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- EMDB-37691: Cryo-EM structure of the Mmp1 encapasulin from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37691
タイトルCryo-EM structure of the Mmp1 encapasulin from Mycobacterium smegmatis
マップデータ
試料
  • 複合体: Mmp1 encapasulin
    • タンパク質・ペプチド: Major membrane protein 1
キーワードMmp1 encapasulin / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性: / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / Major membrane protein I
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang M / Tang Y / Gao Y / Liu X / Lan W / Liu Y / Ma M
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201033 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171259 中国
National Key Research and Development Program of China2022YFA1305900 中国
Shanghai Rising-Star Program23QA1406400 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The structural and functional analysis of mycobacteria cysteine desulfurase-loaded encapsulin.
著者: Yanting Tang / Yanyan Liu / Mingjing Zhang / Weiqi Lan / Mengyuan Ma / Cheng Chen / Saibin Wu / Rong Chen / Yiran Yan / Lu Feng / Ying Li / Luke W Guddat / Yan Gao / Xiang Liu / Zihe Rao /
要旨: Encapsulin nanocompartments loaded with dedicated cargo proteins via unique targeting peptides, play a key role in stress resistance, iron storage and natural product biosynthesis. Mmp1 and cysteine ...Encapsulin nanocompartments loaded with dedicated cargo proteins via unique targeting peptides, play a key role in stress resistance, iron storage and natural product biosynthesis. Mmp1 and cysteine desulfurase (Enc-CD) have been identified as the most abundant representatives of family 2 encapsulin systems. However, the molecular assembly, catalytic mechanism, and physiological functions of the Mmp1 encapsulin system have not been studied in detail. Here we isolate and characterize an Enc-CD-loaded Mmp1 encapsulin system from Mycobacterium smegmatis mc155. The cryo-EM structure of the Mmp1 encapsulin and the crystal structure of the naked cargo Enc-CD have been determined. The structure shows that the Mmp1 protomer assembles two conformation models, the icosahedron (T = 1) and homodecamer, with the resolution of 2.60 Å and 2.69 Å. The Enc-CD at 2.10 Å resolution is dimeric and loaded into the Mmp1 (T = 1) encapsulin through the N-terminal long disordered region. Mmp1 encapsulin protects Enc-CD against oxidation as well as to maintain structural stability. These studies provide new insights into the mechanism by which Enc-CD-loaded encapsulin stores sulfur and provides a framework for discovery of new anti-mycobacterial therapeutics.
履歴
登録2023年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.94036 - 4.1902685
平均 (標準偏差)0.024144294 (±0.3186041)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37691_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37691_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mmp1 encapasulin

全体名称: Mmp1 encapasulin
要素
  • 複合体: Mmp1 encapasulin
    • タンパク質・ペプチド: Major membrane protein 1

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超分子 #1: Mmp1 encapasulin

超分子名称: Mmp1 encapasulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: Major membrane protein 1

分子名称: Major membrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 34.885129 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MDYKDDDDKM TSAQNESQAL GDLAARQLAN ATKTVPQLST ITPRFLLHLL SWVPVEAGIY RVNRVVNPDR VAIHSEAGAG TEEPLPETY VDYETHPREY TLRSISTLLD VHTRVSDLYS SPHDQVTQQL RLTIETIKER QEYELVNNPE YGLLAQATPE Q TIQTLAGA ...文字列:
MDYKDDDDKM TSAQNESQAL GDLAARQLAN ATKTVPQLST ITPRFLLHLL SWVPVEAGIY RVNRVVNPDR VAIHSEAGAG TEEPLPETY VDYETHPREY TLRSISTLLD VHTRVSDLYS SPHDQVTQQL RLTIETIKER QEYELVNNPE YGLLAQATPE Q TIQTLAGA PTPDDLDALI TKVWKTPAFF LTHPLGVAAF GRECTYRGVP PPTVSMYGAQ FITWRGIPIV PSDKVPVEDG TT KFVLVRT GEERQGVVGL FQPGLVGEQA PGLSVRFTGI NRSAIASYLV TLYTSLAVLT DDALAVLDGV AVDQFHEYQ

UniProtKB: Major membrane protein I

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83655
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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