinct dimerization states of unmodified and neddylated CRL2 to uncover the NEDD8-mediated activation mechanism of CRL2. Our research also indicates that, FEM1B utilizes a bipartite mechanism to recognize both the C-terminal proline and an upstream aromatic residue within the substrate. These structural findings, complemented by in vitro ubiquitination and in vivo cell-based assays, demonstrate that CRL2-mediated polyubiquitination and subsequent protein turnover depend on both FEM1B-degron interactions and the dimerization state of the E3 ligase complex. Overall, this study deepens our molecular understanding of how Cullin-RING E3 ligase substrate selection mediates protein turnover.
履歴
登録2023年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37744.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.5349481 - 0.90923226
平均 (標準偏差)-0.00015806718 (±0.012227737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37744_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37744_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound w...

全体名称: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1)
要素
  • 複合体: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1)
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: NEDD8
    • タンパク質・ペプチド: Protein fem-1 homolog B
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound w...

超分子名称: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.147781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #2: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.19683 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SHMGAGKKRF EVKKWNAVAL WAWDIVVDNC AICRNHIMDL CIECQANQAS ATSEECTVAW GVCNHAFHFH CISRWLKTRQ VCPLDNREW EFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

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分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.84342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #4: Cullin-2

分子名称: Cullin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.11475 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SASWSHPQFE KGGGSGGGSG TSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLEYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHV RHLHKRVLES EEQVLVMYHR YWEEYSKGAD YMDCLYRYLN TQFIKKNGGG PLMEIGELAL DMWRKLMVEP L QAILIRML ...文字列:
SASWSHPQFE KGGGSGGGSG TSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLEYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHV RHLHKRVLES EEQVLVMYHR YWEEYSKGAD YMDCLYRYLN TQFIKKNGGG PLMEIGELAL DMWRKLMVEP L QAILIRML LREIKNDRGG EDPNQKVIHG VINSFVHVEQ YKKKFPLKFY QEIFESPFLT ETGEYYKQEA SNLLQESNCS QY MEKVLGR LKDEEIRCRK YLHPSSYTKV IHECQQRMVA DHLQFLHAEC HNIIRQEKKN DMANMYVLLR AVSTGLPHMI QEL QNHIHD EGLRATSNLT QENMPTLFVE SVLEVHGKFV QLINTVLNGD QHFMSALDKA LTSVVNYREP KSVCKAPELL AKYC DNLLK KSAKGMTENE VEDRLTSFIT VFKYIDDKDV FQKFYARMLA KRLIHGLSMS MDSEEAMINK LKQACGYEFT SKLHR MYTD MSVSADLNNK FNNFIKNQDT VIDLGISFQI YVLQAGAWPL TQAPSSTFAI PQELEKSVQM FELFYSQHFS GRKLTW LHY LCTGEVKMNY LGKPYVAMVT TYQMAVLLAF NNSETVSYKE LQDSTQMNEK ELTKTIKSLL DVKMINHDSE KEDIDAE SS FSLNMNFSSK RTKFKITTSM QKDTPQEMEQ TRSAVDEDRK MYLQAAIVRI MKARKVLRHN ALIQEVISQS RARFNPSI S MIKKCIEVLI DKQYIERSQA SADEYSYVA

UniProtKB: Cullin-2

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分子 #5: NEDD8

分子名称: NEDD8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.573978 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLIKVKTLTG KEIEIDIEPT DKVERIKERV EEKEGIPPQQ QRLIYSGKQM NDEKTAADYK ILGGSVLHLV LALRGG

UniProtKB: NEDD8

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分子 #6: Protein fem-1 homolog B

分子名称: Protein fem-1 homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.355062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEGLAGYVYK AASEGKVLTL AALLLNRSES DIRYLLGYVS QQGGQRSTPL IIAARNGHAK VVRLLLEHYR VQTQQTGTVR FDGYVIDGA TALWCAAGAG HFEVVKLLVS HGANVNHTTV TNSTPLRAAC FDGRLDIVKY LVENNANISI ANKYDNTCLM I AAYKGHTD ...文字列:
MEGLAGYVYK AASEGKVLTL AALLLNRSES DIRYLLGYVS QQGGQRSTPL IIAARNGHAK VVRLLLEHYR VQTQQTGTVR FDGYVIDGA TALWCAAGAG HFEVVKLLVS HGANVNHTTV TNSTPLRAAC FDGRLDIVKY LVENNANISI ANKYDNTCLM I AAYKGHTD VVRYLLEQRA DPNAKAHCGA TALHFAAEAG HIDIVKELIK WRAAIVVNGH GMTPLKVAAE SCKADVVELL LS HADCDRR SRIEALELLG ASFANDRENY DIIKTYHYLY LAMLERFQDG DNILEKEVLP PIHAYGNRTE CRNPQELESI RQD RDALHM EGLIVRERIL GADNIDVSHP IIYRGAVYAD NMEFEQCIKL WLHALHLRQK GNRNTHKDLL RFAQVFSQMI HLNE TVKAP DIECVLRCSV LEIEQSMNRV KNISDADVHN AMDNYECNLY TFLYLVCIST KTQCSEEDQC KINKQIYNLI HLDPR TREG FTLLHLAVNS NTPVDDFHTN DVCSFPNALV TKLLLDCGAE VNAVDNEGNS ALHIIVQYNR PISDFLTLHS IIISLV EAG AHTDMTNKQN KTPLDKSTTG VSEILLKTQM KMSLKCLAAR AVRANDINYQ DQIPRTLEEF VGFH

UniProtKB: Protein fem-1 homolog B

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4223 / 平均電子線量: 57.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102432
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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